12月21日，清華大學校長梅貽琦率領第二批被“搶救”學人，於新修成的東單機場乘機起飛抵達南京。當天晚上，前往采訪的《申報》記者發回了如下電訊：
政府派專機飛平救援各大學名教授之工作，因北平城內機場可資使用，已於廿一日開始，第一批教授及其眷屬等廿四人，廿一日下午五時分乘專機兩架先後飛抵京，其中有清華大學校長梅貽琦及李書華、袁同禮、楊武之、董守義、張頤、張起鈞、顧毓珍、趙梅伯、江文錦等。專機抵達時傅斯年、陳雪屏及蔣經國等均至機場歡迎。據梅貽琦氏語記者，北平一周前確甚緊張，現已較前穩定，清華大學一度停課，現已複課，學校對於應變亦已有準備。記者詢以如北方各校之校長及教授南來，是否仍如抗戰時期相同，設立聯合大學，梅氏稱現與抗戰時期不同，另設聯大或無可能。
同日，《申報》駐北平記者於下午7時10分發回電訊，稱：
平國私立院校教授撤退者，第一批廿一日，離平飛京，專機二架載去梅貽琦等廿四人，第二批將續於廿二日成行，教部已商得華北剿總同意，優先運教授撤離，專機係昨飛來，今晨試飛良好，但以市內新機場跑道鬆軟，隻能載重三千磅，下午一時起飛，不離平之教授，決於廿二日成立聯合會，並與當局取得聯絡。[49]
就在梅貽琦等抵達南京的第二天，朱家驊在陳立夫等對立麵的擠壓下被迫辭教育部長職，政府任命梅貽琦繼之。梅自稱未能將大部分北平教授接運出來，深感慚愧，表示不能從命，旋提出辭職。如此一來一往，在政學兩界產生震動的同時，也加劇了知識分子群體的恐慌。繼翁文灝之後新任行政院院長的孫科，見梅氏不肯與自己同船共擔艱危，隻好請他並不怎麼看得上的杭立武出麵暫時代理，梅氏由此成為國民黨在大陸統治時期最短命的教育部長。
關於梅氏為何放著高官不做，在風浪狂急、命懸一線的危難之時，還要拒絕政府伸過來的一根粗型救命稻草？細究起來，原因極其複雜，除梅氏不想與孫科等一群不成器的鼠輩為伍，正如媒體所言，梅自感沒能把清華教授接運出來而“深感慚愧”。這一點並非虛妄，當時的清華大學中文係代主任浦江清在日記中有所披露：“南京派飛機接取若幹大學教授，搶救到南京，是開了一個名單的，大概各校都有。北大接到這名單（北大應該搶救的名單，是傅斯年等所擬），秘書長鄭天挺覺得不大好辦，決定公開，使要離平者登記。結果是名單上有的，不想南行，有些講師助教們本來有家在南方因故要南行的，搶得此機會。飛機到了南京，若幹文化要人到場去接，以為有許多位名教授忠於黨國毅然飛回了，竟大失所望，下來了許多不相識不相幹的人。據說飛機上有不少空位，袁同禮的老媽子也上了飛機。成為一大悲喜劇。”[50]
正是這類悲喜劇的出演，使梅貽琦認為自己扔下清華園師生，單獨跑出來封官晉爵是不道德的。且當時的梅貽琦誌不在此，他清楚地知道自己手握清華基金的分量，而憑借這份厚重的基金，完全可另辟蹊徑，實現重建清華的夢想。因而，那頂淩空飛來、說不定哪一刻又飄忽而去的教育部長的紙糊帽子，在梅貽琦看來，不戴是明智的，而日後的事實也證明了他選擇的正確。
當然，梅貽琦對自己未盡職責並“深感慚愧”的心理，對南京國民政府而言可能相符，對清華園師生來說就不見得吻合。或者說，清華師生對他的這個“慚愧”就不見得領情了，甚至一部分還表示反感，認為是矯情與荒唐的表現。此點從浦江清的日記中可看出一個大概，浦氏說：“上午出門，看黑板報消息。梅先生已飛京，與胡適等在京成立平津各院校遷移委員會。名稱似如此，可笑可鄙。學校既不能遷，同人學生幾全體在此，隻有幾位校長先生及極少數教授得到便利飛出去，還籌備什麼南遷？是召集流亡教授，給予優待，我們留在這裏的，便視同匪類了！讀工字廳前教聯會報，對於南京成立平津院校南遷委員會，大致譏評，並對於留在校內的態度不明的動搖分子加以警惕。”[51]