第四，即使占領中途島，也會在補給和防禦敵人反攻等方麵麵臨嚴重問題。中途島除了遠離日本本土之外，麵積很小，一旦遭到來自海上和空中的突襲，駐在島上的飛機將不能疏散，損失將會很大。為了預防這種攻擊，日本必須實施大規模的空中巡邏。這就得要動用大量飛機和耗費大量汽油。長此以往，補給和運輸問題恐非日本力所能及。
第五，聯合艦隊認為，占領中途島將有效地威脅夏威夷，沉重打擊美國的作戰意誌，從而為早日結束戰爭鋪平道路。軍令部這種看法過於樂觀。軍令部認為，縱使中途島落人日軍之手，向夏威夷進軍仍是極端冒險之舉，同時也威脅不到美國大陸，所以，對美國士氣的影響也是微不足道的。
總之，三代代表軍令部告訴山本五十六的代表，戰爭爆發還不到半年，日本一下子就能打到夏威夷群島的大門口中途島，這個賭注太大了。
相反，他認為軍令部的計劃比較可行。新喀裏多尼亞，斐濟，薩摩亞等地雖離日本較遠，但距美國基地也遠。因而可使美國喪失維護中途島時可能得到的有利條件。南太平洋的新喀裏多尼亞等島嶼比中途島大得多，更有軍事價值。至於誘出美國艦隊進行決戰的問題，軍令部認為，進攻斐濟群島以及薩摩亞群島等地，比進攻中途島更有可能達此目的。因為這些地方一旦失陷，美、澳之間的交通線就會受到致命威脅。這才是美國非救不可之地，更有可能誘使太平洋艦隊出動。
吵架持續了3天，雙方都不肯讓步。4月5日，軍令部第一部長福留少將親自參與會談，他一上來，不分青紅皂白，對聯合艦隊的中途島作戰計劃提出指責，並譏諷渡邊隻知蠻幹。渡邊知道自己勢單力薄，沒有辦法，他激憤地撇下軍令部人員，到隔壁房間直接通過電話向聯合艦隊司令部彙報爭執的情況。
山本默默地聽著，感到自己的權威受到了挑戰，這是他決不允許的。在日本海軍中，山本不僅具有指揮才幹，而且具有大膽甚至冒險決策的能力。像許多日本人一樣，山本有著濃厚的櫻花情結，寧願在很短的時間內凋謝，也要開放得非常燦爛。不少人把他叫做賭徒，偷襲瓦胡島的珍珠港可以說是他進行的一次賭博，那一次他賭贏了，為日本贏得了巨大榮譽。珍珠港的勝利不僅使他名聲大噪，而且使他對自己運籌戰爭的能力更加堅信不移。
山本聽完渡邊的彙報後，麵無表情，以命令口吻說道：“告訴那幫混蛋，如果我的作戰計劃不被接受，我將辭去聯合艦隊司令一職。”
有山本在背後撐腰，渡邊立即變得信心十足。他回到座位後，盡量剛平和的語氣，但卻毫不妥協地告訴福留：“歸根結底，我們太平洋的整個戰略的成敗取決於能否摧毀美國的艦隊尤其是航空母艦特種部隊。海軍軍令部主張切斷美澳之間的供應線。為了實現這一目的，它力求把某些地區置於日本控製之下，但最直接而最有效實現這一目的的方法，在於摧毀敵之航空母艦部隊，沒有這個部隊，則敵人的供應線便無論如何也不能保持。我們相信按擬議的計劃進攻中途島，我們有把握把敵之航空母艦部隊吸引出來並在決戰中加以摧毀。萬一敵人避免我方的挑戰，我仍然可以把我方的防禦周邊毫無阻礙地推進到中途島和西阿留申群島。”
渡邊最後加重語氣，一字一頓地說：“山本長官對軍令部的做法很不理解，表示如果軍令部不通過中途島作戰計劃，他將辭去聯合艦隊司令的職務。”
山本要辭職，這是軍令部最怕的一招。在珍珠港的大勝利之後，山本大將已經成了僅次於天皇的偶像。一旦國民得知是由於軍令部的反對而導致山本辭職，在座的這班人恐怕都會背上賣國的嫌疑，而且永遠也洗刷不掉。畢竟在山本巨大的光環下，他們都是微不足道的人物。
討論珍珠港作戰計劃時的一幕重演了，山本以辭職相要挾，迫使軍令部屈從了他那表麵上客客氣氣的訛詐。
海軍軍令部最終原則上同意了山本五十六的東進作戰計劃。但是他們並不甘心，於是，軍令部抓住作戰計劃的一些枝節問題不放，對作戰計劃很多具體問題提出質疑。本來，山本五十六預定進攻中途島的日期在6月初。但軍令部執意要他推遲3個星期，理由是有更多的準備時間。雙方在諸如此類的問題上爭來爭去，直到4月中旬還沒有定下來。
正在這時，4月18日，發生了一件震動日本朝野的事件，使軍令部最終同意山本的中途島作戰計劃。
轟炸東京計劃出籠
珍珠港事件後不久，羅斯福總統就說過，他要盡快轟炸日本本土，對日本人卑鄙的偷襲還以顏色。不過，這麼遠的距離去轟炸談何容易，看來也隻能想想而已。但是，有一天，美國海軍總司令金上將的一位作戰參謀突發奇想：如果讓陸軍的遠程轟炸機從航空母艦上起飛，不就縮短了與日本的距離嗎？日本人壓根兒不會想到會有這種怪招。
這個想法引起了金上將和陸軍航空兵的興趣。於是，3月初，24組陸軍機組人員集中到佛羅裏達州的埃格林機場，練習在152米長的跑道上起飛B-25型雙引擎轟炸機的技術。他們的指揮官是個出類拔蘋的人物，既是航空學家，又是幾次打破飛行紀錄的勇敢的飛行員。第一個以12小時橫貫美國的是他，第一個飛出別人不可能完成的動作一外圈筋鬥的是他，第一個做到盲目著陸的還是他。此人就是美國航空界有名的詹姆士·杜立德中校。