這位皇帝常將時間花在世俗事務上。他的宮廷是詩人和藝術家聚會之所，還有美人增添旖旎，而普洛尼斯的吟遊詩人在其中更是如魚得水。腓特烈自己也不是一個蹩腳詩人，他用意大利文寫的詩篇，對佛羅倫薩偉大詩人但丁頗有影響。他所設計的建築物，預示希臘和羅馬風格的複興。今日已毀的加普亞拱門，便是依照羅馬建築式樣建造，而腓特烈的雕像及金幣，設計上一概采用古典風格，圖像中皇帝頭上都戴著桂冠。
腓特烈所訂法律，尤其是有關女人的立法，極具人道精神。例如女人有財產繼承權外，更受到反強奸法的保護。腓特烈的管治手法相當先進，宮殿裝設的水管係統也很完善，因為腓特烈喜歡勤洗澡。他做的多種自然科學實驗，也走在時代前麵。但這名聲完全不能幫助解決他與教皇的長期爭論，教皇討厭他革新，也不信任他的意圖。幾任教皇都挑唆惴惴不安的意大利北部城市居民起來反抗。教皇攻擊腓特烈二世，真正的原因與宗教無關，而是想保持自己在意大利中部管轄的地方，不受王室幹涉。於是政教長期對抗，雙方相互指責，散布謠言，搞得是非難辨。
腓特烈絕不是誹謗者說的“敵基督”，但在那個時代，人們不懂欣賞那種個性，結果他成了謎樣的人物，而非曠世奇人。他的行為似乎超越時代。在中古時代最黑暗的年頭，他是文藝複興運動的先驅，在盲目信仰宗教的時代，他是一個抱懷疑態度的人。腓特烈在1250年猝然去世。他一生如此多彩多姿，有許多燦爛輝煌的作為，以致許多人都不信他真正死亡。有人冒名頂替，自稱真命天子，救世者腓特烈。他生前雖無往不利，死後卻禍延子孫，其後裔不斷與教廷爭權失敗，成為犧牲品。25年後，子孫都死光了，曠世奇人的朝代亦隨而滅亡。
中古時代許多國君都愛好攜隼出獵，放獵隼到高空捕捉獵物。但通常把隼關好後，不多看它一眼。腓特烈二世不僅熱愛出獵，對鳥類生活的各方麵也有興趣，還寫了一本鳥類生態的名著：《攜隼出獵術》。這是一部名副其實的科學著作，直到18世紀仍是權威讀物。這部書大概是腓特烈晚年所寫。當時亞裏士多德的《動物學》被認為絕無錯誤，腓特烈雖然也表示受益良多，卻在他的書中寫道：“那位希臘哲學家講的許多事例，似乎與事實不符。”腓特烈所以能指出亞裏士多德的錯誤，由於他曾長時期留在全國各地的狩獵站內觀察鳥類。這部書共分六卷，後麵四卷討論專門技術，前兩卷則寫得趣味盎然，顯示腓特烈不愧為動物學家。他注意到有一種鳥從地裏挖掘食物，因此內趾上都有鋸齒狀組織。他還將一隻幼雛帶回家，觀察其成長過程，因而發現大杜鵑的築巢習性。他也觀察過意大利南部上空的候鳥遷移現象，並曾利用太陽熱力嚐試人工孵化鳥蛋。
不過腓特烈最感興趣的還是隼與攜隼出獵，在這方麵更是當時最傑出的專家。他自挪威與格陵蘭間稱為伊蘭迪亞地方一個相當寒冷的海島，取得善獵的獵隼，其事詳記書中。由此說明他是如何深愛這玩意，不惜千裏迢迢把隼運回西西裏島。今天就算有各種巧妙方法，要運送一隻隼也非易事。