5年後，另一位英國人亞曆山大·伯恩斯運送英國國王贈送給錫克族首領的5匹馬途經哈拉巴，對印度古代文化興趣濃厚的他特意停下來進行了一番考察，但除了得出和查理·馬森一樣的結論之外，他也沒有提出什麼引人注意的看法。
18世紀末到19世紀末對埃及和兩河流域地區的考古大發現，激發了人們對古代東方文明的濃厚興趣，人們開始從新的視角去看待那些存於泥土之下的東西。考古學在英國被十分看重，當大英帝國最終將印度納入自己的版圖，使這個海外省成為“英國皇冠上的一顆明珠”之後，他們還在印度設立了考古局。
1853年，亞曆山大·坎寧安作為考古局長來到印度。坎寧安在對哈拉巴的發掘中發現了一些手工藝品，特別是在廢墟中找到了石製的印章。1875年，《印度考古年鑒》刊登了他撰寫的題為《哈拉巴》的文章，文章中他論述了對這一遺址考察的結果。坎寧安稱哈拉巴是拉維河岸地區眾多遺跡中最大的一處，並首次繪出在這裏發現的印章圖。他指出這不是印度現代文字，但卻錯誤地認為是“外國傳入印度的”，偉大發現的機遇便這樣從他的手中一滑而過，他也被後人譏為“有眼無珠”的考古局長。
1856年，英國當局修建一條與印度河走向相同、縱貫這一地區的鐵路，當鐵路伸延到印度河中遊地區時，一個難題擺在了英國技師們的麵前：這裏是一望無際的平原，掘地數尺，仍是鬆軟的土壤，到哪裏去找石頭來鋪設路基呢？這個問題不久就被“聰明的”英國人解決了。他們根據當地人的介紹，在一個被稱為“死亡之丘”的地方挖出了數不盡的方形“石塊”。曆史又一次重演，不過此次這些“石塊”並沒被用來建房，而是被搗成道砟鋪在路上，成為從拉合爾到卡拉奇這條大鐵路中的一段輔軌石。
1902年，印度考古局來了一位新總監約翰·馬歇爾。這位出生於1876年的英國人從著名的劍橋大學畢業之後，把自己的一生都貢獻給了考古事業。他先後參加了在希臘和土耳其的考古發掘工作，當一件件沉睡千年的器皿和那些古城重見天日，一段段被人們遺忘的過去再現光彩的時候，馬歇爾總監體會到巨大的喜悅，同時又產生新的衝動：什麼時候能再有一個新發現，給世界一個新的轟動？所以，他一踏上印度這塊古老的土地，就躍躍欲試。可是。從何處下手呢？在主持犍陀羅文化遺址和佛教遺址發掘工作的同時，一則來自印度河流域的信息引起了馬歇爾的注意。他的印度助手報告說被搗碎鋪鐵路的並不是石塊，而是古代人用來建城的磚塊。
敏感的馬歇爾憑直覺預感到這些道砟後麵可能隱藏著一個巨大的秘密。1911年冬，他指令考古局西部地區主任班達卡爾對“死亡之丘”摩亨佐-達羅進行全麵考察。可是，在第二年提交的報告中，班達卡爾認為，這是一座真正的死城，其曆史不過200年左右，談不上有太大的考古價值，眼看這件事就要最後被擱置起來了。
然而，就在這一年，另一位考古學家和文字學家弗利特又把馬歇爾的注意力吸引到了這裏，並從此沒有移開。弗利特對哈拉巴和摩亨佐-達羅出土的三枚印章進行了研究，他沒有像其他人那樣過多地注意印章上的圖形，而是認真地研究了那些古樸的刻畫符號。在經過與其他地區發現的古文字比較之後，弗利特提出這是一種在其他地區從未發現過的古代文字。
一石激起千層浪，考古學界被震動了，經過考慮和籌劃，馬歇爾的印度助手拉·巴納吉於1920年率領一支考古發掘隊進駐摩亨佐-達羅，1922年，馬歇爾也到達哈拉巴，親自領導了對該遺址的發掘。