10月17日，國民議會以106票對60票選舉人民黨候選人尤素福·拉紮·米拉尼為巴基斯坦於1947年獨立以來的第11任議長，擊敗了前議長戈哈爾·阿尤布·汗。人民黨的另一位候選人當選為副議長。貝·布托向重新掌權的目標又靠近了一步。同日，穆斯林聯盟謝裏夫派提名其領導人納瓦茲·謝裏夫為競選總理一職的正式候選人。10月19日，國民議會進行投票選舉，決定由誰出任總理並組織下一屆內閣。結果完全在貝·布托的預料之中：她以121票對72票擊敗老對手謝裏夫，當選巴基斯坦總理。貝·布托以40歲的年齡再度成為當今世界上最年輕的女總理。
曾幾何時，貝·布托被總統解除了擔任僅20個月的總理職務，痛失政權，並在隨後舉行的全國大選中遭到慘敗，蒙受了恥辱。然而，作為巴基斯坦和伊斯蘭世界的第一位女總理，作為世界上最年輕的女首腦，貝·布托不愧為當今世界上一位傑出的女政治家，在她身上凝鑄了傑出女性和卓越政治家的超凡品質。麵對失敗和挫折，她善於總結經驗教訓，反思自己的失誤，在困難麵前百折不撓，充滿必勝的信心。在下野後的三年裏，她重整隊伍，再繪藍圖，臥薪嚐膽，堅韌不拔，為以後的鬥爭準備了充足的條件。
曆史的經驗告訴我們：經不起失敗的人，也就不會再有成功。貝·布托正是由於能夠經受起失敗，不在失敗麵前倒下、沉淪，而是在失敗麵前反思、奮起，從而能夠牢牢地把握曆史的機遇，在條件成熟時，終能東山再起，重振雄風，表現出一位年輕的女政治家的非凡才能，令全世界為之矚目。
貝·布托能夠東山再起，從她本人來說是她自身所具備的品質和才能的一種必然的結果，從巴基斯坦社會的具體的客觀條件來說則是一種曆史的選擇。曆史之所以選擇了貝·布托，是因為她成功地把握了自己的命運，也可以說是把握了曆史，這是一切成功的政治家的共同特點。
貝·布托取得1993年大選勝利，重新上台執政，其原因是多方麵的，但大體上可以歸結為以下幾點：
第一，貝·布托吸取了1990年大選失敗的教訓，在大選期間妥善處理與看守政府和軍方的關係，盡可能得到較多的支持。
在1993年大選中，貝·布托非常明確地將謝裏夫領導的穆斯林聯盟作為自己的競爭的對手，利用一切機會和力量建立反謝裏夫的“統一戰線”。她曾支持伊沙克·汗總統解除謝裏夫的總理職務，然後又在謝裏夫複出後以旁遮普問題向其發難，加劇了聯邦政府和省級政府及議會的矛盾衝突。在矛盾處於難解難分的情況下，她又計劃舉行數十萬人向首都伊斯蘭堡的“大進軍”，最後迫使軍方出麵幹涉，向總統和總理施加壓力，迫使他們下台。而貝·布托則聽從軍方的意見，放棄進軍首都的“長征”，避免了與軍隊發生對抗的可能，從而使貝·布托本人和人民黨避免了再次遭到1990年大選時來自軍隊和總統的反對。軍方的幹涉導致總理和總統雙雙辭職，使貝·布托提前大選的要求得到了實現。
第二，人民黨群眾基礎雄厚，組織工作嚴密，成員相對穩定，在農村地區有較強的號召力。
成立於1967年11月的人民黨是一個以農村地區為主要活動基地的大黨，在農村地區有極為雄厚的群眾基礎。巴基斯坦的農業人口占總人口的70％，信德省和旁遮普省兩個人口大省又都是農業大省。信德省是貝·布托的家鄉和政治大本營，人民黨在這裏有較穩定的選民層。人民黨在這次省議會選舉中，僅在信德省所得選票就超過半數。人民黨也成功地打入了旁遮普省，並取了超過穆斯林聯盟的選票數，從根本上開始動搖了旁遮普省作為謝裏夫的政治基礎的地位。
自60年代末建黨始，經過多次大選的洗禮與考驗，貝·布托所領導的人民黨在組織上已相當成熟。就全國來說，人民黨的支持者主要來自農民，而穆斯林聯盟主要靠工商界和城市人口的選票。在1990年的大選中，人民黨雖在議席上遭到重大挫折，在具有217席的國民議會中僅獲45席，但它的群眾基礎並無多大削弱。從1988年、1990年和1993年三次大選情況來看，人民黨在全國的得票率分別為38．52％、36．83％和36．6％，一直比較穩定，沒有出現大起大落。
第三，國內各種政治力量和黨派的分化及重組有利於人民黨爭取更多的同盟軍。
1990年大選，人民黨受挫主要是由於謝裏夫領導的以穆斯林聯盟為首的九黨聯盟——伊斯蘭民主聯盟成功地運用了與人民黨一對一的競選策略。而在1993年大選中，伊斯蘭民主聯盟不複存在，穆斯林聯盟內部也因政見不同、爭權奪利而四分五裂。穆斯林聯盟中的納希爾·恰塔派（即居內久派）在年初的政治危機中就已與人民黨聯手反對謝裏夫，在本次大選中更成為盟友。從伊斯蘭民主聯盟脫離出來的幾個宗教政黨成立了伊斯蘭陣線，單獨參加選舉，也分散了穆斯林聯盟謝裏夫派的選票。另一方麵，反對人民黨的信德省第二大黨全國移民運動黨抵製全國大選，隻參加信德省的地方議會選舉，使其在全國的政治影響大大降低，客觀上有利於人民黨。
第四，考萊希看守內閣中止了謝裏夫的一些經濟改革政策，把他執政時的經濟形勢描繪得一無是處，損害了謝裏夫的形象。看守內閣對謝裏夫執政時期的腐敗行為的揭露，也使他喪失了部分選票。同時，看守政府大幅度調整中央和各省的人事安排，打擊了謝裏夫的勢力，在客觀上幫了貝·布托的忙。
以上各種原因，促成了穆斯林聯盟謝裏夫派在大選中的失敗，使貝·布托的人民黨在時隔三年之後，東山再起，再執牛耳。
1993年10月19日，40歲的貝·布托第二次就任巴基斯坦總理。貝·布托成為巴基斯坦曆史上第一位下野後通過民主選舉重新當選總理的人，這充分說明了她在巴基斯坦政壇上的地位和影響。與她父親相比，貝·布托大有青出於藍之勢。
在10月19日的就職宣言中，貝·布托針對1993年的政治危機導致全國分裂的現狀說：“這是一個和解的時刻”。她號召國內各派政治力量捐棄前嫌，重新團結起來與政府一道工作。納瓦茲·謝裏夫承認競選失敗並向貝·布托表示祝賀。他向貝·布托保證自己將在結束貧窮、饑餓、腐敗和失業以及使國家擺脫經濟停滯方麵給予她“無條件的合作”。他說：“我們將不從事背向的政治活動，為了民主的事業，我們將與新政府緊密合作。巴基斯坦經不起無盡的危機，我們要結束這種危機。”
貝·布托在總結了近兩屆政府倒台的經驗教訓後，提出要組織一個部長不超過12個的高效率的精簡的內閣。她清楚政治領袖的職責是管理國家，而不是嚐試使政治反對派中立。因為有足夠的證據可以得出結論，企圖使反對派中立隻能導致悲劇的後果，浪費資源和時間，使政府走上絕境。以前曆屆政府都是這樣。
事實上，太多的危險使得政治領袖們不能恢複舊有的政治。一方麵，反對黨人數太多，根深葉茂，不易被中立化。另一方麵，如果最高的目標是使政府的行動反映全國一致的意見，那麼，最迫切需要的就不是讓謝裏夫保持沉默，而在於使各級政府機構服從選舉出來的政府。謝裏夫與貝·布托的觀點在這方麵是相同的。因此，剩下的問題是他們各自能把其政黨的成員引離舊有的自我毀滅的政治模式。
看守政府總理考萊希已為他們二人沿著這個方向走開了個好頭。考萊希在短短的3個月任職期間的行動受到了公眾的普遍讚賞。他是一個無私的無黨派愛國人士，完成了自己的使命後便去了美國，繼續從事他的商務活動。考萊希的政治才能並沒有因他去職而從公眾的眼中消失，也不會被巴基斯坦重要的政治家所忽視。包括貝·布托在內的政治家在政府內外的表現，將會被公眾以考萊希在短暫的任期中所樹立起來的標準加以衡量和考察。
因此，貝·布托就任問題後，立即推出本屆政府的施政綱領及
項政策的原則方針，利用各種場合吸引民眾對其政府的支持。她的目標是謀求政治穩定、經濟發展和改善外交處境。
貝·布托上台後，通過各種演說和政府的行動，表露出以下的政策走向：
第一，建立廉潔有效的政府並按人民的意願變革行政體製，對政府各部門進行改革。
貝·布托執政後，立即對政治進行改革，具體做法是：1．要求政治家公布私人財產；2．成立總理檢察組，加強經濟管理，反對政府內的腐敗行為；3．成立精悍的包括I0—12名部長的小型內閣班子；4．創立新的社會契約，限定聯邦、省和地方政府之間的關係，旨在實現它們之間責、權、利的平衡。
第二，繼續推進已實行的改革政策。
貝·布托在經濟和社會發展方麵的改革範圍廣泛，具體措施是：1．建立新型的公私夥伴關係，這種關係即可以利用市場機製，又可確保建立基礎廣泛的公有資產；2．繼續實行私有化政策，對各種不可能的計劃重新審查，使私有化進程更趨合理並更具透明度；3．促進社會進步，重點放在衛生、保健、教育和社會福利等領域的人力資源開發上；4．總理已設立社會保障特別小組，製定與失業津貼和社會保障範圍有關的具體計劃，工作組將現行立法適度修改並製定新的立法；5．采取措施消除毒品的生產和交易並有效地處理毒品財富，恢複巴基斯坦在國際上的聲譽。
第三，在外交方麵仍將堅持以發展同伊斯蘭世界和中國的友好關係為基石的和平外交政策，開展全方位外交，爭取有利於自己的外部環境。
上台伊始，貝·布托就說：“我的首要任務是使國家擺脫在國際上孤立的局麵。”她最優先考慮解決的問題為：1．修複與美國的關係，爭取美國取消阻礙巴美關係正常發展的《普雷斯勒修正案》以及對巴基斯坦的軍事和經濟製裁。雖然巴基斯坦和美國因阿富汗問題建立的戰略一致關係因冷戰結束已不複存在，但巴基斯坦仍需要美國及西方的先進技術和資金，巴基斯坦不願與美國關係完全破裂。2．重申巴基斯坦的核政策，繼續執行和平利用的核計劃。在地區核不擴散問題上拉住印度，不作單方麵的讓步。3．消除地區緊張狀態，改善與印度關係，但在阻礙巴印關係改善的最大障礙——克什米爾問題麵前，一方麵繼續前任政府的批評印度的政策，另一方麵主張通過談判和平解決雙邊存在的問題。堅持克什米爾問題依照聯合國的有關決議由當地人民實行自決權；要求聯合國采取具體措施解決克什米爾問題；力主克什米爾問題國際化。4．樹立良好的國際形象，爭取吸引更多的外國投資以加速巴基斯坦經濟的發展。