這些協定以紙麵上的占領變為實際的占領，一是需要以武力撲滅非洲人民的抵抗運動，這就是本時期非洲曆史的主要內容——非洲人民的大抗爭；二是需要根據柏林會議的議定書，得到有關國家的認可。在瓜分非洲期間，列強的代理人和特使都力圖搶先奔向尚未被占領的認為有利可圖的地區。這就不免造成許多磨擦和危機，例如1898年英法在蘇丹的法紹達（今科多克）橫刀相向，形成所謂的法紹達危機；1893年盧加德和德爾科為搶占博爾古而造成的武裝對峙，等等。但是，這些磨擦和危機終究沒有發展成爭奪殖民地的戰爭，當時他們可以互相以犧牲非洲人的領土主權來達到妥協。例如，1898年6月14日，英法兩國訂立《巴黎條約》，確認彼此侵占的領土，從而結束了在西非的爭奪；1899年，雙方又達成協議，法國承認蘇丹西南部和白尼羅河流域是英國勢力範圍，英國則確認蘇丹以西的赤道非洲是法國勢力範圍。正如索爾茲伯裏所說：“我們一直忙於在地圖上白種人從未涉足過的地方劃線，我們互相饋贈山川湖泊。我們所遇到的一點小小的障礙就是不知道他們的確切位置。”列強的代表在談判桌上以交換非洲領土來解決他們之間的矛盾，其結果是同一個民族、同一部落、同一國家被割裂，有時甚至分裂成幾塊，給今日獨立的非洲國家遺留了無窮的後患。
不論是非—歐協定還是歐—歐協定，都是紙麵上的東西。歐洲列強要實際占有他們在協定中所瓜分到的非洲國家和地區，還得靠武力侵占。因此，帝國主義瓜分非洲的過程，也是非洲人民反對帝國主義侵略的過程。1876—1900年間，非洲人民的反殖反帝鬥爭風起雲湧。凡殖民者入侵的地區都在抵抗殖民者的侵略。非洲各族人民為了保護領土主權，上至愛國的封建主、奴隸主、酋長，下至普通的農牧民、奴隸，都積極參加了抵抗運動。在大多數非洲國家，反殖鬥爭是由愛國的君主和酋長領導的，例如埃塞俄比亞的抗意衛國戰爭，第七次阿散蒂戰爭、拉巴赫領導的乍得湖地區的抗法戰爭、薩摩裏領導的瓦蘇魯國的抗法戰爭、格比達西領導的達荷美的抗法戰爭、馬達加斯加的抗法戰爭、阿赫杜馬領導的抗法鬥爭、索科多王國的反英鬥爭等。那些尚處於原始社會階段的部落同樣進行了長期的遊擊戰。正在形成中的資產階級、知識分子和軍人也參加和領導了抵抗運動，例如奧拉比領導的埃及抗英鬥爭。非洲的傳統宗教和伊斯蘭教在反帝鬥爭中起了重要作用，一些國家的反帝鬥爭就是直接在宗教領袖領導之下以伊斯蘭教聖戰的形式展開的，如蘇丹馬赫迪運動。
除了埃塞俄比亞以外，在1876—1900年間的一切抗爭，均以失敗而告終。這是由雙方的綜合國力的懸殊對比所造成的。歐洲列強都已開始向資本主義的高級階段即壟斷資本主義過渡，而非洲各國還停留在前資本主義階段，有的甚至尚處於無國家的原始社會。歐洲國家在經濟和軍事實力上遠遠超過了非洲。當時歐洲列強都由訓練有素的職業軍隊來從事殖民戰爭，而非洲隻有少數國家建立了常備軍，大多數國家則臨時動員人民參加防禦和戰鬥。歐洲軍隊是用當時最新式的武器裝備起來的，例如新式的海軍艦艇、連發槍、格林和馬克沁機槍、重炮等等，大多數非洲國家的軍隊用的是傳統的武器，即使從歐洲進口的武器也是老式的、不合用的舊貨，隻有薩摩利和孟尼利克獲得了少量新式的歐洲武器。更何況在1890年的布魯塞爾會議上，列強一致同意，不向非洲出售武器和彈藥，至少是先進的武器和子彈。
在此期間，歐洲處於相對穩定與相對和平的時期，而非洲國家卻被分裂和內部衝突所困擾，不僅各國（各族）之間有衝突，而且一國之內也有地方和中央、族與族之間的衝突。這些內部矛盾被帝國主義充分利用來實行分而治之，各個擊破。因此，在麵對民族存亡的關頭，非洲各族人民未能顯示出團結一致共同抗敵的精神，反而使英雄史詩般的鬥爭變成了地方性的甚至是孤立的戰鬥。殖民主義者還充分利用了非洲各族之間的民族、地域和宗教矛盾，組建土著部隊，以達到用非洲人打非洲人的目的。事實上，征服內陸的許多殖民軍都由非洲人充當士兵、由少量歐洲人指揮，例如法國人組建的塞內加爾土著兵團、盧加德指揮的西非邊防軍、德國人組織的“奴隸雇傭兵”。北尼日利亞是由西非邊防軍征服的，烏班吉是由四連塞內加爾土著兵團和當地輔助軍占領的。非洲人長期固守在以村社為基本單位的自給自足的自然經濟之中，建立在普遍的互相排斥和與生俱來的互相隔離的均勢之上，而罪惡的奴隸貿易和獵奴戰爭更加深了這種互相敵視和互相隔離。因此，當時他們對不同部落、不同宗教的人遭受侵略、殺戮可以無動於衷，而不能形成同仇敵愾的統一和團結的意識。例如，尼日利亞的蒂夫人看到基督教徒猛攻貝努埃河以北的穆斯林時，他們拍手稱快，因為穆斯林不是他們的朋友；而當他們自己遭到英國的侵略時，他們的反抗也是孤立無援的。
非洲人從戰鬥的實踐和血泊中認識到國家主權的極端重要性。在處於較高社會經濟形態的埃塞俄比亞，皇帝孟涅尼克直截了當地提出了“保家衛國”的口號，他在告人民書中說：“敵人從海外入侵，他們破壞了我們不可侵犯的國境，並妄圖消滅我們的信仰，消滅我們的祖國。……我準備采取行動，捍衛我們的國家，回擊敵人。”即使在那些尚處於較低社會經濟形態的酋長們也表達了強烈的主權意識，西南非洲（今納米比亞）的維特波伊對德國人說：“上帝在世界上建立了各種王國。所以，我知道並且相信，我願意仍然做我的國土和人民的獨立的酋長，這不是罪過。”正是列強瓜分時期非洲人民的大抗爭，開始逐步形成了非洲各族的民族主義意識，它的核心便是主權意識。它不僅直接影響到20世紀初年非洲民族主義的形成，而且一直影響到當代非洲人民爭取民族獨立、恢複主權的解放戰爭。許多當代的民族解放組織認為自己是19世紀反殖鬥爭的繼承者。例如，安哥拉的自由戰士斷言，他們的民族解放戰爭與過去的抵抗運動一脈相通，人民群眾的權力被說成是拜隆杜（Bailundu）戰爭的積極精神的複活。19世紀末年非洲人民反殖反帝鬥爭的優秀傳統，對非洲民族複興的影響是持久的、不可估量的。
歐洲列強把非洲瓜分了，但他們爭奪非洲領土的鬥爭並未結束，繼之而來的是一輪再瓜分的鬥爭。根據列寧的界定，在重新分割殖民地的時候，其目標首先是小國占有的殖民地和半殖民地國家。在非洲，英布戰爭和意土戰爭屬於第一類，摩洛哥危機則屬於第二類。英布戰爭的結果是英國奪占了布爾人占據的德蘭士瓦共和國和奧蘭治自由邦，意土戰爭則使利比亞從土耳其手中轉到了意大利名下。兩次摩洛哥危機，以德國承認法國對摩洛哥的保護告終，而法國則將法屬赤道非洲的一塊領土轉讓給法屬喀麥隆。到1914年，除埃塞俄比亞和利比裏亞保持政治獨立以外，其他所有非洲國家都已淪為殖民地。在非洲占有殖民領土的國家中，法國所占麵積為最大，英國所占地區的人口最眾（參見附圖和附表）。然而，列強在大角逐中由於分贓不均，爭奪並未結束。正因為如此，在第一次世界大戰爆發後，非洲又成了帝國主義列強重新瓜分和爭奪的主要目標之一。
表一列強在非洲所占殖民地的麵積單位：平方公裏
表二列強在非洲各殖民地的人口單位：人
三、殖民政治製度的初創
西方列強在瓜分和侵占非洲各國的同時，便著手建立自己的殖民統治機構，到第一次世界大戰時，這些殖民統治機構大體都已建立起來，但還有待於完善。
在瓜分非洲之前，英國、法國、葡萄牙、西班牙都對殖民地實行直接統治製度。直接統治製度的主要特征是廢黜非洲各國原有的統治者，拋棄原有的權力機構，由歐洲官員直接把持所有政府機構，非洲人隻能擔任辦事員之類的低級職務。法國在阿爾及利亞、葡萄牙在莫桑比克和安哥拉、英國在黃金海岸和塞拉利昂都是如此。在瓜分非洲高潮期間，法國、德國、比利時、意大利都廣泛地在其殖民地實行直接統治。但是少數白人殖民者突然要統治如此廣大的地區，況且非洲人民的抵抗鬥爭此起彼伏，這是殖民列強難以解決的問題。於是，間接統治製度和保護國製度應運而生。
間接統治是英國人在印度推行過的。曾在印度服役的盧加德代表英國東非公司征服烏幹達時，即設想利用其固有的行政機構來治理這個國家。1890年締結的協定保留了布幹達國王（卡巴卡）的統治權，國王則承認英國東非公司至高無上的權力，英國派一名駐節長官執掌其事。當盧加德調往北尼日利亞征服該地時，他把間接統治發展成為一套係統的製度，並在全尼日利亞加以推廣（參見本卷第二十五章）。間接統治製度實質上是在間接統治名義下實行直接統治，也就是說，一切被保留下來的土著首領（哈裏發、素丹、埃米爾和各級酋長）不是獨立的統治者，而是唯殖民列強的駐節官之命是從的附屬統治者，他們在行政、司法和稅收上僅有的一點權利也是殖民者賦予的。由於間接統治製度對節省行政經費和人員、特別是分化非洲人的反殖鬥爭有著明顯的優越性，因此盧加德在全尼日利亞加以推行，而且德國人在喀麥隆北部、布隆迪和盧旺達也加以推行，到第一次世界大戰後已在更廣的區域中得以推廣。
保護國製度也是廣為采用的一種殖民統治製度。埃及、桑給巴爾、巴蘇陀蘭、斯威士蘭都被先後宣布為英國的保護國；摩洛哥、突尼斯則被宣布為法國的保護國。保護國製度同間接統治十分相似，這些保護國的軍事、外交、財政、司法大權都在條約（或協定）中明確規定由宗主國掌管；兩者的差異隻是實行保護國製度的國家還保留著名義上的中央政權，而在實行間接統治的地方過去的統治者卻變成了地方一級的土著官員。保留下來的中央政權也是有名無實的。例如，確立摩洛哥保護國製度的1912年的法摩條約規定，法國常駐總專員有權代表法國政府批準和發布摩洛哥素丹批準的一切法令。實際上，摩洛哥素丹隻是法國殖民者的傀儡。
不論歐洲列強在非洲各國推行哪一種殖民政治製度，都有一個共同點，即非洲各國的政治決策和實際統治權掌握在宗主國相應的機構手裏。英國早就設有管理殖民地事務的殖民部，但瓜分和占領非洲的事務，長期歸外交部管轄；直到非洲瓜分完畢後，外交部才陸續將尼日利亞（1900年）、德聖士瓦、奧蘭治、斯威士蘭（1902—1903年）、尼亞薩蘭（1904年）、烏幹達、肯尼亞、英屬索馬裏（1905年）、桑吉巴爾（1914年）轉交殖民部管理。法國在1894年成立殖民部，但它隻負責法屬西非、赤道非洲、索馬裏和馬達加斯加的事務，突尼斯和摩洛哥由外交部分管，阿爾及利亞由內務部分管。德國於1907年組建殖民部，管理德屬非洲事務。意大利於1912年建立殖民部，負責利比亞和厄立特裏亞的事務。殖民地的事務由有關各部決定，下達給殖民地總督或總專員、總領事和駐節官執行。總督或總專員之類的殖民官員是宗主國君主或總統的代表，是各殖民地的最高行政長官。他們又統率一批地方殖民地官員，或直接行使權力，或監督土著首領按殖民者的意誌行事，非洲人完全被剝奪了主權。這種主權體現在軍事、外交、稅收、立法、司法等等方麵。
宗主國從占領一開始，就攫取了外交和海關大權。有的用條約或協定明文規定宗主國在外交事務上代表殖民地。他們接管殖民地的海關，或設立海關，征收海關關稅。控製通貨也是其主權的一個標誌。宗主國著手控製殖民地貨幣的發行和流通。例如在尼日利亞，以1便士兌換300貝幣，但在購買食物時由於麵額太大，未能將貝幣逐出流通領域。1908年，殖民者鑄造了一種銅和錫的地方硬幣，有眼，幣值較小，可以購買價格較低貨物，方才得以流行。又如在法屬馬達加斯加，通行一種五法郎的銀幣。
軍隊和警察是國家權力的主要部門，殖民者是依靠軍隊征服非洲的，征服之後在各殖民地首都和戰略要地都駐有軍隊，鎮壓殖民地人民的反抗。在實行間接統治製度的地區，保留了原有的少量土著軍隊，但它的性質已經改變，不再是一支保衛本國主權的軍隊了。
各宗主國的殖民政權，在本質上是維護宗主國壟斷資產階級利益而壓迫非洲人的政權，但也各具特色。這主要是由宗主國的政治、經濟製度的特點及其殖民經驗所決定的，但也受到非洲國家和地區政治經濟狀況的製約。
英國資產階級具有豐富的殖民統治經驗，它在世界上統治過多種民族，試驗過多種統治形式，從不拘於一格。其殖民統治手段狡猾和權變的特點在非洲再一次得到了體現。英國根據非洲各國的不同曆史、社會和人種特點，根據不同的自然條件和戰略地位，實施它認為最合適的政治製度。例如，它在埃及實行保護國製度，在南非聯合布爾人實行一種半自治狀態的聯邦製度，在烏幹達和尼日利亞推行間接統治製度，在羅得西亞和塞拉利昂則實施直接統治。這些權變的形式是為了更好地維護英國殖民者在各該地區統治的安定，最大限度地掠奪當地的資源和剝削土著居民。但萬變不離其宗，各種統治形式下的政策的決定權仍然掌握在帝國政府、主要是首相和殖民大臣手中，英國內閣才是最高決策機關。但各殖民地的大總督、總督對其所轄地區事務的政策可施加重大影響，不理睬“在任者”（manonthespot）的事例是罕見的，特別是羅得斯、盧加德、喀麥隆和米列爾等人的意見和建議受到內閣和殖民部的高度重視。
英國殖民政治製度的權變和狡猾，還表現為它在許多殖民地建立了各種形式的立法機關，基本上都由高級殖民官員組成，也有幾個由總督指定或選舉的土著成員。把此類機構說成是“自治政府發展的胚胎”是難於令人信服的。其實，這些土著成員是為殖民統治裝飾門麵，欺騙非洲人，並不能決定任何政策。
與英國不同，法國在非洲的政治製度有其特定的理論基礎，這就是法國一直堅持的“壯大法蘭西民族”的同化理論。他們認為，法國所創造的文明是最優秀的文明，法國人應該把法蘭西文明傳播到世界各地，因而主張殖民地與法國在政治、經濟上完全保持一致，非洲土著可以通過接受教育而獲得法蘭西文化，最終自然同化為法國公民。為了給這種殖民主義理論披上漂亮的外衣，他們把同化的思想淵源追溯到愛爾維修、伏爾泰和盧梭等主張的所有人生而平等的思想。但是，啟蒙思想家的觀點是反對封建專製壓迫的，與殖民主義的同化理論可謂南轅北轍。
為推行同化政策，法國在其殖民地強製推行法語，普及所謂法國生活方式。一旦土著接受了法語和法國生活方式，便可以成為法國公民，被賦於一切法國人所享有的政治權利。正如戴維遜所指出：“同化隻是一種幻想”。依據1912年頒布的《入籍法》，凡任公職十年，擁有財產、受法國教育或服軍役獲獎者，才可以取得法國公民權。但到1918年，獲得公民權者僅為24997人，其中22711名住在塞內加爾。俾斯麥不無譏諷地說：“法國殖民地是沒有殖民地人民的殖民地。”當時，法國殖民地總人口近4000萬，而獲得公民權的連千分之一都不到。這些沒有獲得公民權的殖民地人被視為法國的“隸民”，他們擔負法國公民的義務，卻享受不到法國公民的權利，實際上是法國的殖民奴隸。
專製集權和同化政策是一對孿生兄弟。法國人為了推行同化政策，堅持認為殖民地是法國的一部分，除摩洛哥、突尼斯、馬達加斯加以外，把非洲各國的領土任意合並為幾個大行政區，如法屬西非、法屬赤道非洲等等。這些殖民地原有的統治者被流放、關押和殺害，原有的土著製度被撇在一邊。各殖民總督有權任命和更換下屬官吏，殖民地的官吏都來自法國，他們在所管區域實行專製統治。
葡萄牙殖民者也奉行同化政策。他們認為，非洲殖民地是葡萄牙的一個組成部分；作為葡萄牙的海外省，非洲殖民地是盧西塔尼亞文明的一部分。其同化政策早在1761年和1763年的王室法令中已有詳細規定：假如莫桑比克人接受了基督教的教養就有選舉權，就被賦予平等的權利。但當時還是販賣黑奴的猖獗時期，莫桑比克人民毫無平等權利可言。葡萄牙的同化政策還帶有重商主義舊政策的特點，這就是在政治上實行封建專製統治。在瓜分非洲時期，葡萄牙在安哥拉和莫桑比克的領地急劇向內地擴張，但這一統治政策的基本特征到20世紀初並未發生根本的變化。