梭菌活動產生的了酸和氨等，具難聞的臭味，降低了青貯料的品質。青貯飼料中丁酸含量達萬分之見時，即影響品質。
青貯初期，梭菌和乳酸菌一樣很快開始繁殖。植物細胞汁液是梭菌生長的理想培養基，厭氧環境又有利於它的增殖，所以青貯過程中，梭菌數量迅速增多。但是有些因素可以控製或不使它生長繁殖。首先梭菌不耐酸，它生長的pH值為70－74，若青貯期間產生的乳酸量足以使PH值降至不適宜它生長的水平，則生長就會受到抑製。在PH值達到47時，即停止活動。其次是梭菌適宜在潮濕的條件下生長，若將青貯原料加以凋萎，使其含水量低於 70 ％，則它的活動受到抑製。另外，大多數梭菌最適宜生長溫度較乳酸菌高，約為對℃以上，如楔形菌等嗜熱菌適溫為45℃，或高至50℃時仍可生長。所以青貯的首要任務是創造乳酸菌活動的環境，使溫度控製在對℃以下，即可抑製梭菌的活動。
3? 腐敗菌
腐敗菌種類多，適應性廣，幾乎木受溫度、有氧與否等條件的限製。其中與青貯飼料有關的腐敗菌有兩類，一類為革蘭氏陰性微生物，主要有克氏杆菌屬、大腸杆菌等；另一類為革蘭氏陽性芽抱杆菌屬，主要有蠟狀芽抱杆菌、遲緩芽抱杆菌和球形芽抱杆菌。它們主要分解青貯飼料中的蛋白質和氨基酸。其中芽抱杆菌屬細菌，對青貯飼料的好氣性變質起重要作用，使它腐爛變質，產生臭味和苦味。其破壞作用的方式有兩種：其一是促使氨基酸脫梭基，其二是促使氨基酸經水解後，變為丙酸、醋酸。氨、氫和二氧化碳。以穀氨酸為例，其反應式是：
5COOH（CH2）2CHNH2COOH＋6H2O——6CH3COOH＋C4H8O2。
在正常青貯過程中，好氣性腐敗菌因缺氧逐漸停止活動，甚至死亡。少數厭氧性腐敗菌能在缺氧的條件下繁殖，它們既耐低溫，又能耐高溫，有的還形成芽抱。但是腐敗菌不耐酸，當pH值降至4.4時，即為抑製其生長發育。因此，在青貯過程? 中，迅速造成酸性環境，即可有效地控製腐敗菌活動和繁殖。
4? 醋酸菌
醋酸菌屬好氣性細菌。青貯初期，在尚有空氣存在的情況下，醋酸菌能將青貯飼料中的乙醇變為醋酸，降低其品質。其反應式如下：
C6H12O6－－2C2H5OH＋2CO2（酵母發酵）
C2H5OH＋O2---CH3COOH＋H2O
一般認為醋酸菌和大腸杆菌適宜生長的pH值約為7.0，因此發酵初期是利於其生長的。在青貯期間，若乳酸菌增殖迅速，其活動則很微弱。
在某些情況下，如用手工鐮刀而不是用農用機械對割牧草時，由於乳酸菌得不到接種和增殖，有可能大腸杆菌和醋酸菌控製了青貯發酵，從而形成富含醋酸的青貯飼料。醋酸是大腸杆菌等發酵糖分主要產物之一，同時還有甲酸等其它產物。所產生的甲酸，或者聚集起來，或者在酸性條件下轉化為氫和二氧化碳。
5 酵母菌
過去認為酵母菌在青貯飼料中隻是少量的，其實不然。通常認為，酵母菌利用青貯飼料中的糖分進行繁殖，可增加青貯飼料中的蛋白質含量，同時生成乙醇等，因此青貯飼料具有酒香味。據實驗研究認為青貯飼料中酵母活動強烈是不利的，原因有二，首先酵母菌參與了青貯飼料的好氣性變質；其次，酵母菌與乳酸菌爭奪糖分並發酵產生乙醇，而乙醇對青貯飼料幾乎無保存價值。除產生乙醇外，酵母菌發酵醇還產生正丙醇、異戊醇、乙酸。丙酸和異丁酸以及少量的乳酸。在好氣條件下，糖分被酵母徹底氧化產生二氧化碳和水。
6 黴菌
黴菌是青貯飼料的有害微生物，也是導致青貯飼料好氣性變質的主要微生物。pH值低和厭氧條件下，足以抑製黴菌的生長。所以，通常黴菌僅存在於青貯飼料的邊緣和表層等接觸空氣的部分。青貯飼料中的黴菌活動之所以有害，是因為它除了使纖維素和其它細胞壁組分分解外，還能通過呼吸作用分解糖分和乳酸。此外，還產生對動物有毒的物質。如鐮抱黴菌會產生一種具有雌激素效應的毒素，它對豬有較強的毒害作用，並發現它會使牛和綿羊產生散發性不孕症。又如白地黴菌會使青貯飼料產生一種酸敗氣味。