民族工作根本指導思想偏離正確方向
這一期間，除發生西藏叛亂外，還發生了一些由外國勢力挑起並對民族地區有一定影響的重大事件。如一九六二年四月至五月，蘇聯駐中國新疆維吾爾自治區的領事館在伊犁哈薩克自治州的塔城等地進行顛覆活動，誘騙中國邊民五、六萬人進入蘇聯境內，並煽動製造了伊犁暴亂事件。同年十月至十一月，印度軍隊在中印邊界全線，東起西藏的山南地區、昌都地區，西至新疆的阿克賽欽地區，發動大規模的進攻，中國駐西藏和新疆的邊防部隊，不得不進行自衛反擊作戰。
一九六二年八、九月間召開中共八屆十中全會，毛澤東作了關於階級、形勢、矛盾和黨內團結問題的講話。他指出，在整個社會主義曆史階段，資產階級都將存在和企圖複辟，並成為黨內產生修正主義的根源，提出“千萬不要忘記階級鬥爭”，並強調，從現在起，階級鬥爭必須年年講、月月講、天天講。於是，“以階級鬥爭為綱”就成為一切工作中都必須堅持的指導思想。
當時，在國際、國內出現的政治氣候影響下，不僅中斷了對“大躍進”中違反民族政策的糾正，而且使民族工作的指導思想出現了更大的偏差。
一、“左”的錯誤進一步發展
在中共八屆十中全會以後，民族工作方麵的“左”的錯誤隨之進一步發展。當時，在一切工作都要“以階級鬥爭為綱”的“左”的指導思想支配下，將社會主義社會中的民族問題，簡單化、絕對化地統統歸結為階級和階級鬥爭問題。把中共中央五十年代在一份報告的批示中指出的“在階級社會裏，民族問題的實質是階級問題”斷章取義，去掉其前提條件，作為普遍原理毫無限製地加以運用。在民主改革和社會主義改造已基本完成，各民族內部的階級壓迫和剝削製度已從根本上廢除，產生民族壓迫的國內階級根源已不存在的曆史條件下，仍然不加區別地把民族關係方麵出現的一切矛盾，一概看成是階級鬥爭的反映。並斷言民族問題之所以長期存在，就是因為階級和階級鬥爭長期存在，甚至認為民族問題就是階級問題。對過去幾年在少數民族地區實行的一些正確的方針政策，特別是為糾正“大躍進”期間的錯誤而采取的調整民族關係的措施，則認為是喪失了階級鬥爭立場的右傾投降主義。
在這種“左”的指導思想支配下，一九六三年初和一九六四年八月，在中共中央統戰部內部，曾先後兩次對長期主持統戰部工作，並在民族理論、民族政策和民族工作方麵作出卓越貢獻的李維漢，進行了批判。指責他長期以來在統一戰線、民族、宗教工作方麵，堅持了一條反黨、反中央、反毛澤東思想的修正主義路線，說他在民族工作中隻講民族，不講階級，犯了向資本主義和封建農奴主投降的右傾投降主義路線的錯誤。這樣一來，在廣大民族工作者的思想上，又一次造成了混亂。
二、片麵強調階級路線
一九六三年開始，全國廣大農村開展了社會主義教育運動（又稱“四清”運動）。少數民族地區在這場運動中為了貫徹階級路線，對於民主改革時未公開劃過階級的少數民族牧區、實行和平協商改革的少數民族地區以及未進行係統地民主改革的少數民族地區，進行了民主改革“補課”，重新劃定了階級，把一些勞動牧民、農民及他們的子女錯劃為剝削階級，混淆了階級陣線，擴大了打擊麵。對有的少數民族上層愛國人士通過正當途徑提出的批評和意見，竟看作是“反革命上書”，是“向黨進攻”，給予了沉重的打擊。在“以階級鬥爭為綱”的思想指導下，把過去按照少數民族地區實際情況采取的正確的方針政策和許多成功經驗，如對民族宗教上層人士的團結、教育、改造的政策，在少數民族牧區的社會改革中實行的不鬥不分、不劃階級、牧工牧主兩利的政策，在邊疆有些少數民族地區實行和平改革的方針等，都當作“階級調和”的“修正主義路線的產物”而加以批判。於是，一九五七年後在民族工作中逐漸滋長起來的“左”的偏向，在錯誤的道路上發展得越來越嚴重。
一九五八年至一九六五年這個時期，就整個民族工作戰線來說，一方麵取得了一定的成績，大多數少數民族地區的經濟、文化建設有一定的發展；另方麵，在少數民族地區建設社會主義的問題上，犯了脫離實際、超越階段發展的錯誤。造成這一錯誤的原因，主要是在理論上對社會主義和“直接過渡”存有誤解，在變革所有製和經營管理上違背了經濟規律，背離了生產關係一定要適合生產力性質的客觀法則。在指導思想和實際工作中，違背了中國共產黨一貫倡導的實事求是的思想路線，忽視甚至抹殺少數民族和民族地區的特點，不切實際地要求所有少數民族都在很短時間內達到或接近先進民族的水平。結果是欲速則不達，反而使少數民族地區的社會主義建設事業偏離了正常的發展軌道。而指導思想上“左”的錯誤，又一次給民族工作帶來了曲折。