一個國際研究小組在西氏墓蝠的糞便樣本中，發現了一種似乎來自於上述病毒的微小基因片段，與首位人類患者的病毒完全相同，而且，它來自首位病患住所附近。歐洲與阿曼的研究人員在《柳葉刀——傳染病》雜誌上報告說，他們在單峰駝血清樣本中發現新型冠狀病毒的抗體，表明單峰駝可能作為中間宿主，在病毒傳播中起到“幫凶”作用。
作為一般的預防措施，任何前往農場、市場、穀倉或者其他有動物場所的人，都應該采取一般的衛生措施，如接觸動物前後要常規洗手，避免接觸患病動物。
食用生的或未煮熟的動物產品（如奶和肉），存在較高的感染多種病原微生物的風險。通過烹飪或巴氏滅菌法適當處理的動物產品可安全食用，但處理時仍需小心，避免與未煮熟的食物交叉汙染。駱駝肉和奶在加熱滅菌、烹飪或其他熱處理後可放心食用。
目前認為，患有糖尿病、慢性肺部疾病、腎衰竭或免疫抑製的人群是罹患MERS的高風險人群。因此，這部分人群應避免與駱駝接觸、也不要喝生的駱駝奶、接觸駱駝尿及食用尚未煮熟的肉類。
駱駝農場和屠宰場的工人應該有良好的個人衛生習慣，如在接觸動物後勤洗手、可行的麵部保護和穿防護服（工作後需要脫下和每天清洗）。工人們還應該避免讓家庭成員接觸可能被駱駝或駱駝排泄物汙染的工作服、鞋子或其他物品。不要宰殺和食用生病的動物。避免直接接觸已經確認被MERS-CoV感染的動物。
目前尚無治療方法和疫苗
大部分時間，病毒與動物宿主相安無事，仿佛簽了一張“休戰協議”。每一種病毒都需要宿主，如果它危害到自己的宿主無法生存，那麼病原體自己也就無處可待。但當病毒從一種宿主轉移到另一種宿主時，戰爭就隨之開始。
戰爭的慘烈程度，跟病原體的致病機理有關。病毒受體能夠跟病毒結合，介導病毒侵入，並促進病毒感染。MERS 冠狀病毒的受體為二肽基肽酶 4（DPP4）。這種蛋白在人體內的肺、肝髒和腎髒等多種髒器內都有分布。因而 MERS 冠狀病毒除了能引起呼吸係統疾病，還能引發腎衰竭。
戰爭打響了，但人類通常一時半會兒難以拿出有效的武器，也就是特異性的治療方案，疫苗的研製更是需要時間。也就是說，現階段，還沒有針對這一新型冠狀病毒的特效藥和疫苗。治療方法基於病人臨床狀況的支持對症治療（即維持及幫助機體功能的治療），並非特定的抗病毒治療。
客觀來說，MERS-CoV目前沒有特效藥，沒有已經投入使用的疫苗。但這並不代表，科學家對這個病毒束手無策。
首先，如前所述，科學家們確定了病毒的源頭和傳播機製——蝙蝠是終極源頭，單峰駱駝是中間宿主。此後，中美科學家首次發現該病毒從蝙蝠傳染到人類的途徑。這些研究成果對於了解該病毒的動物起源，以及預防和控製中東呼吸綜合征（MERS）及相關病毒在人類的傳播，是至關重要的。
而且，卡塔爾和荷蘭科學家組成的研究小組2014年進行了關於卡塔爾駱駝生態係統調查工作，發現約20%的被MERS病毒感染的駱駝會在糞便中排泄病毒，調查的109位駱駝相關職業者中有8.7%已經攜帶MERS抗體，這表示他們曾在某一時刻被感染，但被病毒感染的駱駝工作者病情並不嚴重。這些發現也 表明，MERS比預想的更普遍和更不致命。
更有現實意義的是，科學家正在試驗各種抵抗MERS的方法。在2013年4月發表的一份研究報告中，美國國家過敏與傳染性疾病研究所（NIAID）建 議嚐試利巴韋林和幹擾素α-2b兩種藥物聯用的療法，該方法在動物試驗中被證實有效。之後，德國的研究團隊也研發出一種改良型痘苗病毒安卡拉株 （MVA），通過將疫苗注射到小鼠體內，由此產生的MVA-MERS-S病毒顆粒在組織培養中被發現可誘導產生抗體，該抗體特異性識別MERS-CoV和 有效地阻止易感細胞被感染。到目前為止，該疫苗研究並沒有出現比較嚴重的副作用。不過，這些方法對人類是否有效還有待檢驗。
沙特阿拉伯健康部門已經聯合5個國際醫藥公司開發相關疫苗，並爭取趕在MERS流行季節到來前上市。
另外，中國的國家科技重大專項也啟動了相關新型病毒溯源項目，專家通過國際上已經發表的病毒基因序列等信息開展診斷試劑、實驗室檢測方法、疫苗研發等工作，已獲得了MERS病毒毒株，將對已有研究成果進行進一步驗證，並加緊開展後續研究。
基於這些研究，我們或許可以更加冷靜地看待MERS。事實上，對於輸入性的疾病，中國在傳染源的防控上有豐富經驗。而且，我們對於MERS病的防控經驗並不缺乏，SARS的防控經驗同樣適用於這種呼吸道的傳染疾病。