劉秀以“柔道治國”為主理念，退功臣、進文吏，使得大多數開國將帥皆以列侯歸鄉享受優厚待遇，而不參與政治。當時功臣能夠參議大政的僅鄧禹、李通、賈複三人。這幾個人亦深知劉秀心跡，“並剽（消除）甲兵，敦儒學”，以避猜忌。劉秀對大臣更為警惕。建武時任大司徒者多遭打擊，如伏湛因事罷官，韓歆因剛直去位，又被逼自殺，歐陽歙、戴涉皆因罪下獄而死，史稱“自是大臣難居相任”。
劉秀之所以如此，其目的就是為了提高專製皇權。
劉秀對宗室諸王及外戚的控製更嚴。公元48年（建武二十四年），劉秀重申西漢時代的阿附藩王法，嚴禁諸王交通賓客，結黨營私。
公元52年，他借故搜捕王侯賓客，“坐死者數千人”。漢明帝即位後，更是屢興大獄，株連極廣。
【改革官製】
在行政體製上，劉秀一方麵進一步抑奪三公職權，使全國政務都經尚書台，最後總攬於皇帝；
另一方麵，又加強監察製度，提高刺舉之吏，如禦史中丞、司隸校尉和部刺史的權限和地位。又令全國共並省400多個縣，吏職減省至十分之一。
【發展經濟】
天下平定之後，劉秀重視生產與人民生活的恢複與發展，開始著力發展生產、提高民生、恢複國力，劉秀還采取了不少措施來安定民生，恢複殘破的社會經濟。建武六年下詔恢複三十稅一的舊製。東漢初年的封建租賦徭役負擔，比起西漢後期和戰爭期間有所減輕。他前後九次下詔釋放奴婢，或提高奴婢的法律地位，使大量奴婢免為庶人，使流民返回農村，促進生產。他統治的時期，遭戰亂破壞的生產和生活得到了迅速的恢複，人口與墾田數目大大增加，史稱“光武中興”。
公元26年（建武二年），光武帝下令整頓吏治，設尚書六人分掌國家大事，進一步削弱三公（太尉、司徒、司空）的權力；同時清查土地，新定稅金，振興農業，使人民生活逐步穩定下來。
東漢經“光武中興”，社會的經濟有了一定的恢複，文化進一步發展，太學林立，學術氣氛濃厚。東漢時期，各地豪強控製大量土地及耕作的農民，建立大型田莊，發展自給自足的田莊經濟，甚至擁有私人武裝力量，這一切都成為社會的不安定因素。
四、戚宦之爭
漢章帝時期開任用外戚之先河。在他死後，漢和帝劉肇十歲繼位，竇太後臨朝稱製。
竇太後倚仗親族，竇氏戚族開始專權。
永元四年，漢和帝聯合宦官掃滅竇氏戚族，親政後從不荒怠政事，故有“勞謙有終”之稱，曾多次下詔賑濟災民、減免賦稅、安置流民、勿違農時、招納賢士，在法製上也主張寬刑，軍事外交上降服匈奴及西域諸國，劉肇親政後使東漢國力達到極盛，時人稱為“永元之隆”。
元興元年（公元105年）的墾田數字達到732萬多頃，人口達到5325萬人。
漢和帝去世後，漢殤帝繼位，政權為鄧太後的兄長鄧騭為代表的鄧氏戚族掌控，漢殤帝延平元年八月去世。
鄧氏戚族扶持漢安帝繼位，鄧太後死後，漢安帝親政並掃滅鄧氏，但未能阻止其他外戚專權。
漢安帝死後，劉懿為閻氏戚族擁立，即位二百餘日後就因病去世。
不久之後閻氏戚族就被宦官消滅。宦官擁立漢順帝，漢順帝對外戚繼續放任自流，結果導致梁氏戚族長達20多年的專權。梁冀更是達到了外戚權力的巔峰，漢衝帝、漢質帝都被他牢牢控製。漢質帝因童言無忌而被毒殺，之後漢桓帝即位。
公元159年，漢桓帝聯合宦官一起誅滅了梁氏。
漢桓帝將與他同謀的十三個宦官封侯，自是宦黨幹政。
宦官的腐敗比外戚更甚，導致士大夫不滿，士大夫與外戚聯合一同對抗宦官。
雙方鬥爭激烈，最終導致了兩次黨錮之禍，正直的士大夫全被排斥出朝堂。東漢王朝自此江河日下，瀕於滅亡。漢靈帝繼位後比漢桓帝更信任宦官。漢靈帝將朝政委任於宦官，使政局更為惡化。
黃巾起義爆發後，黨錮才被解除。