朱有孝頭疼的財政問題還沒有結果，又一個事情出來了，兵部右侍郎兼右僉都禦史熊廷弼被囚車押送回京，曆史上這個事情大概就發生在這個時候，朱由校措手不及吃了大虧。
熊廷弼，少時家境貧寒，放牛讀書，刻苦強記。萬曆二十五年鄉試第一，次年中舉人。《明史》稱其“有膽知兵，善左右射”，“性剛負氣，好謾罵，不為人下，物情以故不甚附。”這是在明朝晚期不可多見的有文化的軍事家，這人的短處就是不通人情世故，曾經幾起幾落，但是就是改不了自己的性子，也許這就是他的宿命。但是現在的朱有孝已經不是曆史上的那個朱由校了，熊廷弼的命運再也不會像曆史上那樣幾起幾落了。
今天又是早朝的日子，朱有孝又一次坐到了龍椅之上。
群臣參見已畢，王安喊道：“諸位群臣，有事早奏，無事退朝。”
這時禦史馮三元出班奏道：“臣，馮三元上疏彈劾熊廷弼，熊廷弼在遼東假名增稅，勒索百姓致使百姓怨聲載道，聲言築城禦敵，實是畏敵如虎，不敢主動出兵，誤國誤君，請求皇上治罪。”
“臣，姚宗文附議，熊廷弼經略遼東，不但沒有收複失地寸土，而且徒耗國帑築城修牆。臣曾經在遼東勞軍，深知熊廷弼為人粗暴、性情怪異，經常無故嗬罵下屬。而且常借出外巡視之名，實則勒索當地百姓。臣請陛下立刻押解下獄，徹查此人。”
“臣，顧慥附議。熊廷弼罪不可赦，不殺不足以平民憤，請陛下下旨嚴懲。”
“臣，楊漣持異議，熊廷弼雖無大功，但巡視遼東亦未失寸土，僅以禦史之言，尚書之語，就治其大罪，臣認為不妥，請陛下三思。”
朱有孝現在恨不得立刻下旨殺了馮三元、姚宗文、顧慥三人，就是因為這三個人熊廷弼被撤，接下來連連丟失沈陽、遼陽。但是禦史就有聞風而奏的權利，你要是今天打了、殺了他，明天他就出名了，皇帝就成了昏君，既然有人告狀，那就得查啊。
朱有孝壓住心中的怒火道：“著東廠提督宋晉，立刻收押熊廷弼入內監，但不得動刑，請給事中楊漣負責詢問事情原委，但不得動用刑具。”
其實朱有孝這道口諭有點不倫不類，這件事本應該由刑部審理，其他人不得幹預才對，可是朱有孝要保護熊廷弼，但又不能讓別人說出借口來，而東廠反正名聲也不好，而且也有審訊的權利，甚至看起來比刑部審訊更有力度。因此，這三位彈劾的家夥隻能叫皇上聖明了。
現在唯一鬱悶的就是楊漣了，自己多了一句嘴，結果和聲名狼藉的東廠攙和到一塊了，自己還是負責人，這東廠都是些什麼人，自己能指使得動麼?但是楊漣是非常聰明的，瞬間幾乎就明白了朱有孝的意圖，這就是把公事變成皇帝自己處理的私事了。
朱有孝接下來就問道：“既然遼東經絡熊廷弼被押，何人可代替熊廷弼經略遼東呢？這樣吧，朕推薦一人吧。他就是翰林院侍講，先帝的老師孫承宗。”
朱有孝不等群臣反應過來，就接著道：“擬旨，封翰林院侍講孫承宗為兵部右侍郎兼右僉都禦史，授帝師稱號，加太子少保，賜尚方劍，代朕巡視遼東。”