孫傳庭了解到這些事情的來龍去脈，自然要派兵相助，更何況西邊的劄薩克圖汗勢力需要解決，如果哲布尊丹巴活佛能夠說服劄薩克圖汗，事情就簡單多了，不用流血的征服，更會讓民眾心裏容易接受。暫且讓謨囉唄瑪和奧巴、宰桑*布和管理這裏的政事，曹文詔管理軍事，孫傳庭自己就帶著賀人龍、碩壘一起去追趕林丹汗部落。
再說毛文龍和朱由檢他們，自從出兵以後，二人根據地圖所指定的地方建起了兩座城堡，建設的主力軍就是那幾萬倭國俘虜。要依照毛文龍的想法，這些俘虜隨便給他們吃點，隻要餓不死就行，不幹活就使勁揍，折騰死拉到。朱由檢卻發現這些俘虜比較聽話，而且隻要指定出任務，他們都可以認真的完成，從來也不講什麼條件，這可是極大的優點，良好的服從性可不是一般的民族所具有的習慣。朱由檢因此決定要善待這些俘虜，不但要讓他們吃飽喝足，而且還給他們提供了比較好的生活條件，為了讓他們不騷擾附近的女人，還特地給在朝鮮的熊廷弼寫信，讓他送來一千多倭國的女人，除了留一些作為軍妓，餘下的就獎賞給幹活最賣力的人做老婆，朱由檢這一招還真不錯，整個城堡的建設就有了非常大的進展。
安排好這兩個城堡的建設以後，毛文龍、朱由檢就帶著五千山地步騎營士兵直奔北海西側的地方，到了後世的伊爾庫茨克城，這裏是兩個河流的交界處，地理環境非常好，兩人決定在這裏建一座城堡作為基地，這座城堡就起名叫鎮北城，就又調集過來兩萬倭國人俘虜開始建城，仍然是以石頭為原料的堅固城堡。
附近還有不少當地的居民，毛文龍、朱由檢按照孫傳庭的命令，和他們開始友好的相處，收購他們的皮毛，交易給他們需要的食鹽、糧食、鐵器等比較先進的東西，雖然言語上不是太通順，但是大概意思還是能夠互相明白，也有從科爾沁草原西部出身的士兵迅速掌握了和本族有些類似的這種方言，開始做起了翻譯，逐漸的和附近的人交流越來越多，偶然之間還發現了一些金發碧眼的西方人，他們也來做皮毛生意，這就引起了毛文龍的注意，便命令山地步騎營的士兵悄悄的打聽他們的消息。
經過一段時間的接觸，毛文龍就開始向西、向北派兵偵查，也向薩彥嶺以南的圖巴人發出友好邀請，加強聯係，因為現在的圖巴人屬於劄薩克圖汗的領地範圍，毛文龍的任務是堵截林丹汗，所以他隻能耐心等待南路的進展。
終於在五月底的時候傳來了消息，林丹汗帶著部落從南部匆忙帶著部落衝向了圖巴人的領地。原來孫傳庭派出的賀人龍和碩壘帶領親衛隊，采取猛虎掏心的戰術，就是類似後世的斬首行動，以迅雷不及掩耳之勢攻擊了哲布尊丹巴活佛的住錫地，解救出了被林丹汗扣押的活佛，失去了活佛的林丹汗被逼無奈，隻好放棄了那裏，帶著部落衝向了圖巴人領地，準備搶占這一片的地盤。
毛文龍就帶著四千山地步騎營士兵，留下朱由檢看守修建鎮北城堡，按照偵查好的地形前去伏擊林丹汗。這是一塊山間盆地，在盆地的入口處毛文龍設下埋伏，等到林丹汗的殘兵敗將老少隻有不到三萬人進入盆口以後，毛文龍帶著手下的驕兵悍將直接就殺了上去。林丹汗也不是傻子，看到凶猛的毛文龍直接就向回逃竄，根本就不和他照麵，氣的毛文龍大罵。
走投無路的林丹汗後有追兵，前有攔路虎，他就做了最聰明的選擇，向孫傳庭投降去了，放棄了掙紮，結果反倒要比土謝圖汗的要好，沒有撈上仗打的毛文龍氣急敗壞，隻盼著劄薩克圖汗進行抵抗。