自從大明擊敗沙俄帝國以後，就很少再有大規模的戰爭了，向周圍的一些擴張都屬於邊疆部隊的自發行為，他們也沒有向大明的戶部申請多少軍費，僅僅隻是在兵部做了備案，大明軍隊大規模的戰爭逐漸減少，為了盡可能的減少軍費開支，為徹底取消農業稅做準備，朱有孝便開始減少軍隊的規模，而建設更加精銳的常備的軍隊。
朱有孝按照地域建設了十個軍區，其中多數都是建立在邊疆地區，人數從五萬到十五萬不等，實行職業兵役製度。還有就是建立武裝警察製度，各個城市都建立了警察局，負責維護地方的安全，這些人都會從軍隊裏挑選出來，剩下的軍隊則開始安排退出現役。
普通的退役軍人把青春獻給了大明，朱有孝自然也不會虧待他們，大明現在的家底比較厚實，並不吝嗇金山銀海，給了退役士兵豐厚的退役金，至於軍官們的出路，除了退役金以外，還負責安排一定的職務。但是朱有孝還是小看了這些經過鐵血經曆的大明軍人，這其中的大部分軍人並沒有回家，他們對於農活或者工廠做工不感興趣，在一些軍官的帶領下，他們組織了幾十隻雇傭兵隊伍，利用他們的退役金做資本，奔赴海外幫助大明再次開拓土地。
另朱有孝以外的是，大部分的士兵都去了朱由檢的南美，後來才知道這是朱由檢早就讓他手下的軍官聯絡的，至於什麼原因，朱由檢也沒有說。朱有孝怕朱由檢出現意外，就動用了內帑五百萬銀子，悄悄的撥付給了朱由檢，朱有孝也隻是回信表示感謝，仍然沒有說明原因，朱有孝也沒有再問，估計到了時候他自己會解釋。
整頓軍隊以後，大明士兵的裝備再次的到了提升，新式的武器繼續裝備部隊，而為了試驗這些裝備，朱有孝允許各個軍區可以自行安排士兵進行訓練，甚至可以到各個不同的國家參與實戰，從而提高士兵和基層軍官的實戰經驗。
不停地讓士兵參加實戰的想法，是朱有孝從後世美國的身上學習的，因為自從二戰結束以後，世界伊和平發展為主題，但是美國人卻是發動了十幾次大小不等的戰爭，讓他們的軍隊的到了實戰的經驗。相對的是中國軍隊，經曆國內戰爭以後，二十多年沒有經過實戰的鍛煉，在對安南的自衛反擊戰中付出了慘重的代價，以至於後來的數年中，都沒有結束邊境的小規模衝突，其中鍛煉隊伍是最主要的目的。
邊疆地區的士兵可以不斷的在附近參與戰爭，而東部的軍區卻不太方便，朱有孝不得不再次把目光瞄準了倭國，那裏現在仍然是烽煙不斷，朱有孝還要再加上一把火，讓那裏的戰爭在激烈一點。
《司馬法》曰:國雖大，好戰必亡;天下雖安，忘戰必危。《易》曰:君子以除戎器，戒不。夫兵不可玩，玩則無威;兵不可廢，廢則召寇。昔吳王夫差好戰而亡，徐偃王無武亦滅。故明王之製國也，上不玩兵，下不廢武。存不忘亡，是以身安而國家可保也。
中國古代的治國智慧無窮，但是後來從董仲舒“推明孔氏，抑黜百家”的思想出現以後，尤其是宋朝的腐儒曲解了儒家思想真諦以後，華夏的兵家思維被壓製，致使後來的國家治理思維都是以穩為主，以和為貴，失去了積極的對外開拓思想。形成了內戰內行，外展外行的純農耕思維。
為了盡可能鍛煉軍隊軍官戰術思想，同時減少士兵的傷亡，朱有孝采取的方法是在倭國的三個主島上各自安排一個軍區的士兵參戰，他們以各個本島的戰爭為作戰範圍，不許參與各島之間的戰爭，這就避免了發生互相之間的誤傷，還可以不斷的讓士兵輪訓、輪戰，比較熟悉自己的戰場環境，再就是可以讓軍區之間在一定的時間周期內交換基地，盡可能適應不同環境的鍛煉。