理論分析表明，大股東和小股東之間的利益衝突是產生代理問題並導致公司價值降低的主要原因，國別經驗研究也發現了大量代理衝突導致公司價值降低的證據。從第三章製度背景的分析可知，我國證券市場具有新興和轉軌的性質，國有企業本身就缺乏自生能力，剝離改製上市的方式又使得母公司和上市公司之間必然存在大量的關聯關係，為大股東實施“隧道挖掘”行為提供了天然的通路；民營上市公司普遍采用的金字塔控製方式導致控製權與所有權的分離；股權分置的製度安排則進一步加劇了大股東和小股東之間的利益衝突，惡化了代理問題。
如第二章所述，國外學者從股權結構與公司價值之間關係的角度對此多有研究，國內學者在實證研究方麵也做了大量的工作，比如，XU和 WANG（1997）選取了1993～1995年上海及深圳證券交易所上市公司數據分析了股權結構、公司治理與公司績效之間的關係，發現，股權集中度與公司績效正相關，法人股股權集中度比國家股股權集中度對公司績效的正向影響更為顯著；對於混合型公司，作者發現公司績效與法人股比例正相關，與國家股比例負相關，與流通股無相關關係；孫永祥和黃祖輝（1999）發現我國上市公司的股權結構與托賓Q值之間存在倒U型關係，並且法人股為第一大股東時，公司托賓Q值和公司治理要好於第一大股東為國家股的上市公司；陳曉和江東（2000）發現，在競爭性較強的行業，國有股比例與公司業績負相關，法人股和流通股比例與公司業績正相關；而在競爭性較弱的行業則沒有發現這種結果；陳小悅和徐曉東（2001）的研究表明，在公司治理對外部投資者利益缺乏保護的情況下，流通股比例與企業業績之間負相關，在非保護性行業第一大股東持股比例與企業業績正相關，國有股比例、法人股比例與企業業績之間的相關關係不顯著；朱武祥和宋勇（2001）以競爭激烈的家電行業上市公司為樣本，發現國家股、法人股和流通股與企業價值並無顯著相關性；徐曉東和陳小悅（2003）的研究表明，第一大股東為非國家股股東的公司有著更高的企業價值和更強的盈利能力；白重恩等人（2005）的研究發現，第一大股東的持股量與托賓Q值之間是非線性關係，政府控製的公司經營上缺乏效率，除第一大股東以外的其他大股東持股比例越高，企業的市場價值也將越高。
從現有文獻來看，國內關於上市公司股權結構與公司價值或績效之間關係的實證研究未能取得一致成果。究其原因，可能在於：第一，研究者所采用的業績衡量指標不盡一致，很多研究直接采用會計指標如淨資產收益率衡量公司業績，而在我國現有監管環境下會計指標容易受到人為操縱，用其作為研究變量的結果有效性就值得懷疑。第二，研究存在的一個缺陷在於普遍以行政劃分的國家股、法人股和流通股為分類標準來進行研究，但正如TIAN（2001）所指出的，“這種分類標準是用來幫助管製股票交易行為的，而非真正是對投資者的分類”。劉芍佳等人（2003）也認為，現有的統計股權分類方式的一個重要缺陷是它沒能清楚地表明法人股本身的所有權屬性，這就導致相關研究誤入歧途。第三，由於簡單地以與上市公司有直接關係的股權結構為研究對象，而沒有追蹤到上市公司的最終控製人，導致研究無法揭示某些更深層次的關係，比如不同類型的國有股東控製對公司價值的影響，民營企業的金字塔控製結構導致控製權和現金流權發生分離及其對公司價值的影響等等。
國外學者的諸多研究均發現，大股東可能通過更隱秘的途徑來掌握權力，公司的實際控製人有可能隱藏在幕後，通過一種間接的方式而保持對公眾公司的控製，比如，對於家族企業而言，公司的最終控製人經常利用金字塔結構（PYRAMIDSTRUCTURE）來建立一個控製的鏈條，上市公司的股權被一家公司所掌握，這家公司又被另一家公司所控製，而後者的控股份額又可能直接或間接地通過類似的鏈條而落在某個終極所有者的手中。因此，僅僅通過分析直接掌握上市公司股權的所有者的資料並不足以了解這些企業真正的所有權與控製權，必須追溯到企業的終極產權所有者，才能夠更深入地理解現代企業中所有權、控製權與公司價值之間的關係。
為了探究股權結構與公司價值之間更為深層次的關係，本文沿襲了LAPORTA、LOPEZ－DE－SILANES、SHLEIFER和VISHNY（1999）的研究方法，通過追溯層層所有權關係鏈來找出我國上市公司中誰擁有最終的控製權，以此為依據來對公司的最終控製人按照所有權性質進行分類並在此基礎上展開相應的實證研究。