一、資本的產業配置失衡
造成我國資本配置效率低下的一個重要原因是資本產業配置失衡。改革前，為了實施重工業優先發展戰略，資本配置強烈向重工業傾斜，嚴重背離了我國經濟中的比較優勢，導致資本配置效率低下。改革後，伴隨著企業和地方政府利益的獨立化，資本配置明顯向投資少、見效快的加工工業傾斜，導致基礎產業和加工工業之間資本投入與產出缺少關聯度，致使資本配置缺乏效率。
1.資本在輕工業和重工業配置失衡。
我國的現代經濟增長和工業化進程，是在人均收入遠遠低於西方發達國家工業化起始時期水平上起步的。據經濟學家推算，發達國家在開始進入現代經濟增長及工業化起步的時期，人均國民生產總值（GNP）大都在200美元以上，有的已超過三四百美元。我國在1952年，估計人均國民生產總值僅為50美元左右。這種低收入水平抑製資本積累，致使資本供給嚴重不足，資本價格或利息相當高昂。比較而言，勞動力供給極為豐富，勞動力價格較低。如果由市場來誘導產業結構的形成，由於勞動力價格較低，勞動密集型產品的相對成本較低，在國內和國際市場上都比資本密集型產品更富有競爭力。在利潤動機的驅使下，生產者會將資本投向勞動密集型產業。
重工業是一個資本密集型產業部門，輕工業則是一個勞動密集型產業部門。從理論上講，在工業化起始時期，我國應首先將資本投向輕工業。從西方資本主義國家工業化的經驗來看也是如此，在工業化之初資本配置先是向周轉快、收益高的輕工業傾斜，重工業化趨勢是到生產社會化程度較高的時期才出現。
由於種種因素的共同作用，我國選擇了重工業優先發展戰略。為了解決發展重工業部門的成本高昂問題，政府製定了一套以全麵扭曲產品和要素價格為內容的宏觀政策，人為地壓低資本和勞動力的價格，降低重工業資本形成的門檻，並建立相應的資本計劃配置製度以保證資本優先流向重工業部門。
不可否認，實行優先發展重工業的戰略方針，使我國在人力、財力和物力十分有限的條件下，完成了大量的重點項目建設，奠定了工業化的基礎。然而，資本配置對重工業的強烈傾斜嚴重背離了我國資源的比較優勢，造成資本產業配置失衡和資本配置低效率。
假定整個經濟中隻有資本密集型的重工業和勞動密集型的輕工業兩個部門，由特定的資源稟賦所決定生產可能性邊界為OCD。EP表示由市場決定的相對價格線。如果沒有產品和要素價格扭曲，完全按照市場機製來配置資本，則適宜的生產組合在E點，即位於生產可能性邊界和由市場決定的相對價格線的切點上，整個經濟將生產OX0的重工業產品和OY0的輕工業產品。然而，由於推行重工業優先發展戰略和人為扭曲要素價格，資本反而成為一種相對便宜的要素，政府通過計劃手段將資本配置到具有優先發展權的重工業部門，這就抑製了具有比較優勢的輕工業部門的發展。結果，實際的生產可能性邊界曲線縮小到受限製的Y1 AD，形成的產品生產組合在生產可能性邊界的 A點，相應的重工業產品產量為OX1，輕工業產品產量為OY1.這種資本傾斜配置的靜態後果是，按不變價格計算的國民收入將損失一個ea的絕對量或ea/eO的相對量。由資本配置失衡導致的國民收入損失，意味著可供投資的剩餘的減少。假設國民收入按一定的比例用來投資，則一方麵減少的投資額會按一個乘數效應進一步減少總投資，這個乘數為社會邊際積累率的倒數；另一方麵，假設政府資本傾斜配置的目標是通過輕、重工業之間的一個固定的比例關係來達到的，則每一期再生產都會同樣產生一個相對量為ea/eO、絕對量不斷大於ea的損失。
對於資本的產業配置失衡導致資本配置效率損失，國外一些經濟學家進行了實證分析。德塞和馬汀經過研究發現，采用重工業優先發展戰略的前蘇聯因資本和勞動力的部門間配置不合理而造成的損失為3%~10%，約占工業投入品的15%~17%。懷特斯托和巴雷托經過研究發現，在20世紀80年代初期，前蘇聯通過重新配置工業中的資本和勞動力，提高產出4%~6%。
我國輕、重工業的資本配置失衡所造成的資本配置效率損失要比前蘇聯更為嚴重。這是因為，資本配置過度向重工業傾斜的工業化模式與市場需求結構嚴重脫節。前蘇聯在重工業優先發展過程中市場問題的解決在很大程度上可以依靠它當時所控製的東歐社會主義國家，因為這些東歐社會主義國家在鋼鐵、重型機械等重工業產品上對前蘇聯有很強的依賴。我國重工業優先發展戰略是在缺乏良好的市場環境下推行的。一方麵，由於實行自我均衡的封閉經濟，重工業的發展不能得到國際市場上的有效支持；另一方麵，在國內市場上，重工業的優先發展又與農業、輕工業的需求嚴重脫節。1952年，國家重工業投資中用於農機、化肥、農藥等工業的投資比重隻有8.5%。重工業的優先發展主要是依靠重工業內部的自我循環來實現。為了保證重工業內部擴大再生產的順利進行，就必須提高積累率，增加對重工業的資本投入，每一次生產循環又不可避免地發生因資本配置失衡而導致的資本配置效率損失。
2.資本在基礎產業和加工工業配置失衡。
改革以來，隨著市場機製的引入、市場力量的逐步增強，資本配置的製度背景發生了很大變化。傳統資本計劃配置製度下單一的政府尤其是中央政府為主體的資本配置格局被打破，各級地方政府、部門，尤其是國有企業、集體企業、私營企業、“三資”企業以及城鄉居民個人、外商投資者，都已成為重要的資本配置主體，多元資本配置主體格局已經形成。資本配置製度的改革培育和發展了市場性因素，對日益多元化的資本配置主體行為產生了很大變化，從而影響和決定了資本配置的變動。簡單地說，企業傾向於追求利潤最大化，地方政府傾向於追求相對獨立的地方利益最大化，中央政府則更多地注重於全社會利益的最大化。