教育之餘，孫明經對電影拍攝製作的愛好也有增無減，1938年，剛剛經過兩個月長途奔波，金陵大學理學院到達重慶，隨即孫明經便開始西遷入川之後的第一個拍攝任務，拍攝《自貢井鹽》，拍攝期間，他廣泛查閱《地質教科書》《自流井地質與結構》《天工開物》《四川鹽法誌》等等書籍，同當地鹽商、製鹽工人、商販不斷交流，了解學習製鹽過程。他還將自貢岩鹽同海鹽、淮鹽進行分析對比，羅列各不同鹽種所含各種化學物質比例情況，拍攝可謂細致精確，力求嚴謹。全麵豐富的介紹了自貢井鹽的曆史由米、鹽種特色、製作方法和銷售情況。這是國人首次用影像方式記錄下衝擊式鑿井法這門占老神奇的製鹽手藝。在深入學習了自貢井鹽，並攝錄完成這部製鹽工業教育片之後，孫明經根據所見所想，結合自己的知識見解，提出了統製煤氣、統製鹽鹵、提煉副產、開辟新場四條切實可行的建議。在如此短暫地時間內就能觸類旁通，掌握精髓，並給出建議，實在讓人欽佩。
去自貢拍攝往返經過峨眉山，孫明經對峨眉山的秀麗景色所吸引，決定拍攝該地。在拍攝行程確定之前，孫明經又一如既往的做足了功課，詳盡查閱了從明朝嘉靖萬曆年間起的參考書目，在短短幾個月時間內通讀了《峨山誌全圖》《四川通誌》《峨眉記事》《峨眉縣誌》等地方誌，大致了解了當地風土人情和地質形態，規劃好了初步拍攝行程。1938年6月6日，孫明經同陳長鬆、潘呈侯、吳蔚雲以及幾位金陵大學的同僚一起上山進行為期3天的拍攝。峨眉山是普賢菩薩的道場之地，因此占寺眾多，佛教興盛，孫明經一行人白天一覽名山大川，走訪山腳下峨山縣城的大街小巷，拍攝下諸多珍貴的動植物、自然景觀、曆史人文景觀的影像資料。晚上夜宿中寺，與僧人談經說法，了解佛家精神。孫明經在拍攝圖中詳盡記錄了峨眉風景、珍貴動植物、古刹名寺、軍訓石碑等等一係列景物。還參考統計了曆朝曆代對於峨眉金頂佛光的測量記錄，對佛光這一自然現象進行了研究分析。對於峨眉山植物的紀錄也是科學詳盡，製作了峨山森林垂直分布圖，摘錄了峨眉山木材生產狀況和全國枕木需求與更換情況。其中拍攝的峨眉金頂四座鈴鐺舍利銅塔、杉木樹皮修建而成的金頂樹皮殿、峨眉華嚴寺內的力士托塔基座、銅質四麵幹手觀音等景物，現都已不複存在。這些彌足珍貴的照片成為了唯一保存完整的影像曆史資料。
1939年，孫明經隨五所大學組織的“川康科學考察團”，深入康定西北部的藏族地區，沿途翻越高山峻嶺，徒步穿越大草原、原始森林，辛苦不堪，曆時5個月，拍攝了《西康一撇》《草原風光》《康人生活》《喇嘛生活》《金礦鐵礦》《川康道上》《雅安邊茶》《省會康定》八部影片，將藏區人民的日常起居、飲食習慣、自然風貌、地質特產、風土人情、宗教活動一一拍攝紀錄下來。這些影片成為日後對西康地區了解研究的珍貴史料。
1943年，抗日戰爭愈演愈烈，日軍的狂轟濫炸深入西南地區，孫明經與金陵大學理學院院長魏學仁不顧個人安危，趕赴雲南，在山洞中拍攝了一係列戰爭中的民族工業，有《防空電廠》《機械製造》《長壽水力發電》等七部影片。這批影片向觀眾傳達了中國人民麵對戰爭不屈不撓、頑強拚搏的精神，以及利用天時地利，發展工業的聰明才智。當時的英國領事看到了雲南山洞電廠的影片十分感動，後來將這批影片帶回倫敦展映，反響熱烈。
抗戰期間，孫明經不畏戰火，力求搶在炮彈之前記錄下所到的每一個地方，除了上述幾地，他還走訪了樂山、重慶、成都、貴陽、昆明等地，了解各地工業生產狀況，其拍攝對象包含玻璃廠、紙廠、造船廠製堿廠、水力發電站、樂山大佛、黃果樹瀑布、貴州地貌、重慶大轟炸後城市街頭等等景象。所涉獵範圍之廣，可謂令人驚歎。
1945年，日本宣布無條件投降，1946年春，在外流亡近9年的金陵大學遷回了南京。孫明經沿途拍攝金大、金女大跋山涉水重返故土的艱辛旅程，與之前在成都拍攝的五大學聯合辦學的影像資料整合編輯，製作出了中國電影史上的第一部彩色有聲片《民主前線》。1948年，又拍攝了影片《南京》。值得一提的是，《民主前線》影片中表現日軍在重慶進行慘絕人寰的大轟炸的片段是世界上目前僅存的關於重慶大轟炸的彩色影像資料。
二、孫明經電影觀念
孫明經先生曾經說過：“電影是記錄和傳播文化的媒介，電影是教育和建設的利器，電影是促進國際和平的橋梁，電影是促進世界大同的媒介。”從現存的資料來看，孫明經拍攝的電影有兩大明顯特色，就是紀實性和教育性。孫先生本人也曾多次闡述過自己的廣義電影觀，那就是“有光、有影、能承載教育功能，那就是電影”。這種電影觀念的形成一方麵來源於自身紮實的科學素養和強烈的社會責任感，一方麵也離不開當時的社會背景影響。
中國早期的電影理論，圍繞真實性和戲劇性、教育性和娛樂性的爭論一直存在，從總體上來看，抗戰時期包括抗戰之前電影初步誕生時期的中國電影，大體上還是偏向於重視電影的真實性和教育性。這個局麵是在當時的主流意識形態、現實社會狀況、電影發展水平互相影響之下形成的。
上個世紀20年代，中國電影理論界推崇真實論，但這個真實並不是強調藝術觀念的上的真實，而是社會觀念上的真實。同時通過強調表現社會之真實，起到教育社會的作用。韋耀卿就曾說：“國家之文化、社會之道德、家庭之友愛、皆能藉影真而引導之、其不受薰染而感化者幾希、影真一物、關係一國之興衰、既有如是之大、而吾國民、當重視之、視為教育最大之輔助品。”
到了30年代，左翼電影理論受馬克思主義文藝理論影響，把反映社會現實作為首要原則，在評價電影時，也要以社會現實為參照，不能加入導演的個人空想和虛無的改良。電影要盡一切可能的批判社會黑暗，暴露社會現實。夏衍說：“能否把握真實，這是藝術家能否成功的分歧。”“作品對於現實的歪曲與粉飾是有害的，我們便該反對。”