不久，石達開果然率兵由吉安北上進攻樟樹鎮。周鳳山指揮湘軍據城大戰，不敵而棄城逃走，二月十八日（3月24日）樟樹鎮為太平軍占領。曾國藩聞訊，由南康動身去南昌城收拾潰兵。
石達開指揮太平軍在江西奮勇作戰，控製了整個江西的絕大部分地區，江西共計13府，被攻占8府54州縣。曾國藩困守在南昌、南康兩個狹小的地區，被太平軍緊緊封鎖，不僅文報不通，連家信都難以通達。秘密化裝潛逃者也多被抓拿，一時被捕殺者達一百多人，湘軍被太平軍圍困得“士饑將困，窘若拘囚”。
正在曾國藩處境岌岌可危之時，楊秀清忽調石達開去天京參加進攻江南大營的戰鬥，才使曾國藩在軍事上稍稍鬆了一口氣。曾國藩掙紮著恢複江西的軍事實力，他把樟樹鎮等戰役潰敗的軍隊重新編排，湊成兩支軍隊：一支約三千五百餘人，由黃虎臣率領；一支僅千餘人的隊伍，由畢金科率領；又讓江西糧道之子鄧輔綸新募兩千人馬，與李元度合為一軍。總計軍隊約有萬餘人，但因戰鬥力較差，尤其缺乏將才，便想把增援武漢的羅澤南調回，趁石達開離開江西的時機，奪回失地，挽回江西的危局。羅澤南接到曾國藩的告急信後，感到很為難，當時他正擔任爭奪武漢的軍事主力，若撤離武漢，將前功盡棄。他決定加緊攻城，攻下武漢後立即回援江西。結果，因求功心切，猛打猛衝，作戰中被擊中頭部，於三月初八日（4月12日）死在軍營。死前，給曾國藩留遺信一紙，哀淒悲涼，追述辦湘軍南北轉戰之苦。進言讓曾國藩重用彭玉麟、楊載福、王錱等人。
曾國藩在江西的困境不隻在於軍事，更大的苦處是清廷一直對他不放心，怕他的力量太大。湖北巡撫之職寧給胡林翼，也不肯給他曾國藩，這使他率兵三四載一直處於孤立無援之境，用兵、用人、用餉無處不難。因此，他常自比於東漢時的楊震，下場堪憂。
清政府不肯向他放權，使他在江西處處受到地方官的排擠和刁難。鹹豐五年八月（1855年9月），曾國藩丁憂服闕，補授了兵部右侍郎，仍沒有欽差之銜，地方官仍是輕視他，他在江西用兵，軍餉要江西地方出，地方官總認為他並非國家正規軍，為湘軍輸餉是額外負擔，因此不肯出餉。曾國藩軍隊缺餉，隻能自己籌措，也受到地方官的抵製。他無能為力，隻好向朋友求助，幸賴劉於淳、甘晉等人主持捐資，支持部分款項，才能慘淡度日。在籍刑部侍郎黃讚湯曾捐助曾國藩八十餘萬兩，使曾國藩感激萬分，終生念念不忘。
樟樹鎮敗後，湘軍一支由塔齊布的舊部畢金科率領。畢驍勇異常，率部與太平軍作戰，凶悍無比。但畢軍糧餉奇缺，軍隊常餓著肚子打仗。鹹豐五年（1855）底，地方官得到江西巡撫文俊的授意，竟以軍餉做誘餌，逼迫畢金科進攻景德鎮。景德鎮是贛、皖、浙三省交通樞紐，太平軍有重兵把守，堡壘堅固。畢金科隻有千餘湘軍，又饑又疲，但是為了得到餉糧，不得不冒險進攻。結果，反複苦鬥，直至全軍覆沒，畢金科也喪命於景德鎮城下。曾國藩對此事耿耿於懷，直到四年以後，曾國藩率部攻陷景德鎮，在畢金科戰死之處立碑紀念，親自為他撰寫碑文，痛悼當年死去的六員大將，同時揭露江西官員對湘軍的排擠、嫉恨，碑文十分淒婉動人。其中有“內畏媚嫉，外逼強寇，進退靡依，忍尤叢詬”之句，說出了曾國藩在江西幾年的困難處境。值此困難處境，曾國藩想：這到底是為什麼？自己以一個回籍的文官，衝破重重阻礙創辦湘軍，在兩湖、江西苦苦地戰鬥著，打贏了仗是別人的功勞，打敗了仗“幾乎通國不能相容”。自己為國苦戰，要權無權，要糧無糧，處處受到排擠、打擊，好幾次被逼自殺。思前想後，“遂致浩然不欲複問世事。”由於好友劉蓉等人的百般勸說，他才勉強堅持著。
祁門附近的羊棧嶺失守以後，一場新的危機又逼近曾國藩和湘軍祁門大營。
太平軍本來就已占據徽州，此時，黃文金部二萬多名將士攻破建德，切斷了祁門大營與皖北安慶等地的聯係。而李世賢和劉官芳兩部太平軍正分別從東、北兩個方向對祁門大營發動進攻。至1860年11月，曾國藩天天生活在四麵楚歌之中，有時是一日數驚，有時是整夜不得一眠，真是度日如年。他在給曾國潢的家信中寫道：“自十一月以來，奇險萬狀，風波迭起，文報不通者五日，餉道不通者二十餘日。此一月之驚恐危急，實較之八月徽州、寧國失守時更險難數倍。”
幸好有部將鮑超等人的拚死救援，曾國藩才得以渡過險難。1861年4月，他移駐休寧。在這裏，他又組織了八九千名湘軍官兵對徽州城發動攻擊，以期再占該城，疏通皖南至浙江的糧道。出乎曾國藩意料的是，湘軍幾次接戰，又都均告失敗。
在4月14日的日記中，他這樣描述自己此時的心情：“本日各營進徽州，寸心懸係之至，頻登樓看天色。至午刻，忽下大雨，心緒焚灼不安。傍夕接信，各部因雨致敗，尤其憂憤。蓋此舉關係最大，能克徽州，則祁門、休寧和黟縣三縣皆有米糧接濟，不能克徽州，則三縣均不能保，足以憂灼特甚。夜，竟夕不能成寐，口枯舌燥，心如火炙，殆不知生之可樂，死之可悲。”
並且，當曾國藩看到湘軍對徽州的進攻久久不得戰果，心中益發著急，而完全忘記了湘軍多年來攻城作戰的教訓，一味盲目地下令官兵攻撲城牆時，被太平軍瞧準時機，暗開城門，派出一隊精兵出城劫營，把湘軍打得大敗，22營中竟有8營完全潰散。
曾國藩帶著殘兵敗將，狼狽地退回祁門。想著太平軍一定會跟蹤而至，祁門此次定難保全，他一生的功名，或許也就到此為止，他悲觀到了極點，吩咐身邊的人為自己的後事預做料理。而將湘軍分兵於安慶和祁門，除了穩定軍心的考慮，曾國藩還有戰略上的考慮。除了要表示信守他向朝廷所做的許諾，恪盡他作為兩江總督的職守外，還有非常重要的一點是，他認為這也是湘軍安慶會戰自身的需要。他多次表示，自己駐守皖南，是為了吸引太平軍的一部分兵力，以減輕湘軍在皖北方麵的壓力。1860年底，在給鹹豐皇帝的奏折中，他就自己駐守皖南與安慶會戰的關係做了這樣的預測：若皖南再堅持兩三個月，則皖北、安慶有必克之理，大局有必轉之機。
後來，他又給曾國荃寫信，更加詳細地談到湘軍分兵皖北與皖南兩處的關係，以及他的動機。他說：“若北岸辦得好，能將安慶之賊屠戮殆盡，則陳玉成必深恨李秀成之不救援北岸，將來必有自相仇殺之時。今冬明春，弟與多隆阿、李續賓在北岸力主進攻，兄在南岸力主穩守，但使南岸勉力支撐三四個月，至北岸必有好消息。”
根據曾國藩的計劃，牽製李秀成等部太平軍於皖南，不僅可以減輕皖北主戰場上湘軍的壓力，而且還能導致太平軍兩大主力之間的相互矛盾，使之相互仇殺。
直到1861年5月6日，曾國藩才從祁門離開，移駐東流緊靠長江南岸的地方，湘軍還是沒有完全從皖南撤出。曾國藩為安慶會戰做了最大的投入。
與此同時，胡林翼為了取得安慶會戰的勝利，在皖北戰場上也是傾其所能，並將自己置於非常危險的境地。
有利的情況和主動的恢複，產生於再堅持一下的努力之中，這句話說得很好，問題恰好在於，也僅僅在於能否“再堅持一下”：能，就勝利、成功；不能，就失敗、崩潰。能與不能，有時相差隻不過微乎其微，而成敗就由此決定。隻要意誌稍差一點，則為失敗的人無疑，此言對曾國藩來說，真是恰如其分。
3 國有危難，舍身輕利
國家遭受危難或麵臨困境之際，即精忠報國的臣子挺身而出之時。曾國藩麵對著複雜、嚴峻的晚清政局，置個人的生死、榮辱於不顧，殫精竭慮、任勞任怨地為國分憂，成為捐軀赴國難的臣子楷模。
“鞠躬盡瘁，死而後已”也是曾國藩作為人臣的信條。林則徐也說：“知難而退，此雖保家保身之善謀，然非人臣事君致身之道也！”
曾國藩不滿綠營軍的就是他們有功便搶，有難便逃。在他得知曾國荃想延長休假時，寫了這樣一封信：“天下紛紛，沅弟斷不能久定，與其將來事變相迫，倉猝出山，不如此次仰體聖意，假滿即出。餘十五之信，四分勸行，六分勸藏，細思仍是未妥。不如兄弟盡力王事，各懷鞠躬盡瘁，死而後已之誌，終不失為上策。沅弟於毀譽禍福置之度外，此是根本第一層功夫，到處皆坦途矣。”
為實踐其人生信條，他在戎馬征戰的沙場上殊死拚搏，幾次欲自殺殉國。1860年，曾國藩被困祁門時，身處絕境，即作書告諸弟，等於一篇遺囑：“看此光景，今年殆萬難支持。然吾自三年冬以來，久已以身許國，願死疆場，不願死林中，本吾素誌。近年在軍中辦事，盡心竭力，毫無愧怍，死即瞑目，毫無悔憾。”
曾國藩幾次自殺，表麵上是他兵敗後無顏見江東父老，內心裏卻是儒家文化的熏陶所致。他要以死報國，以身全誌。《禮記》中說：“國君死社稷，大夫死眾，士死製。”大丈夫就是要為忠於職守而獻身，元稹不是說過這樣一句話嗎？“效職無避禍之心，臨事有致命之誌。”
所以，曾國藩表示：“不帶勇則已，帶勇則死於金陵，猶不失為誌士。”他還以袁簡齋的一句詩勉勵自己：“男兒欲報君恩重，死在沙場是善終。”
處理天津教案時，曾國藩更是明知凶多吉少，但不避禍害。當時，曾國藩接到辦理津案旨令時，正在生病，“重發眩昏”、“腹瀉不止”，麵對紛繁複雜的形勢，幕僚們“阻者、勸者、上言者、條陳者紛至遝來”，多數人主張曾國藩不宜倉猝赴津。
對於處理津案的難度，曾國藩心裏十分清楚，此次赴津不僅絕無辦理成功之可言，而且極有可能使他十八年來曆盡艱難困苦得來的聲望毀於一旦，落得身敗名裂、萬人唾罵的下場。但他更清楚地意識到當時局勢的緊迫性，案件涉及了七個國家，各國軍艦環伺大沽口，中國將再次麵臨著戰爭的威脅，而中國的老百姓又都義憤填膺，事情正朝著最壞的方向發展。如何既避免戰爭，又安撫好百姓，是一個十分棘手的問題。
失敗是悲慘的，尤其是一生功業名望付之東流，又被萬人唾罵的失敗，幾乎是不能忍受的，但曾國藩有明知必敗，卻不避刀斧，知其不可為而為之的勇氣。
曾國藩幼讀儒家經典，立下治國平天下的誌向，如通常儒者一樣，幻想著“三代”之世的出現。做上京官以後，知道“三代”的想法太空洞了，又想著進行一番努力，可望恢複清代前期的康乾“太平盛世”。但他沒有料到，“盛世”未再現，卻爆發了曆史上罕見的規模浩大的太平天國農民起義。不尋常的曆史把他推向鎮壓起義的統帥地位，仗一打就是十幾年，使他幼年立下的理想和“太平盛世”的幻想完全成了泡影。
同治七年（1868），曾國藩赴京陛見調任直隸總督。一路上，他目睹大江南北及京畿之地瘡痍一片，大清朝已是風雨飄搖的一隻朽船了。
接到去津門查辦教案的諭旨之時，曾國藩正在病假之中。曾國藩這次病得很重，右眼已盲，左眼唯餘微弱視力，又得了眩暈症，幾乎無法辦公。他自覺日薄西山，朝不慮夕，甚至將壽木都運到了保定。他接旨之後深感教案難辦，怕辦不好一生努力化為灰燼。幕僚勸他以重病難以勝任為由，請朝廷另選別人。但曾國藩不肯疏辭，他說：大將不辭刀頭死，豈能因禍福而避趨，還是決定要“力疾受命”。
臨行前，給他二子紀澤、紀鴻留下遺囑數條，書中強調此事絕難措手，或一去無以再返，但斷不肯吝於一死，以違效命之初誓。還向他們交待後事，諄諄囑托“以勤儉持德，以孝友持道”。長逝後靈柩返南，謝絕一切，概不許收禮。所留奏稿、古文，絕不許刊刻流布等。
留書之後，曾國藩率領趙烈文、薛福成、吳汝綸幾個幕僚和少許兵弁，冒著七月酷暑，常病登程。
當曾國藩要來津審案之際，天津的官員士紳多把他看做是敢於反對“洋教”的官員，大家都還記得他於鹹豐四年所作《討粵匪檄》中有反對洋教、護衛儒道之論。所以，在行至天津城門前，早有眾多官員、士紳及百姓，包括與案件有涉的人前來迎接，並攔轎鳴冤。曾國藩見大眾對他猶如旱苗盼得甘雨，便下轎傾聽。官紳們你言我語，把洋教士及教民如何欺壓中國百姓，如何虐殺中國幼童，如何槍擊中國官員等情況又敘述一遍。這些情況，曾國藩在離開保定前多已了解。還有人跪拜轎前，稱頌曾國藩《討粵匪檄》中痛斥洋教、捍衛中國儒道的英明，說天津士子的反洋教活動便是遵循檄文之大義，以旁挾之舉人聖人之道的體現，求曾國藩明察士民愛國衛道的苦心。更有人形象地敘述育嬰堂如何迷拐幼兒、婦女，如何挖心入藥，並說親見幼兒屍身五髒被挖去，腐爛時從外向裏爛，而不是通常的由裏向外爛。
從自己的心理出發，曾國藩對洋教無任何好感。天主教自明末傳入，康熙年間興盛。但因該教與中國的傳統習俗發生衝突，一些傳教士又參與雍正、乾隆的宮廷鬥爭，便被嚴禁。而兩次鴉片戰爭之後，中國吃了敗仗，朝廷才被迫允許洋教來中國活動。洪秀全就是拿這一套思想組織民眾揭竿而起的。
然而，這次自己麵對的不是洪秀全，而是得到中國皇帝允許傳教的英、法、美、俄諸國。它們的軍事力量遠比中國強大，絕不能輕易與之開戰。上諭明文令他“將為首滋事之人查拿懲辦”，讓他“持平辦理，以順輿情而維大局”，絕不是讓他得罪各國，更不能把關係搞僵而引起國際爭端和武力衝突。
既然不能違背朝廷旨意而得罪洋人，那麼如何麵對輿論的壓力，如何向天津官紳士民交待，就使他更加為難。他從《邸報》上看到朝內外對天津教案異常重視，輿論攻擊崇厚賣國媚外，恭親王奕、內閣學士宋晉、翰林院侍讀學士袁保恒、內閣中書李如鬆等人向朝廷上奏折，說天津反洋教是義舉，對洋人應采取強硬態度，要求皇帝下旨討伐洋人洋教、懲罰媚外的崇厚等官員，這些雖然都是空談，但對早已怒不可遏的廣大群眾卻極易起到煽動作用。
尤其可怕的是天津人情洶洶，猶如一堆幹柴，遇上火種便會騰騰燃燒。現在，輿論認為崇厚賣國，而以為曾國藩會替天津人出口氣，所以對他抱著希望，等著他來為受害的百姓說話，因而並未發生大的行動。一旦他有違眾意，大家希望破滅，究竟會出現何等結果，他心中的確無數。如果天津大眾不服他的處置，教案不僅處理不了，可能還會繼續擴大事態，後果不堪設想。
他從心裏討厭崇厚這樣的人，但是，崇厚對洋教的認識，尤其對中國某些愚昧群眾的認識卻很正確。對於洋教“挖眼珠，吃人心”的說法，本來他就不信，全國的教案裏並無一例可以證實外國洋教會有此殘暴行為。
但是，自己一旦如崇厚一般態度，天津人也一定會如對崇厚一般痛罵自己賣國、媚外。
天津教案不比其他教案，牽扯的國家眾多，各國聯合起來，對中國造成的壓力極大；而反洋教的群眾麵廣，同時包括政府官員和士紳。雙方力量都很大，互不相讓，得罪了哪一方都不好交待。