（二）強化審計服務職能
在明確農業專項資金審計工作的目標、範圍、重點及工作組織方法時，要深刻體會農業專項資金審計為“三農”服務的意識，隻有這樣將服務職能，有意識地通過審計職能更好地發揮出來。當審計某個地方的專項支農資金時，查處、收繳被挪用擠占資金，能很好促進農業專項資金的良好使用，體現為一種服務。而如果將審計人員從地方專項資金的使用數量、結構和變化等方麵，用以檢查分析政策執行情況，促進農業發展、農民增收的使用效果上，結合宏觀經濟政策提出意見與建議，這將是更高的層次服務水平。
（三）提升審計人員工作的業務能力水平
審計工作要針對性的開展工作，加強審計人員的業務培訓，提高審計人員的素質能力，改善審計人員的知識結構。做好農業專項資金審計，就要不斷學習相關農業知識，了解農業產業政策、投入政策和發展趨勢，更要對農業現實狀況多加了解。此外，針對當前農業審計人員的現狀，還需要掌握學習審計調查的研究方法，開展審計調研的全麵性和及時性，隻有這樣專項審計工作才能肩負起曆史的重任，有效地提升專項審計工作的層次，開創出農業專項審計工作的新局麵、新高度。
（四）完善審計工作方法
1、 堅持審計與調查審計相結合
通過審計工作方法，將審計與調查審計相結合，將經濟效益和財務收支的審計結合，要走出符合國家農業特點，運用農業專項資金的新路子。審計相對審計調查來說，在深度上具有明顯優勢，易找出問題的源頭，明確問題責任的歸屬，有較大的處理力度，結合被審計單位相對業務單一，易於整改落實、見效快，也存在審計麵較狹窄、橫向延伸困難；而調查審計則是涉及麵寬、範圍廣，且相對調查的限製少，易於開展延伸調查，能從較寬的審計署在工作規劃中明確提出了，要將實現審計與調查審計項目所占比例要相當。因此農業專項審計既要強化監督財經紀律執行的狀況，又要加強檢查各項支農政策落實的狀況。
我國農業專項投入的渠道廣、使用範圍廣、種類多和使用對象分散，它的效益呈社會、經濟和生態等多個方麵。其中部分效益是直接可以體現的，但有的效益要通過改善當前生產、生活設施及生態環境效益上間接的體現出來的，一些是需要很長的時間才能體現出來；如上所述將農業專項審計將審計與調查審計緊密結合，做到突出重點、全麵審計，做到能查錯糾弊，落實好國家支農政策方針，為全麵加強製度管理、促進現代化農業發展、促進農民民增收提供高質量的審計服務。
2、 堅持農業專項資金與基本建設審計結合
農業項目資金的審計要和基本建設審計結合，得以核實農業支出的準確性。農業專項資金的實施多用於農田水利、道路建設及建築工程等方麵，多數資金項目是通過工程造價決算核實的，查明專項資金支出的使用情況，並對資金撥付的環節進行審計，強化建設項目工作的檢查；其一是檢查相關項目建設支出明細賬，以合法性、真實性和合理性來檢查資金支出；其二是要深入建設項目現場，對建設項目質量、數量等進行實地核對，參照每個項目計劃書審核建設內容的完成情況，查驗是否符合項目計劃要求，是否存在大決算小工程、新決算老工程的違法法規、騙取農業專項資金的行為，因此要將農業專項審計與基本建設審計結合起來，即是對加強農業專項資金審計工作的需要。
3、 堅持分析性複核與現場實地調查相結合
審計采用現場調查和分析複核結合的方法，將賬麵的審計和深入鄉鎮及農戶的調查結合，要檢查農業資金發生的真實性。目前我國農業專項資金隻是集中於財政部門和相關主管部門，要將賬簿、報表、憑證三者進行審計，摸清出資金的投入狀況與總體規模，並掌握資金的支出結構是最為重要的，並在此的基礎上順著資金的流向、深入鄉鎮和項目的實施現場進行實地的核查，因此這樣才能核實出專項資金收支目的性和真實性。
總之，加強農業專項資金審計工作，需要從審計職能、審計方法、審計標準及審計人員業務水平等方麵入手，充分配合形成合力，隻有這樣才能使農業審計工作達到預期的審計目標，為開創農業資金審計工作的新常態、新高度。