清朝時期，棉花、蠶桑、茶葉、油料等經濟作物的種植麵積擴大，形成了一些專業生產區域。經濟作物種植的擴大，是封建社會末期清朝商品經濟發展的反映，但同時反過來又促進了商品經濟的進一步活躍。
在清代農業生產中有一項不可忽視的事實是經濟作物種植麵積的擴大。棉花在西漢首先由中亞傳入中國現今的新疆，南北朝時這一地區的棉紡織業已有一定規模。宋末元初，棉花種植迅速傳向長江中下遊和關陝渭水流域。明初，山東、河南、河北等地也開始種棉。及至清代，棉花的種植地區已遍及全國，其中江蘇、浙江、河北、河南、湖北、山東等地，都因有大量棉花外輸而成為著名的產棉區。甚至連農業發展較晚的奉天，也成了棉花的外輸地區。河北保定一帶種植棉花的田地約占耕地的十之二三，而長江中下遊的鬆江、太倉、通州一帶則占十之七八，種糧食的土地僅占十之二三。上海附近種棉更多，據說遍地皆是。總之，在清代棉花已是十分重要的經濟作物了。
煙草在明中葉傳入中國，清初種植和吸食逐漸普遍。最早的種植地區是福建，清初煙草種植麵積已占地十之六七。入清以後，陝南漢中、城固，山東兗州，湖南衡陽等地都有大麵積的種植。湖南的衡煙、陝西的蒲城煙、北京的油絲煙、山西的青煙、雲南的蘭花煙、甘肅酒泉的水煙（又名西尖），均負盛名。種煙草獲利很高，以致在四川郫縣種煙多少幾乎成了居民貧富的標誌。乾隆時陸著有《煙譜》，是中國關於煙草最早的專著。
甘蔗的栽培在中國已有悠久的曆史，南北朝時用甘蔗製糖的技術已經比較成熟。明清時代，江南及四川、台灣等地的製糖業非常發達。由於蔗糖的市場廣大，所以清時，廣東、福建、台灣、浙江、江蘇、江西、四川等地已普遍種植。台灣土地雖未盡辟，但卻已蔗田萬頃；廣東有的地區，蔗田岡阜相連，茂盛有如蘆葦。
蠶桑業是中國古代農民家庭的傳統副業，宋元以後，由於棉花種植的發展，有逐漸取代絲麻的趨勢，但絲在經濟作物中的地位仍未少衰。江南長江三角洲和嶺南一帶氣候適於養蠶，蠶桑事業特別發達。清朝時候，江、浙的蘇、湖、嘉、杭和廣東的廣州附近，種桑養蠶已成為當地農民的重要生產活動。據說浙江湖州一帶，蠶桑之利，厚於農田耕作，是人民生活和國家財賦的重要來源。嘉興附近蠶桑也是農民經營的主要事業。
明清時期油料作物主要有花生和芝麻兩種，花生在明中期傳入中國，清代在河南廣泛種植。芝麻在漢代從西域傳入，明清時期在河南廣為分布。這兩者今日在河南省的經濟作物種植中仍占重要地位。染料作物中藍草和紅花均為傳統作物，種植曆史悠久，分布廣泛。從明至清，種植之風方興未艾。兩者在清末均由於受到外來染料的衝擊而中落，此後再也未能恢複到原來的水平。嗜食作物中的罌粟，清鹹豐年間開始在河南省廣泛栽種，後因國人的抗議，在民國年間禁種。煙草和茶葉的種植明清時期就有一定的規模，且一直持續發展，為今日河南省以許昌為中心的烤煙基地和以信陽為中心的茶葉基地的建設和發展創造了條件、奠定了基礎。
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明清的圩田與桑基魚塘
田，又叫圍田，是沿江、瀕海或濱湖地區築堤圍墾成的農田。明、清兩朝曾把發展軍屯、民屯作為養兵裕國之本，加大沿江堤建設的力度。田更由長江下遊向長江中遊發展，在陽湖和洞庭湖流域都有大片田的分布。田使得太湖流域、湖流域和洞庭湖流域先後成為新的糧食供應基地，出現了“蘇湖熟、天下足”、“湖廣熟，天下足”的說法，至今田地區仍然是水稻的主產區。
明清時期社會經濟繁榮發展，傳統農業進一步發展，經濟作物的種植麵積擴大，珠江三角洲地區創造了一種挖深魚塘，墊高基田，塘基植桑，塘內養魚的高效人工生態係統，即桑基魚塘，這是明清時期農業經濟發展的一大特點。桑基魚塘的發展，既促進了種桑、養蠶及養魚事業的發展，又帶動了絲等加工工業的前進，逐漸發展成一種完整的、科學化的人工生態係統，對明清珠江三角洲經濟的發展起了重要的推動作用。