清代嚴格實行閉關鎖國政策，規定對外貿易僅限於廣州一口，特許十三行享有對外貿易特權，所有進出口商貨都要經它買賣。《南京條約》規定開放五口通商，廢止十三行獨攬中國對外貿易的特權。從此，十三行遂日趨沒落。
康熙二十四年（1685年）開放海禁後，清廷分別在廣東、福建、浙江和江南四省設立海關。次年四月間，兩廣總督吳興祚、廣東巡撫李士禎和粵海關監督宜爾格圖共同商議，將國內商稅和海關貿易貨稅分為“住稅”和“行稅”兩類。住稅征收對象是本省內陸交易一切落地貨物，由稅課司征收；行稅征收對象是外洋販來貨物及出海貿易貨物，由粵海關征收。為此，建立相應的兩類商行，以分別經理貿易稅餉。前者稱金絲行，後者即十三行。名義上雖稱十三，其實並無定數。
嘉慶五年（1800年）以後，在廣州經營貿易的商行，專設經理廣州外貿稅餉事務的洋貨十三行，是清廷實行嚴格管理外貿政策措施的重要組成部分，其目的在於“防止中外商民自由交往”。它由封建官府勢力“招商承充”並加以扶植，成為對外貿易的代理人，具有官商的社會身份，也是清代重要的商人資本集團。洋貨十三行作為清代官設的對外貿易特許商，要代海關征收進出口洋船各項稅餉，並代官府管理外商和執行外事任務。這是清代對外貿易的主要特點。
為了整頓洋行製度，進一步加強對外商的直接管理，清廷於乾隆十年（1745年）從廣州二十多家行商中選擇殷實者，五家為保商，建立保商製度。保商的責任是承保外國商船到廣州貿易和納稅等事，承銷進口洋貨，采辦出口絲茶，為外商提供倉庫住房，代雇通商工役。保商對於承保的外國商船貨物因享有優先的權利，在其他分銷貨物的行商交不出進口貨稅時必須先行墊付。凡外商有向官府交涉稟報的事，責令保商通事代為轉遞，並負責約束外商不法行為。盡管外商對保商製度表示不滿，但清廷一直加以維護。行商和外商利益一致時，就互相勾結；利益矛盾時，就互相欺騙敲詐，釀成種種糾紛。有的行商在封建官府和外商之間投機取巧，獲利致富；但大多數行商則在封建官府和外商夾擊下，招致破產。鴉片戰爭前的廣州十三行街，廣州十三行建立有同業商人行會組織，即所謂“洋行會館”（公行）。
康熙三十八年（1699年）及康熙五十九年（1720年），廣州行商曾兩次組建公行，但為期都不長。公行議定行規，對貨物實施公行壟斷，以便控製價格。英商為打破公行壟斷，通常用收買個別行商、賄賂官府的手段，使公行難以持久。此外，公行存在期間，在行商之間及行商和散商之間，又為爭奪商業利潤互相傾軋，外商得以乘機在進出口貨價和交易量上利用矛盾，遂造成公行的虧損和債務；公行製度下的行商，因對行欠債務負有連帶責任，故不斷出現倒閉。
乾隆四十七年（1782年），公行再度恢複。重建後的公行，延續了近六十年。鴉片戰爭以後，道光二十二年（1842年）中英簽訂《南京條約》規定，廢除中國對外貿易的公行製度，允許英國商人在各口岸自由與華商交易。道光二十三年（1843年），廣州開放通商，一些十三行行商仍舊營業。他們對新定的自由通商進行種種抵製，力圖保住昔日的壟斷地位，但未能如願，重要性不斷降低。鹹豐六年（1856），十三行毀於廣州西關大火。
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所謂十三行
由於十三行專門負責對外貿易的業務，所以又稱洋行，行商也叫洋商。同一個行，分作兩處活動，一處是行商與本國商人交易的地方，一處是行商與外國商人交易的地方。十三行實際是一個擁有商業特權的官商團體，由多家商行、洋行組成。組成十三行的商行數目經常變化，開始是十三家，他們是和行、廣利行、同文行、同興行、天寶行、興泰行、中和行、順泰行、仁和行、同順行、義成行、東昌行、安昌行。