北京曾是明清兩代的國都，經濟發展迅速且良好，而曾作為明初國都的南京，在經濟發達的江南，有著商業中心的地位，兩個城市的發展各有特色，都是明清時期全國性的商業城市。
北京是明清兩代的國都，是全國的政治、軍事、文化中心。這裏聚集了大量皇室貴族、滿漢官員以及為之服務的各類人等，是最大的政治統治中心和消費城市。
在明初剛遷都時，北京的經濟實力略遜於舊都南京，南京有發達的農業基礎和商業基礎，不過，清代北京城的經濟功能也大大加強了。明代崇文門稅關稅額僅2萬兩，清代乾隆年間該關關稅定額為10萬兩，每年實征則為20～30餘萬兩，在全國20餘個戶關中居第五或第六位。北京市場上的商品絕大部分從外地輸入，其中較大宗的主要有糧食、綢緞、布匹、紙張、茶葉、糖、磁器、洋廣雜貨以及毛皮、牲畜等等。這些輸入的商品除滿足本城居民的消費之外，也有相當一部分轉銷華北和西北，特別是西北的新疆、內外蒙古與俄國。清代中葉，北京實際上已成為華北地區重要的商品集散地之一，成為對西北諸省及俄國貿易的中心。
南京在明初曾是明王朝的國都，永樂遷都之後降為陪都，其城市經濟主要是為皇室和政權機構的需要服務。清代南京的政治地位進一步下降，城市功能發生了很大變化，成為一個工商並重的城市。南京的民營絲織業在清代迅速發展，絲織品銷行全國，成為堪與蘇、杭並稱的三大絲織城市之一。憑借長江水運之便，南京也成為南北、東西商品轉運的樞紐。清代戶、工二部均在此設關，西新關征百貨稅，龍江關征收竹木稅。各地商人雲集於此，安徽、江西、山陝、江蘇、浙江、湖州、福建、廣東、山東、河南、兩湖商人都在南京建有會館，總計達30餘所。
朝廷用南京控製南方財賦，控製當時全國最富庶的江南地區。由於江南一帶已經成為全國經濟、商業、農業的中心，必須要保證對這個地區的控製。南京雖然號稱陪都，而且有幾乎全套中央政府設置，但是基本沒有什麼實權，隻是監視南方給北方首都送錢送糧的。所以雖然首都不在經濟中心區，但是控製卻很穩固。
到了清代中期，蘇州成為江南的經濟中心，其發展的主要動力來自於以江南發達的農業為基礎的工商業經濟的繁榮興盛。清代蘇州城中會館公所林立，達90多處。還形成了幾個各具特色的功能區：城市東北部是絲織專業區，“比戶習織，專其業者不諳萬家”；西北部是工商業中心區；西南部是政治中心區；東南部則自清中期以後逐漸成為新興商業區。由於經濟的發展，蘇州商業早已突破了城牆的範圍，形成了“吳閶至楓橋列市二十裏”的壯觀景象。可見城市的經濟功能已成為蘇州等工商業城市的重要功能，城市功能向多樣化、綜合性發展。南京的發展受到了一定製約，北京在這個時期不斷地壯大。在這一時期，北京的經濟發展已經超過了南京。
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南京的江西貢院
建立在南京夫子廟旁邊的“江南貢院”是中國古代最大的科舉考場，在明、清時期達到輝煌的頂峰，清朝一半的狀元出自這裏。“吳中四傑”之一的唐伯虎、《西遊記》的作者吳承恩，《儒林外史》的作者吳敬、“揚州八怪”之一的鄭板橋、光緒皇帝的老師翁同、中國近代最偉大的實業家張、桐城派領袖方苞、五四運動領袖陳獨秀等人，均在此參加過科舉考試。林則徐、曾國藩、左宗棠、李鴻章、袁枚等對江南貢院的發展作出過很大的貢獻，並擔任過主考官。吳敬在南京秦淮河邊寫下的《儒林外史》就是生動地反映了這一科舉盛況。現在，南京的“江南貢院”已經成為全國唯一的一座反映古代科舉考試的專題性博物館。