明代手工業各部門都有進步，礦冶、紡織、陶瓷、造紙、印刷、造船等業的成就尤為突出。明代中後期江南手工業中出現資本主義萌芽的行業，主要是絲織業，其次是棉紡織品加工、陶瓷、造紙業。到清朝中期，資本主義萌芽得到發展。
資本主義萌芽是封建社會內部資本主義生產關係的最初形態，它的增長、成熟的過程，便是封建生產方式向資本主義生產方式轉變的過程。資本主義萌芽的出現，從根本上說是社會生產力發展的結果。
資本主義萌芽的出現，是明清社會經濟發展中的新現象。明朝中後期，資本主義萌芽首先在手工業生產部門出現。明代中後期在江南的一些手工業部門出現了資本主義性質的生產關係，即雇傭關係。具體表現在三個方麵。
一是在絲織業中心的蘇州和杭州，機戶雇傭機工。一些大的作坊主機戶利用積累的資金設立手工工場機房，雇傭機工生產（機工是指擁有自由勞動力的城市平民），即“機戶出資，機工出力”，他們之間形成雇傭與被雇傭關係，機戶就是早期資本家，機工就是雇傭工人，兩者之間基本上是純經濟關係，即商品貨幣關係。機工出力，把自己勞動力變成商品，機戶出資，付給機工的工資。
二是在棉紡織業中心的鬆江，包買商雇傭居民。明代棉紡織業中心鬆江的商人開設暑襪店，利用雄厚的資金，購進大量的尤墩布（以烏泥涇被為基礎而進行改良的細密、柔軟的三紗布）分給當地居民編製暑襪，計件付給工資，這樣商人與居民之間便形成了雇傭關係。這些包買商直接支配生產，就實質而言，屬於商業資本控製生產，隻不過在這一過程中，商業資本轉化為工業資本。
三是廣東的冶鐵和鐵器製造業中，也出現雇傭關係。明代冶鐵業中，雇工與雇主之間的依附關係並不十分嚴重。
到清朝中期，資本主義萌芽得到發展。這期間經曆了曲折的道路，發展十分緩慢。資本主義萌芽在中國和西歐幾乎是同時出現的。然而，它們的命運卻截然不同。在西歐，得力於重商主義的推行，資本主義萌芽迅速發展、壯大，強有力地推動著自己的國家衝破封建牢籠，步入近代社會的門檻。在中國重農抑商政策之下資本主義萌芽不斷遭受摧殘，終究難以衝破自然經濟的藩籬。
重農抑商政策在明清兩代表現形式多種多樣。如明清兩代屢次頒布禁海令，嚴禁人民私自出海貿易。明政府還建立歲辦和采辦製度來盤剝商人。由於從事工商業必須承擔風險，封建地租、高利貸就有更大吸引力。在明清兩代，那些徽商、晉商發財以後，都廣置田地，開辦當鋪，認為田地是最可靠的產業，放高利貸可以安坐獲益。這就大大阻礙著社會財富向產業資本轉化，因而限製了資本主義的成長。
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中國資本主義萌芽的夭折
中國的資本主義萌芽自破土之後即遭重重壓抑，腐朽的封建製度嚴重阻礙資本主義萌芽的成長。從國內市場看：農民受到殘酷剝削，極端貧困，因而無力從市場上購買手工業品。從國外市場看：自明朝中後期至1840年鴉片戰爭，明清政府實行閉關政策，清政府甚至幾次下令禁止海外貿易。從手工業的擴大再生產看：由於地租剝削重，地主和商人剝削來的錢財往往用來買田置地，而不用來擴大手工業的生產規模。從政府的經濟政策看：重農抑商，嚴格限製手工業的生產規模。從思想文化領域看：統治者厲行文化專製。當西歐資本主義的廉價商品在堅船利炮護送下來到中國的時候，中國的資本主義萌芽更是雪上加霜，中國古代的資本主義萌芽便在近代折了。