紅星二場的種子工作經曆了三個發展時期：1953～1961年是以糧代種時期，生產的糧食經過清糧機去掉破碎粒和雜質後留作種用。1962～1982年是“自繁、自育、自留、自用”時期，建立留種田，建立三級留種製度，通過穗選、片選，按規定種植留種。通過單株選擇在一級留種田中繁育，提供二級留種田用種，在二級留種田內進行去雜去劣，供三級留種田用種，三級留種田供生產用種。對種子田實行“六滿足、四固定”（在人力、物力、機力、水肥、農藥、優先滿足；固定人員管理、定種子田、定措施、定任務）。紅星二場種子田生產情況。
1982～2001年，是“種子生產專業化、品種布局區域化、種子加工機械化、種子質量標準化、全場統一供種”時期。
1983年，紅星二場在農科所建立良種繁育基地，劃撥試驗地140畝，經費2.3萬元，配備科技人員2人，試驗工人15人，承擔全場包括雜交育種在內的引種、品比、良繁、複壯和試驗，示範各類農藝新措施、新技術的任務，重點工作是春小麥的良種繁育。紅星二場長期堅持三圃製，每年種植株行圃0.5畝，株係圃0.5畝，原原種圃3畝，原種田69畝，年提供優質種子2.3萬～2.6萬公斤。紅星二場三連為種子連，固定種子田1500畝，年生產一級良種和二級良種各30萬公斤。
1984～1990年7年間，紅星二場向全疆各地提供春小麥新春2號良種350萬公斤，直接經濟效益15萬元，並榮獲自治區春小麥良種推廣獎。
1985年，紅星二場建立種子檢驗製度，種子質量檢驗室配備有兩台恒溫箱和各種檢驗器具，對農場各類種子進行質量鑒定。收獲前深入田間做好純度鑒定。不符合質量標準的種子田，取消作種子資格。對種子田實行“五淨”（種子田淨、收獲機淨、場園淨、倉庫淨、麻袋淨）、“六單”（單播、單收、單運、單打、單曬、單藏）、“三不”（種子不經田間鑒定合格不留種、種子不經去雜不上場、種子不經精選不入倉）。農場配備2台選種機供種子入庫存前精選，質檢員逐袋檢查合格方可入庫存。每年紅星二場檢驗的種子都在37萬公斤，占全場用種的95%，達到種子質量標準化。紅星二場種子工作由生產科設專人管理。凡是生產自繁、引進、調出的各種原種、良種，由生產科統一管理。做到統一計劃、統一留種、統一引調、統一貯藏、統一供種，實現了大田用種區域化、良種化。
1998年，紅星二場實現了種子加工機械化，建立了棉種加工廠，棉種加工采用過量式稀硫酸脫絨工藝，產品質量高於國家標準。發芽率＞80%，良種純度＞95%。1998～2001年共生產棉種2644.8噸，其中對外加工1091噸。