紅星二場行政機構基本沿襲中國人民解放軍的組織形式，采取團、營、連、排級建製，實行黨委領導下的首長分工負責製。團機關設司令部、供給處、衛生隊。以後，隨著團場肩負任務的轉變，為適應生產建設的需要，司令部設立了生產辦公室，後分成生產股、基建股。供給處改為後勤處，又變為計財股（計劃財務股）。撤銷軍事作戰部門，增設指導生產的部門和為職工生活服務的部門及事業機構，撤銷營的建製，連隊作為一級核算單位，設統計、會計、文教、司務長，後來配備技術員。
四十七團進駐哈密、吐魯番後，基於執行“三個隊”（戰鬥隊、生產隊、工作隊）的任務需要，仍然保持著戰爭時期的組織機構。此後，隨著生產建設的需要，其行政機構不斷調整，至2001年，紅星二場行政機構設置係統，詳團的行政領導有團長、政委、副團長、副政委。團的領導體製實行黨委領導下的團長、政委分工負責製。長期以來，紅星二場一直沿襲這種體製，其正副團長、正副政委簡況。
行政機構適應戰備和生產建設的需要，除沿襲原有司令部、供給處、衛生隊三大係統外，司令部按職能分別為作戰司令部，負責剿匪肅特、城防守備等軍事任務；生產司令部設生產辦公室，負責生產任務。司令部的行政領導設正副參謀長，並為其設協理員協助工作，詳其下有正副參謀長領導的參謀處，參謀處內設作戰股、偵察股、軍務股、通訊股、軍訓股、管理股。團生產辦公室設畜牧組、農業組、工礦組，這三個組的組長由生產辦公室的副主任兼任。1951年1月，供給處改稱後勤處，設財務處、軍需股、軍械股、糧秣股。
1953年5月，六軍十六師改為新疆軍區農業建設第五師。四十七團於1953年7月18日更名為十三團。司令部參謀處下設軍務股、通訊股、生產股、基建股、行政管理股。供給處下設財糧股、軍需股。1954年2月4日，司令部下設行政辦公室、生產股、基建股。後供給處改變為計劃股。
1957年3月6日，紅星二場改為紅星二分場，下設生產辦公室。
1959年1月22日，紅星二分場改為紅星二農場，機關行政機構編製為生產股、工業股、行政管理股、計劃財務股，還有黨政合一的人事科。1960年行政機構編製為三個股，即生產股、基建股、計劃管理股。撤銷了工業股，建立了工業大隊。
1962年機關設有農牧股、基建股、工業股、經管股。1964年基建股撤銷和生產股合並，撤銷工業股和經管股合並。管理股名稱保留，不設股長，隻有管理員和指導員。1966年“文化大革命”開始後，各股、室領導處於癱瘓狀況。1968年臨時黨委建立，機關組建生產辦公室、經管股。1969年6月17日，現役軍官來場主持工作。1970年5月執行兵團統一番號，紅星二場改稱二一四團。機關設置司令部、後勤處（均未設股）。1975年5月，二一四團複改稱紅星二場，下設生產科、經管科。1978年，後勤處改為供財科。1982年4月，新疆生產建設兵團恢複，哈密地區農墾局改為兵團哈密農場管理局。紅星二場隸屬哈管局。下設生產科、供財科、行辦室。1984年12月，行辦室改為行政管理科，計劃財務科、生產科改為生產服務公司，建立供銷公司、基建公司。1986年撤銷公司番號，恢複生產科、經管科，保留行管科，建立工交科。1988年撤銷行政管理科，恢複行政辦公室、計劃財務科、供銷科、工交科、生產科、基建科、審計科，1992年增設了勞資科。