一 營級單位
1949年10月，部隊整編進疆執行屯墾戍邊任務，繼續保持著軍隊組織形式，團以下行政機構，設營、連兩級建製單位。1950年，四十七團設一、二、三營、衛生隊（營級）。1952年1月6日，中國人民解放軍六軍十六師四十七團下達部隊整編的命令，“大團改小團”緊縮機關，充實連隊。團機關保持下轄司令部、後勤處、衛生隊編製，撤銷營的建製，4月3日又恢複三個營的建製，其各營領導人，詳1953年2月18日部隊整編，全團設兩個營，一營下轄三個連，二營下轄四個連建製。1954年2月4日，撤銷營的建製。
二 連級單位
連級機構經曆了從戰鬥到生產的演變。1949年10月，四十七團整編為3個營，每個營編製4個連，計12個連，加上團直6個連隊，共計18個連隊。1953年2月18日，部隊整編為一至七連、運輸隊，團部成立托兒所。1954年2月4日，增設了合作社、試驗場、鞋廠。1955年1月成立水管所。1956年2月，撤銷運輸隊合編給養畜隊，成立新四連，並根據農五師指示精神，撤銷排的建製，建立拖拉機隊、林業隊、工作隊。
1957年3月6日，水管所行政屬紅星二分場水管所管理，但業務仍由紅星總場基建科領導。同時成立二分場幹部隊，並將原十三團支援鐵路的工作隊，調吐魯番三分場。1959年1月22日，撤銷奶牛場、養兔隊，合並幹部隊，為九連。1959年6月7日，將化工一、二、三連改名為工業一、二、三隊；撤銷聯合加工廠，成立石灰廠、雞鴨場。1960年2月，成立作業站，下設三個作業隊（8月撤銷）。8月將一隊改為園藝隊，將工一隊、工三隊合並為加工副業隊，工二隊改為采礦隊；12月成立林業隊。1964年，成立由七連管轄的業餘演出隊（1970年演出隊為獨立建製。1984年演出隊撤銷）。1965年在哈密成立磚隊，成立民兵連為十連。1966年撤銷磚隊。1977年衛生隊改為職工醫院。1980年成立啤酒花連，1985年撤銷。1984年5月，成立脫水菜廠。
至2001年，農業連隊有一、二、三、四、五、六、七、九、十、十一、十二連，還有科技推廣中心、園林場（下轄園藝一、二、三連、青年民兵連）、機耕一隊、機耕二隊、水管所、供電所、糧棉加工廠、磚廠、建安五分公司、學校、醫院、物業管理中心、新東食品廠等基層單位。