WTO的組織結構比關貿總協定的組織結構更為完善，更具權威性。關於建立世界貿易組織的馬拉喀什協議第4條對世貿組織的機構作了全麵的規定。
一、WTO的組織結構及其職能
1.部長會議
部長會議由所有世貿組織成員方的代表參加，每兩年召開一次會議，部長會議的職責是履行世貿組織的職能並采取必要的措施實現世貿組織的宗旨和目標，部長會議有權對多邊貿易的各項事項作出決議，還可根據成員方的請求，根據WTO建立的協議和有關多邊貿易的協議，對其特殊需求的請求作出決定。部長會議是WTO最高級會議，也是最高決策權力機構。
2.總理事會
總理事會由所有成員方的代表組成，在部長會議會閉會期間，總理事會執行部長會議的各種職能，總理事會還執行WTO建立協議交付的各項職能，它還要製定自己的程序規則，按WTO成立協議的第7款規定，審批各委員會程序規則。總理事會下附設爭端解決機構、貿易政策機製評審機構及其他附屬機構，如貨物貿易理事會、服務貿易理事會、知識產權理事會。總理事會可定期或選擇適當時機召開會議。
3.理事會
理事會為總理事會附屬機構。其中貨物貿易理事會、服務貿易理事會、知識產權理事會為最重要的理事會，這些理事會由所有成員方代表組成。每一理事會每年至少舉行八次會議。
貨物貿易理事會，除了爭端解決職能應有爭端解決機構解決外，貨物貿易理事會還應監督已達成的各項貨物貿易的功能和理事會賦予的職責少貨物貿易理事會應根據需要，設立一個委員會，監督有關所達成協議的運行，並監督其他貨物貿易的附屬機構，並有權批準他們的程序規則。
服務貿易理事會，除了爭端解決職能應有爭端解決機構解決外，服務貿易理事會還監督服務貿易的功能和總理事所賦予的職責。服務貿易理事會應根據需要設立一個委員會，來監督協議的執行和服務貿易的附屬機構，並有權批準他們的程序規則。
知識產權理事會，除了爭端解決職能由爭端解決機構履行外，知識產權理事會應具有監督與貿易有關的知識產權協議的功能，也承擔理事會所賦予的其他職責，知識產權理事會應根據需要設立一個委員會，監督協議的運行和與知識產權有關的附屬機構，並有權批準他們的程序規則。
4.委員會
部長會議還下設了若幹委員會，主要有貿易與發展委員會、貿易與環境委員會、國際收支限製委員會、預算財政與管理委員會、區域集團委員會。這些委員會執行由世貿組織及多邊貿易協議賦予的職能，並執行由總理事會賦予的額外職能。這些委員會成員，對所有WTO成員方代表公開，其成員從所有成員方的代表中產生。