5.秘書處
秘書處為世貿組織的日常辦事機構，它由部長會議任命的總幹事領導。部長級會議還製定有關規定，以確定總幹事的權力和責任、服務條件和總幹事任期。總幹事任命秘書處的職員，並根據部長會議的規定確定職員責任和服務條件。
總幹事和秘書處的職責完全具有國際性質，在履行職責時，不能接受來自WTO以外的任何政府或其他當局的指示，應當製止任何影響其國際官員地位的行為。WTO成員應當尊重總幹事和秘書處職員履行其國際性質的職責，不能對其履行的任務施加影響。
6.爭端解決機構
WTO根據《爭端解決的諒解》建立爭端解決機構，其責任是解決成員方產生的貿易爭端，在解決爭端過程中該機構應與總理事會密切配合。
7.貿易政策評審機構
貿易政策評審機構依據貿易政策評審機製的規定和原則建立，負責對各國的對外貿易政策進行審查，該機構在進行工作中同總領事會密切配合。
8.各種工作組
在若幹單項貿易協議下設立各種工作組，如爭端解決專家小組，基礎電訊談判組，海上運輸服務談判組。這些工作組應當履行各協議所賦予的職能，並在WTO的框架範圍內進行活動，並要經常向總理事會彙報自己的活動情況。
二、WTO的決策方式
1.WTO繼續實行1947年關貿總協定“合意”決策做法。合意的內涵是指在作出決定的會議上，如果任何一個與會成員對擬通過的決議不正式提出反對，就算達成合意，認定決定被通過。如果合意未達成決定時，將采取投票方式決定。在部長級和總理事會上，世界貿易組織成員均有一票投票權，通常以多數票為準，特殊例外另有規定。原歐共體投票時，與歐共體參加WTO的成員票數相等。
2.部長級會議和總理事會對《關於建立世界貿易組織的協定》和其他多邊貿易協定有絕對的解釋權，采用解釋的決定由成員方3/4多數投票為準。諸邊貿易協議的決定與解釋的決定，受其協議約束。
3.在例外狀況中，部長級會議可以決定豁免某一協定成員方式或任何若幹單項貿易協議成員方的責任，免除決定采用以3/4表決方式通過。超過一年的免除決定，要定期受部長會議審查，直至免除終止。