1989年2月、4月，中國問題工作分別召開了第六、第七次工作組會議，中國代表團闡述了改革開放與治理整頓的問題，並重申了中國政府的原則立場。這兩次會議就綜合文件中的中國外貿製度進行了首次評估和最終評估工作。第七次會議上還商定了第八次會議商談中國“複關”議定書，對中國恢複議定書的基本問題進行了一般辯論，實質性地討論了中國“複關”條件。
這一階段的“複關”談判之所以進展順利是因為這一時期美歐對我“複關”談判的關心和要價主要集中在貿易政策透明度與統一實施、關稅與非關稅措施的減讓、價格改革的時間表和選擇性保障條款等5個中心問題。這種要價的內容和範圍不僅少而窄，而且涉及的問題也大都是關於我貿易管理體製方麵的，未全麵觸及我國國內經濟政策和外彙政策。為了促進“複關”談判快速進行，加強國內協調工作，國務院成立了總協定部際協調小組，外經貿部相應成立了部內協調小組。
3.1989年6月～1992年l月，以美國為首的西方國家對中國實行經濟製裁，把暫時不讓中國“複關”作為其經濟製裁的一項主要內容，中國的“複關”談判陷入了停頓。
1989年6月以後，由於北京政治風波，原定於1989年7月在日內瓦召開的第八次中國問題工作組會議被無限期推遲。雖然這期間召開過兩次中國問題工作組會議，但均為象征性的例會，中國的“複關”談判事實上陷入了停頓。這一停頓，表麵上看是工作程序問題，是對中國進行的治理整頓持有偏見，並懷疑中國的改革開放能否繼續，實際上可以說是以美國為首的西方國家對華實行經濟製裁，把暫時不讓中國“複關”作為其經濟製裁的一項主要內容。“複關”談判涉及雙邊磋商和以日內瓦工作組會議形式進行的多邊談判事實上均陷入停頓，而且還危及到我“複關”談判第一階段取得的成果。
1989年11月，中國向GAT1，提交的“關於中國外貿製度的補充文件”闡明了中國政府的觀點：改革開放經《憲法》確定為長期堅持的基本國策，治理整頓是為深化改革、擴大開放創造良好的環境和條件。由於經濟體製、意識形態等方麵的差異，更由於某些締約方的偏見，上述觀點未被接受。中國雖自1988年6月逐步參加了“烏拉圭回合”全部15個議題的談判，但“複關”談判一再受阻和被擱置，影響了中國在多邊體係內發揮應有的作用，也影響了中國對外貿易的發展。
1990年1月，中國問題工作組再次召開會議，決定7月份草擬中國“複關”議定書。美國、歐盟及其他工業化國家對中國經濟改革持保留態度，並對中國的價格體係、進口許可證製度、進出口年度計劃和透明度等問題極為關心。它們認為應對中國所要求的發展中國家地位予以慎重考慮。美國要求中國外貿政策與關稅實現統一性，在外貿製度方麵具有透明度；取消不符合關稅與貿易總協定規定的非關稅壁壘；擬定價格體係改革的時間表；在價格改革完成之前接受選擇性保障條款等。歐盟對中國經濟體製的特殊性及正在進行的改革相當關注，也要求中國接受選擇性保障條款。
4.1992年2月～1995年11月，“複關”談判重新啟動並進人權利與義務敲定的實質性談判和最後攻堅時期。
在這一時期，由於鄧小平同誌南方談話而引發的深化改革和“全方位”對外開放為中國經濟的高速發展注入了新的推動力，十四大的召開為中國經濟體製改革確定了建立市場經濟和現代企業製度的目標，並相應地推出了一係列深化改革的重大步驟。這一係列改革開放的新舉措為及早結束我國“複關”談判本應提供了契機，但由於冷戰後出現的新的國際形勢和“烏拉圭回合”形成的“世界貿易組織協議”生效在即，中美三個備忘錄的相繼簽署和人權與貿易關係的脫鉤，美國對我貿易政策中唯一可以向中國施壓的杠杆就是中國的“複關”問題。以美國為首的主要締約方對我“複關”談判采取了“滾動式”要價，擴大了“複關”談判的範圍，無視我現階段經濟發展水平狀況，要求承擔發達國家在總協定中所承擔的義務。