1.體製改革不到位，金融產權結構還需完善
目前，我國金融體製仍處於“轉軌”階段，適應國際競爭需要的管理製度正在形成之中。雖然在1994年的體製改革中原四大專業銀行已改組為國有獨資商業銀行，但他們的資本仍由國家全部所有，長期以來我國銀行業形成的由國家壟斷經營的這種模式還難以立刻消除，其他多數商業銀行雖然在形式上屬於不同的利益主體，但所有的股東最終均為國有單位。也就是說，我國商業銀行總體上仍是公有經濟擁有全部產權，商業銀行的經營目標仍然具有政治和經濟的雙重性。作為一個企業，商業銀行的經營總體上仍屬行政型、粗放型，不能以利潤最大化為主要經營目標，擺脫不了產權結構不完善導致的各種弊端，經營行為常受製於地方政府，商業銀行的分支機構不得不突破既定的資產負債比例管理指標，進行賬外放貸，從事政府指令下的工資性貸款、扶貧性貸款等，嚴重削弱了商業銀行的自主經營權限，在約束軟化的情況下，這一衝動隨即轉化為現實的盲目擴張，對自身金融風險的防範常流於形式。實踐表明，我國的金融體製改革還遠沒到位。同時，由於特殊的曆史原因，我國四家商業銀行在盈利水平、資本充足率等方麵與有關要求還相差很遠，會計製度、銀行製度、管理水平需進一步完善，財務狀況也無法公開披露，不能滿足作為上市公司的基本條件。以上這些都大大影響了我國商業銀行有效防範金融風險的能力。
2.不良貸款比重較高，呆壞賬增加了銀行風險
目前，商業銀行資產負債比例不協調，資產質量有所下降，不良貸款比重長期居高不下，資金周轉緩慢，使用效率低，資產流動性差，經營效益低下，盈利能力下降，銀行資產形式及負債來源極其單一，違規經營、賬外經營比較突出。針對不良貸款比重較高，銀行風險增大的現實，國家雖先後建立了信達、東方、長城、華融四家金融資產管理公司，負責剝離消化銀行的不良資產，到1999年末已有3500億元人民幣的不良資產被剝離到資產管理公司，但是我國銀行不良貸款仍直接威脅到銀行資金的安全性，銀行金融風險過大的現實令人擔憂。
3.分業經營削弱了競爭能力
世界上銀行保險業經營的發展趨勢是分業經營不斷被削弱，而逐步走向混業經營，即既可經營存貸款業務，又可從事保險、證券、信托基金業務，實行可自由浮動的利率，貸款有彈性，較分業經營而言擁有更強的優勢和發展能力。但目前，中國商業銀行貸款利率仍然缺乏彈性，隻能經營銀行業務，與證券、保險等非銀行的金融業務不得交叉，國內保險公司保險資金的運用受到諸多限製，投資渠道狹窄，從而在競爭上處於劣勢。