農村金融組織體係的變革與創新，主要是從兩個領域同時推進的：一是在政府主導下的正規金融領域內的農村金融組織機構存量結構重組和增量改進；農業銀行的恢複和分支機構的增設，農村信用社與農業銀行的脫鉤，農村信用社縣級聯社的建立，農業發展銀行的成立和機構的下延，股份製商業銀行的誕生，2005年5月開始，中國人民銀行和地方政府聯合推進的隻貸不存小額貸款公司，村鎮銀行的產生，郵政儲蓄業務的開展及郵政儲蓄銀行的成立等等，都屬於一種增量改進。而農村信用社向農村商業銀行和農村合作銀行的轉型，則屬於存量結構的重組，並部分地產生了增量結構調整效應。二是在經濟發展過程中因正規金融供給不足而催生和成長了其他非正規金融組織機構，如農村合作基金會的產生與發展；1986年開始的金融緊縮政策，為農村民間金融組織和民間借貸活動的發展提供了機會，促進了民間金融組織的發育；1994年及其以後的非政府小額信貸組織的產生與發展、農戶資金互助合作組織的產生、農村社區發展基金的萌生和繁衍等等，均是在正規金融不足約束下由需求催生的民間自我金融組織創新的產物。當然，還有兩個領域混合推進的情況，即正規金融創新不足→→民間內生自發金融創新，產生非正式金融組織製度安排→→政府承認、加以總結和規範、以法律或規章等方式固定下來，並加以推廣，非正式金融組織進而成為一種正式的製度安排。農村資金互助社就是這種創新的代表。並由此形成了以農村信用社為基礎，商業銀行、政策銀行分工協作，農村民間金融為補充的農村金融組織體係。至此，在中國農村金融領域，就形成了正式的金融機構和民間融資並存的局麵，同時組建了政策性農業保險公司、互助保險公司、政策性擔保公司，各級政府及部門還組建了一些金融信托投資公司等。
中國20多年來農村金融組織創新，所取得的實質性進展，就在於造就了一批相對獨立的農村金融組織機構，農村金融組織機構多元化局麵初步出現。並且，從宏觀角度考察，農村金融機構的多元化，具有以下三個方麵的特征：
（1）金融機構種類多元化；表現為九個並存，即國有金融機構與非國有金融機構並存、正規金融機構與非正規金融機構並存、商業金融機構與政策金融機構和合作金融機構並存、銀行金融機構與非銀行金融機構並存、大型金融機構與小型金融機構並存、批發性金融機構與零售性金融機構並存、存款型金融機構與非存款型金融機構並存、自營性金融機構與代理型機構並存、可持續發展的金融組織與臨時性的金融組織並存。
（2）產權主體形式安排多元化；國有控股、股份製、中外合資、合作製等並存。
（3）農村金融市場金融服務供給主體多元化，市場競爭格局逐漸形成。
三、農村金融組織體係的困境及其變遷模式的轉型
農村金融組織機構的多元化，也必將推動金融業務、市場結構、監管機製的變化：
（1）與農村金融組織機構多元化並存的是金融業務的多樣化。多元化的金融機構的存在，為提供多樣化的業務、滿足社會大眾多樣化的金融需求提供了組織製度保障。
（2）農村金融組織機構多元化最終導致農村金融市場結構的改變。這種改變主要體現在農村社會融資結構和市場占有結構的改變，即通過資本市場實現的直接融資和銀行間接融資的結構將改變；間接融資內大銀行和小銀行融資的比重關係也會發生變化。國有及國有控股大型金融機構市場份額逐漸減少，農村中小金融機構的市場份額逐漸增加。
（3）農村金融組織機構多元化也要求監管手段和方式、監管機製的多元化。審慎監管與非審慎監管結合、現場監管與非現場監管結合、監管機構的監管與行業自律結合，是機構多元化狀態下監管機製的重要特征。