但是，在滿足農村金融需求上，現有農村金融組織體係存在一些明顯的不足。
第一，農村金融市場集中度較高，金融服務競爭嚴重不足。筆者組織的《銀行家》研究中心課題組2007年2月在四川、河南的調研和2007年5月在吉林的調研資料表明，縣域存款市場，被國有銀行、農村信用社、郵政儲蓄壟斷，貸款市場被國有銀行和農村信用社壟斷。同時，在縣域範圍內，除儀隴的存款市場外，其餘縣域存款市場是國有銀行主導，而貸款市場上，除磐石外，是農村信用社主導，也表明了國有銀行在縣域存貸款市場上的市場份額不對稱，引起縣域資金外流。
第二，正規金融機構在農村地區的多元化嚴重不足、競爭有限。就筆者參與的《銀行家》研究中心“農村金融機構布局與農村金融供求”課題組調研的6個樣本縣域而考察，銀行金融機構種類比較齊全，既有國有商業銀行、政策性銀行、農村信用社，還有郵政儲蓄，個別縣域還有商業銀行、村鎮銀行，以及貸款公司。似乎已經在縣域範圍內形成了一種金融競爭的局麵。但是，從這些金融機構在縣域內的區域布局角度的考察後發現，在12個樣本鄉鎮，除農村信用社和還沒有開展貸款業務的郵政儲蓄銀行以外，僅有2個鄉鎮有農業銀行的業務網點，同時有個別鄉鎮連郵政儲蓄業務也沒有。
中國銀監會2007年6月28日公布的《中國銀行業農村金融服務分布圖集》也顯示，現有正規金融機構，深入農村不夠，鄉鎮的金融市場沒有形成有效競爭。
第三，農戶和農村企業信貸融資仍然較為困難。根據國務院發展研究中心2005年的百村調查結果，農戶從正規金融機構獲得過貸款的比例隻占樣本的37.80%。同時農村私營企業從正規金融體係獲得貸款也相當困難。在被調查企業中，有59.7%的企業將缺乏資金作為企業發展的主要障礙。
第四，銀行主導著農村金融組織機構體係，除了銀行金融機構以外，非銀行金融機構極不發達，農村資本市場發展嚴重滯後，農戶和農村微小型企業難以享受到除銀行業務以外的其他金融服務，同時，農村金融市場融資結構中，間接融資比例占據絕對優勢。
也正因為如此，特別是加入WTO以後，隨著中國銀行業市場對外開放程度的加深，政府推動農村金融組織體係變遷的思維模式也在轉型。
（1）從以城市金融改革的思維模式推動農村金融改革轉向從農村基本經濟單元——農戶、農村微小型企業的經濟特征出發推動改革，促進微小型金融機構、草根金融機構的發展。
從已經發生的中國農村金融組織創新和變遷的曆程中，可以清晰地看到城市金融改革模式的痕跡：嚴格限製金融市場準入，嚴格限製中小型商業銀行的新設，忽視非政府小額信貸組織、民間金融等草根式金融服務機製的培育，主要依靠國有大型商業銀行和農村信用社建設農村金融服務組織體係；以建設現代商業銀行為目標改造農村信用社。這種改革思維模式，是脫離中國農村現實的。
中國農村經濟的基本特征是農戶作為基本的經濟單元，數量眾多，規模小，布局分散。在金融機構與農戶的信貸博弈中，信息不充分現象嚴重，交易成本高，同時，農戶缺乏商業信貸交易所要求的財務信息和抵押資產。這樣，在向農戶提供信貸服務方麵，依靠社會資本、本地知識和軟信息、接近農戶而近距離向農戶提供服務的微小型金融機構、草根金融機構比依靠可以編碼的硬信息而決策的大型金融機構更有優勢。因此，在二元經濟背景下，試圖以城市金融改革的思路、以現代商業銀行和大型金融機構為主導來解決農村金融服務不足的問題，是不現實的。不僅不能解決現有農村金融機構本身存在的問題，而且也難以有效增加農村金融服務的供給。在中國，已經不缺大銀行，缺的是社區性和合作、互助性質的金融機構，特別是在農村地區、中西部地區仍然缺乏基本的金融供給。