1939年4月19日，中央書記處會議聽取陳雲關於中組部的工作報告。毛澤東在會上指出：“一年多來，組織部工作是有成績的。今後組織部積累經驗是重要的，現在仍要注意過去經驗，使黨有一個正確的組織路線，使延安工作走向全國性的工作。過去組織部工作主要是放在延安。現在各部工作都找全國的經驗。其方法，找人來，派人去，特別是派人來是最好的方法，並要用充分的時間去研究經驗。”會後，陳雲和李富春認真貫徹毛澤東提出的各項意見，要求組織部門加強對外省工作的了解和指導，強調要從了解華北的情況開始，逐步發展到全國去。在工作方法上，陳雲和李富春也遵照毛澤東“找人來，派人去”的意見作了改進。他們一方麵向各地派出巡視團巡視工作，另一方麵請各省組織報告團到中央來報告工作。同時，他們還注意搜集和研究各地工作情況材料，有針對性地幫助解決一些問題。在陳雲和李富春的具體指導下，各地組織係統的工作很快恢複並發展起來。
隨著全麵抗戰形勢的發展，麵對國民黨頑固派愈演愈烈的反共活動，如何鞏固黨的組織，陳雲和李富春做了大量工作。他們參與中共中央《關於鞏固黨的決定》等重要文件的討論，經常一起分析各地的形勢和黨組織狀況，製定應對方針，指導工作。關於在大後方和敵占區鞏固黨的秘密組織的重要工作，陳雲和李富春聯合發出指示，要求各地必須轉變工作方式，進行秘密工作準備。例如，國民黨頑固派在華北發動第一次反共高潮，把反共重點從華北移向華中。王稼祥和陳雲、李富春等敏銳地意識到“河南黨是中央與華中各地聯係的橋梁”，對這個地區黨的組織工作必須高度重視，提前做出周密部署。他們電示洛陽八路軍辦事處，要求他們必須估計到黨的公開機關隨時有被襲擊的可能，強調：“保證幹部安全為第一，電台聯絡暫時為次，切勿猶豫。”他們要求辦事處應該加強鞏固內部，保證領導機關安全，迅速建立通往豫東、鄂中根據地的兩條秘密交通線。由於當地黨組織按照陳雲、李富春等指示及時采取緊急處理辦法，避免了更大的損失。
1941年1月，國民黨頑固派製造了震驚中外的皖南事變，使第二次反共高潮達到頂點。陳雲和李富春等致電在重慶的周恩來、董必武，詢問南方局所屬黨組織情況，請他們考慮在大後方西南各省委各自獨立活動問題，提出暫不建立西南工委這樣總的秘密領導機關是否更有利些的建議。他們還要求已經暴露的黨員和黨組織應“立刻隱蔽撤退”，並要求陝西省委大批收容不能立腳的黨員及非黨革命知識分子來延安。這些意見和建議，不僅使各地黨組織能夠保存下來，而且在不久以後得以鞏固和有所發展。
“當時，陳雲帶頭堅持學習，副部長李富春同誌也很積極，科長們都參加，為部裏的同誌們起了很好的帶頭作用”
在1938年召開的中共六屆六中全會上，毛澤東號召全黨要學習馬克思主義理論。中組部率先響應，成立了學習馬列主義基本理論的學習小組，陳雲和李富春為正副組長。正式參加學習的幹部有十幾個人，旁聽人員前後有30多人。學習小組每天上午9點以前為自學時間，每周集體討論一次。學習著作為《共產黨宣言》《國家與革命》《政治經濟學》《哲學概論》，以及毛澤東的哲學著作等。“當時，陳雲帶頭堅持學習，副部長李富春同誌也很積極，科長們都參加，為部裏的同誌們起了很好的帶頭作用。”
開辦各類學校是我們黨培養幹部的重要途徑。六中全會結束後不久，中央書記處召開會議，決定組織一個委員會，負責抗大、陝北公學、中組部幹部訓練班和中央黨校全部學員的編組計劃，由王稼祥任主任，陳雲和李富春等參加。會議還決定由陳雲擔任中央黨校校長。為了滿足培養幹部的需要，在陳雲和李富春指導下，中央組織部參與創辦了陝北公學、安吳堡青年培訓班、魯迅藝術學院、馬列學院、延安女子大學、工人運動學校以及中組部幹部培訓班等。陳雲和李富春不僅參與這些學校辦學方針的討論，而且親自為學員授課。他們在講課中，特別強調要注重理論聯係實際。宋平回憶說：“陳雲同誌講黨課，善於把許多深奧的道理和複雜的問題，用簡明生動的語言表達出來，深入淺出、幽默風趣。”
作為中央組織部部長，陳雲認為，“用人之道對於領導工作是非常重要的”，可用12個字來概括，即：了解人，氣量大，用得好，愛護人。1938年9月，他在抗日軍政大學的一次講演中，全麵闡釋了這個觀點。關於幹部挑選、提拔、使用和教育培養，他提出四條標準：忠實於無產階級事業，忠實於黨；與群眾有密切聯係；能獨立決定工作方向，並負起責任；守紀律。這四條幹部標準概括起來就是兩條：一要講政治，二要講能力。“兩者不能缺一，以政治為主。”
陳雲還十分關注黨的幹部隊伍團結問題。當時不團結現象突出表現在四個方麵：新幹部與老幹部，軍隊幹部與地方幹部，外地幹部與本地幹部，同類幹部之間。其中，“以新老幹部的不團結為最多最久”。當然，這兩部分幹部總的來說在政治方麵團結一致，努力奮鬥，但正如李富春所說的：“由於老幹部和新幹部所產生的時代與鬥爭環境不同，出身成分與生活經曆不同，參加革命和入黨的時間不同，工作環境與工作條件不同，因此鬥爭經驗、工作知識與能力、政治修養與鍛煉、對黨對革命的認識、工作方式與方法等等，不可免地存在著一定的差異。”在“處理日常工作、日常問題上，難免不發生某些認識上的分歧；在思想、意識、生活、習慣上，難免不發生某些隔閡”。
那麼，怎樣分析和解決這些問題呢？陳雲敏銳地指出：“新老幹部不團結的實質，是土地革命時期的農民幹部與新參加革命隊伍的知識分子幹部之間的關係問題。”老幹部優點是“經過長期奮鬥，是我黨我軍之骨幹”，“有寶貴的經驗”。但是，也要注意克服三方麵問題：一是不要賣老資格。“老革命是好，但不要成為包袱，使前進不輕快。”二是要提高文化，這是前進的關鍵。“沒有文化，政治水平很難提高，不能看得遠，隻看到目前，隻看到陝北。這不行，要看到全中國，看到全世界。”三是要主動團結新幹部。關於新幹部，他們的優點是“對事物敏感，工作熱情”，但存在小資產階級的自由散漫，實踐經驗少。因此，新幹部要尊重老幹部，新幹部鍛煉必須從下層實際工作開始。新老幹部，“一個是會寫沒有經驗，一個是有經驗不會寫，這說明什麼呢？說明非常需要相互幫助，彼此學習，共同提高”。為了促進幹部之間的團結，李富春做了大量工作。他首先對新老幹部的情況做了認真的分析和研究。提出“正因為如此，黨必須及時地大膽地提拔新幹部來擔任各級的領導工作”。在陳雲和李富春等人的幫助下，許多新老幹部對自身的長處和短處有了比較清醒的認識，相互之間增進了了解，逐步形成團結互助的新局麵。毛澤東在一次講演中談到高級幹部要善於團結大多數時曾經指出：“這一點，陳雲同誌值得我們學習的。”
“剛到延安，感到我們黨的領導人都非常親切。”“我們感到組織部確實是‘黨員之家’。黨員有什麼事情都願意找組織部同誌談。”
陳雲認為：“解決一個幹部的問題，關係到他的政治生命的時候，要很鄭重、很謹慎、很細心地去處理它。”從全國各地回到延安的幹部，首先要到組織部報到，等待分配工作，有些長期同組織失去聯係的幹部還要等待組織部審查。陳雲和李富春對所有來到延安的幹部都十分關心和熱情。一些老同誌說，在中央組織部，我們受陳雲和李富春的教誨是很深的。他們一視同仁，和我們親密無間交談，耐心地聽取你的意見，在可能的範圍內滿足你的要求，或幫助你解決困難。大家共同的感受是“有事都願意找組織部”。
陳雲要求組織部的幹部一定要妥善做好接待工作，囑咐他們“要熱情接待，說話和氣，對人尊重，要有禮貌，使組織部形成良好的作風”。對於每個來中組部工作的幹部，陳雲都要同他們談話，提出要求。當時在中央組織部工作的袁寶華回憶，陳雲第一次約他談話說，到中組部工作，就要善於發現每位幹部的長處，隻有發現幹部的長處，才能更好地使用幹部。人總是有長處、有短處的，隻有善於發現幹部的長處，才能善於發現人才。“這一點對我印象很深。”