建立亞太自貿區的困難主要可以歸納為以下幾點：一是路線圖的具體設計，在正式談判之前就下一代貿易和投資問題的內容框架達成共識比較困難，如果按照一般自貿區涉及的領域，發展中成員比較容易接受（例如RCEP），但以美國為首的TPP成員不一定認為RCEP是全麵和高質量的自貿區，而如果將TPP內容照搬到亞太自貿區中，不少發展中成員將難以接受。RCEP談判中涉及的問題主要包括貨物貿易、服務貿易、投資、經濟技術合作、知識產權、原產地規則、爭端解決機製、透明度、便利化、差別待遇等，而TPP包括的內容更多，除上述領域外，還包括網絡安全、法律、地區管理的協調與相互認可、監管體製的一致性與連貫性、規章製度的無縫對接、水平和跨領域議題（horizontal and crosscutting issues）、生物技術、國有企業、競爭政策、數字經濟、環境、勞工標準、公共衛生、健康等問題。如何在RCEP和TPP之間就亞太自貿區涉及的領域內容達成一致，APEC將麵臨挑戰。二是參加RCEP談判的16個國家中，有4個不是APEC成員，包括印度以及東盟成員國老撾、柬埔寨、緬甸，亞太自貿區的建立是否應包含這4個國家？如果包括，如何在新建立的亞太自貿區中體現彈性和差別對待原則，尤其是對老、柬、緬的優惠政策？如果有彈性和差別對待，亞太自貿區是否還是高質量？如果沒有，老、柬、緬就很難加入亞太自貿區。在確立亞太自貿區談判內容問題上TPP占有優勢，因為參加談判的12個國家都是APEC成員。【7】
展望未來，如果亞太自貿區最終得以建立，將形成世界範圍內最大的自由貿易區，並從根本上解決亞太地區各種類型的自貿安排大量衍生而引發的“意大利麵碗效應”，從而為深化亞太地區經貿合作提供一個更加完整、高效的製度框架。
二、亞太區域經濟一體化的難點
在全球經濟一體化大潮下，亞太經濟合作如火如荼，經濟市場化、自由化和經貿投資便利化大幅推進，各國間經濟依賴程度明顯提高。但與歐洲、北美等地區相比，亞太地區的經濟一體化程度仍相對滯後。亞太地區仍缺乏統一的、較高標準的經濟一體化框架；勞動力、資本、信息的跨境自由流動以及產業鏈整合均存在較大障礙；各國貿易、投資、金融等政策的協調程度和地區合作機製建設與現實發展需要不匹配。總的來看，亞太區域經濟一體化麵臨的困難很多，主要難點在於各方戰略利益的巨大差異、諸多自貿協定導致的“意大利麵碗”效應以及地緣政治因素的強烈掣肘。
（一）各方戰略利益差異難協調
亞太地區大國雲集，糾葛素來複雜，各國戰略不同，利益衝突凸顯。
1.美國
美國欲以跨太平洋夥伴關係協定（Trans-Pacific Partnership Agreement，簡稱TPP）統合亞太區域經濟一體化，與中國爭奪亞洲經濟主導權甚至在區域經濟合作中孤立中國。
當前，TPP成為美國分化亞洲的重要經濟手段，表現出明顯的戰略化態勢。2010年，美國著名國際經濟學者傑弗裏·斯科特（Jeffrey Schott）和弗雷德·伯格斯滕（Fred Bergsten）聯名向美國貿易代表辦公室提交報告，認為“TPP可以保障美國的戰略和安全地位，在經濟上與中國爭奪話語權，增強成員國在政治和軍事上的共同意識，構建符合美國理念的價值觀”。顯而易見，美國伊始對TPP的評估就帶有明顯的戰略考量。
美國的TPP有三個基本的戰略特點：一是在貿易領域延續“輪輻效應”（Hub and Spoke Effect）。如果說美國在東亞的軍事同盟是安全上的“輪輻”結構，那麼美國分別與東北亞的韓國、東南亞的新加坡所簽訂的雙邊自貿協定則是“輪輻”結構在經貿領域的重現。身處東南亞的新加坡是東亞地區簽訂自貿協定最多的國家之一，其貿易夥伴國遍布全球。2004年1月1日，美新雙邊貿易協定生效，這是美國與亞洲國家簽署的第一個此類協定。在東北亞，2007年6月30日，美國與韓國簽署自貿協定，並於2012年3月15日生效。美國利用新加坡等國，深深地將TPP植入東亞，為東亞地區主義的多邊化奠定基礎。第二，美國走的是一條“反客為主”的機製路線。2009年美國與東盟簽訂《東南亞友好合作條約》，2011年與俄羅斯一道加入東亞峰會，成為東亞地區的座上賓。令美國頭痛的是，東亞峰會“10+8”的論壇形式無法讓美國在亞洲經濟合作機製方麵一展拳腳。美國主導的APEC式的跨太平洋機製由於缺乏規範性及認知性力量，無法建立一個反映美國意願且牢固的地區機製。在當前亞洲區域經濟合作尚未定型的形勢下，美國主導的TPP極具吸引力，成為美國“重返亞洲”戰略的有力武器。第三，TPP是跨地區貿易協定。TPP戰略的實施將亞洲、北美洲、南美洲、大洋洲這四個地區聯結在一起，“輪輻效應”具有了更大的空間延展度。從地理位置上看，美國主導的TPP已經超出了任何一個傳統鄰近地理概念意義上的地區。