從政府“三張清單”的上述涵義和功能、作用可知，“負麵清單”、“權力清單”主要是針對政府亂作為，要求政府用權不能任性，政府不得隨意幹預市場，不得行使法律沒有明確授予的權力，不得對行政相對人設定和加予非法定義務；“責任清單”則主要是針對政府不作為，要求政府依法積極履責，政府和政府部門不得在履責上互相推諉、互相扯皮，政府官員不得為官不為。有了“負麵清單”，市場主體就不用再查上百部法律、上千部法規、上萬部規章和政策性文件，即知道自己不能做什麼，哪些領域、哪些行業不能進入，除了不能做的都可以大膽地、理直氣壯地去做，除了不能進的領域、行業都可以大膽地、理直氣壯地進入；有了“權力清單”和“責任清單”，政府和政府部門及其工作人員就不用再查上百部法律、上千部法規、上萬部規章，就知道自己能做什麼，不能做什麼和應該做什麼，以不越位、不缺位；有了“三張清單”，我們老百姓遇事也就不用再去查千千萬萬的法條，就知道政府哪些事無權做，哪些事應該做和必須做，它無權做的對我們做了，就是越權，它應該做和必須做的不做，甚至我們請求它做它還不做，就是失職，我們就可據此向法院告它，法院就可據此判它敗訴。
“三張清單”之間
“權力清單”與“責任清單”可以認為是“負麵清單”的保障。隻有“權力清單”將政府權力的範圍限定了，才能避免政府將權力之手伸向“負麵清單”之外的事項，隨意擴大“負麵清單”的範圍。隻有“責任清單”將政府職責明確化了，才能保證政府對列入“負麵清單”的事項依法予以有效規製，管住管好，對未列入“負麵清單”的事項，也依法進行嚴格的事中事後監管，保障市場主體依法運作，以維護必要的市場秩序。未列入“負麵清單”的事項隻是法律免除市場主體進行市場準入審批，而並非法律免除這些事項接受任何行政監管。對於市場主體違法，違反和擾亂市場秩序的行為，無論屬於“負麵清單”所列或未列事項，政府均應依“責任清單”所列之職責，依法予以查處，追究相應市場主體的責任。否則，整個市場將無法運作。
至於“權力清單”與“責任清單”的關係，二者更是密不可分。權力和責任是統一的，擁有多大的權力就要擔當多大的責任，肩負多大的責任才賦予多大的權力。權力（職權）是責任（職責）實現的手段。法律、法規在賦予相應政府和政府部門責任（職責）時，即同時授予其實現該責任（職責）的權力（手段）。如法律、法規賦予公安機關維持社會治安，管理消防、城市道路交通、戶籍、特種行業、易燃易爆物品等職責，即同時授予其審批、許可、監管、處罰（罰款、沒收、拘留、吊扣證照），強製查封、扣押、凍結、拍賣等相應權力。國務院之所以要求政府在公布權力清單時必須同時公布責任清單，目的有二：其一，讓行政相對人方便、快捷了解法律、法規授予了各級政府和政府部門哪些權力，賦予了它們哪些責任，從而方便他們監督政府和政府部門，隨時發現相應政府和政府部門是否行使了法律、法規未授予它們的權力，是否履行了法律、法規賦予它們應履行的責任（職責）；其二，讓行政相對人方便、快捷了解各級政府和政府部門的權力是法律、法規為保證它們履行哪些相應責任（職責）而授予的，從而方便他們監督相應政府和政府部門，隨時發現相應政府和政府部門是否背離立法目的而濫用了權力。
“責任清單”所列“責任”既可以指相對於政府職權（權力）的職責，也可指政府超越職權、濫用職權、不履行職責、違法履行職責所應承擔的法律責任，如撤銷相應行政行為、確認相應行政行為違法或無效、責令限期履行職責，賠償被侵權人損失、處分對之有過錯的公職人員等。在推行“三張清單”的實踐中，責任清單所列“責任”一般應指第一種責任，即政府和政府部門的職責，而難於包括第二種責任，即政府和政府部門違法、濫權、不作為的法律責任。