1989年12月2日，馬共、泰政府和馬來西亞當局三方在泰國簽署“合艾和平協議”。按照該協議，馬共解散了馬泰邊區全部武裝部隊和地下組織約1100餘人，銷毀了武器及彈藥，並宣布放棄武裝鬥爭——由此，馬共退出了政治舞台。
之後的多年裏，約有400名前馬共成員成功返馬定居，但也有人卻一直被拒絕入境，其中就包括陳平。
客死異鄉
馬共完全停止武裝活動後，泰國政府在泰南設置友誼村及和平村，協助馬共成員建設新家園。1990年起，逃亡國外30年的陳平來到泰南，開始和眾多前馬共成員一起居住，成為“泰南村民”。
但是對於不能回國，陳平一直耿耿於懷，希望能重返馬來西亞，看望父母的墳墓，並在那裏度過自己的晚年，“我很不情願接受這個事實（不被準許回馬來西亞）。我現在年齡越來越長，我希望能回到故鄉，如果他們想逮捕我，就逮捕我、放逐我吧”。
2000年，陳平通過法律途徑申請回國，該申請於2005年遭馬來西亞高院駁回，上訴庭在2008年駁回陳平的上訴，理由是陳平無法出示文件證明在大馬出生。馬來西亞聯邦法院在2009年4月30日駁回陳平的申請，使他最終回國無望。
“大概因為我不是一名馬來人。”陳平將被拒回國歸結為種族歧視。
馬來西亞政府領導人卻始終堅稱，如果允許陳平回國，將讓許多在那場暴亂中痛失親人的馬來西亞人感到不安。
“陳平應該從曆史上被抹去，這樣，人們尤其是年輕一代就不會知道他，”馬來西亞土著權威組織主席拿督依布拉欣阿裏稱，“馬來西亞曆史上，有一些黑色時刻需要我們從中吸取教訓，但是，絕不是傷害國家的恐怖分子和罪犯的這段曆史。”
馬來西亞政府確實是這樣做的。2006年5月，馬來西亞內務部以“保障公眾的利益”為由，將內容圍繞陳平前半生及其影響的紀錄片《最後一名共產黨人》禁映。對此，馬來西亞有媒體稱，馬政府對曆史“禁區”有“過敏症”，認為“馬來西亞人還沒有達到一個可以接受這部影片的水平”。
這種“屏蔽”在陳平死後，仍在延續。
9月16日，陳平離世當天，馬來西亞全國警察總長卡立阿布巴卡表示，陳平從來就不是一個馬來西亞公民，他的骨灰也不應該被帶回馬來西亞，“他應該很高興被埋葬在他待過時間最長的地方”。
“（邊境）關卡森嚴，以防有人走私陳平的骨灰入境，”馬來西亞華人導演陳翠梅評價說，“又一出馬來西亞慣有的荒謬劇。