江東軍精於水戰，既可結陣破敵，亦能各自為戰，相較曹軍更為機動靈活。周瑜將令既下，江東軍水軍陣型立刻完全散開，開始對曹軍陣型進行撕扯，曹軍縱然拉長的陣線中立時出現無數的漏洞可以打擊和切斷。江東軍戰船乘勢直突入對方陣型之中，往來穿插，和他們擦過的曹軍盡皆損失慘重。
曹操遙望戰場，麵色鐵青，手心裏盡是冷汗：曹軍憑借一時盛怒之氣與江東軍一搏，初時雖不落下風，但時間一久後繼卻是乏力，漸現頹勢。江東軍戰法精熟，水上戰力甲於天下，短兵相接時絲毫不受舟船顛簸影響，曹軍雖奮勇卻苦於難以立足，死傷慘重。兼之江東兵水性精湛，倘若不敵跳水便能活命，反之曹軍將士即便會水，落入江中多半難以生還。
但是此時已勢成騎虎，曹操迫於形勢，隻能繼續調動士卒廝殺。曹操再傳將令，無論正規戰船，抑或民間征調的漁船小舟，全部投入戰場，誓要彙兵合流，鞏固陣型。曹操憤然看著自己駐於北岸江畔的強大陸軍，此時竟毫無勇武之地，隻能為江上奮戰的戰友搖旗呐喊，以壯聲勢。
鏖戰半日，曹軍雖然落於下風，卻能依靠人數優勢，勉強堅守陣線，未呈崩潰敗退之勢。此時，突然狂風大作，雷電交加，空中黑雲崩塌，暴雨傾盆而下。
曹操臉色突變，心膽俱裂，放聲吼道：“收兵！鳴金收兵！”
傳令官敲響金鉦傳令收兵，此時整個戰場已完全陷入混戰的局麵，鳴金聲淹沒在一片喧囂之中。曹操當機立斷，喝令岸上陸軍齊聲呼喊收兵，但是曹軍戰船多為海船製式，一時間難以操縱轉向，倒是江東的水軍聽聞收兵之聲，毫不猶豫的放棄了所有的敵人，從曹軍陣線的空隙中衝殺出去，彙集在一處，駛回本陣。
周瑜再舞戰旗，數名傳令官全力吹響了號角，江東軍水軍戰陣稍作整頓，以大型戰船居外，小型戰船居內，船帆盡落，船與船之間以鐵索相連，如同在江麵上築成一座堅固的移動堡壘。
風暴中，原本平靜的長江波浪大作，江東軍的“船城”平穩的漂浮在江麵上，任憑風雨吹打，兀自巍然不動。反觀曹軍，所有的戰船如同難以駕馭的野馬，在風浪中顛簸起伏，將站立不穩的士卒甩入江中。
曹操扶著主艦的桅欄，徒然的觀望長江，任憑雨水模糊自己的眼睛。自己苦心經營多年的水軍已成為一堆江麵上沉浮的碎木。長江，這條江是上天用來保護孫策的，對於自己，它是無法逾越的天塹，終自己一生也無法逾越的天塹。
江麵上再掀起一陣巨浪，打在船舷上擊得粉碎，江水搖撼震蕩，整個船身劇烈的顫抖起來，曹操立足不穩，踉蹌著摔倒在船舷的一角。
“大王！”典韋和許褚圍聚過來，一左一右的將曹操攙起，不由分說的架著他跳上一艘小舢板，駛回北岸。
曹操不知道自己是如何回到北岸的，當踏上實地後，曹操心神略定，他掙紮著甩脫典韋和許褚的攙扶，嘶啞的喝令道：“將孤的大旗移往江畔，調集陸軍人馬沿江修建土壘、壕溝，孤要在此與孫策一決勝負！”
“大王，時逢春夏江水必漲，倘若拖延日久，水軍優勢將更加明顯，此時不退恐難以建功。”郭嘉諫道，“昔秦穆公東進，雖三戰不勝，勵精圖治終成就霸業，請大王為鑒，萬不可意氣用事。”
曹操手中的長劍鏗然落地，他按著額角向後倒去：“頭，好痛啊……”
長江之戰結束於建安十八年四月二十日，以孫策逼退曹操作為終結。這場戰爭持續的時間不到一個月，最終決戰於長江江麵之上，雙方僅戰死的將士便不下四萬人，傷者難以計數。此戰中，曹軍戰船盡遭損毀，三萬水軍盡歿，孫策雖然獲勝，卻也付出死傷萬人的代價。
連月的暴雨導致江水上漲，孫策略作整頓，趁水勢未退，引水軍來攻樊城。樊城周圍，白浪滔天，水勢益甚，城垣漸漸浸塌，曹軍擔土搬磚，填塞不住。五月中旬，曹操引兵撤出樊城，退守新野，以防禦河洛南方最後的門戶，宛城的駐軍亦整備兵甲，以為犄角之勢。
由於曹操於建安十五年開始的對沿江諸郡縣居民的北遷，孫策得到的樊城不過是一座城防破敗的空城，城中水深數尺，軍士難以下寨駐紮。孫策擔心疫病流行，不敢引兵進駐，待水勢退卻後引兵在樊城以北三十裏處依山下寨，窺視新野。