誰又會想到，肖揚調轉到廣東省曲江縣公安局的手續中竟夾有一份致命的“黑色檔案”：“因為我的一位小學老師，一直資助我讀高中的那位老師，1957年被打成右派了。他們懷疑我跟他有政治上的瓜葛，是他們培養的右派‘黑苗子’，所以就給我來了一個鑒定：此人不適合做政法工作。”
於肖揚，人生最失意的時候就算“文革”期間被審查的時候。“曾經受過審查，原因是兩條：一是資助我讀書的老師被打成了右派，讓我說清楚他有什麼陰謀，我無法說清楚。我始終相信，他是好人不是壞人，他講過的那些話簡直不能想象他是右派。二是公檢法砸爛了，造反派說我執行的是資產階級反動路線。當時我自己也摸不著頭腦，覺得莫名其妙。但我還是很自信：第一，我沒什麼問題。一個窮孩子還會反對共產黨嗎？第二，我滿腔熱情想把自己學到的一點知識貢獻給自己的國家。因此，在最不利的環境中，我也沒有放棄繼續學習鑽研的機會。”
“文革”期間，肖揚曾被下放到地方勞動兩年。之後，先後任廣東省曲江縣委宣傳部幹事和縣委辦公室幹事、副主任。1975年的一天，肖揚跟著地委書記和縣委書記到廣東省曲江縣龍歸公社去搞“基本路線教育運動”，“搞完了運動就把我留下了，他們說：你別走了，在這兒當公社書記吧！既然留了下來就決心做好這件事。我不在公社住，住到生產隊裏，跟農民吃住在一起，這樣就知道農民想什麼幹什麼。在我當公社書記的6年裏，連年增產增收，也挺湊巧的”。
1981年，肖揚才回到城市，先後任廣東省韶關市武江區黨委書記、清遠地委副書記。1983年，肖揚回到政法係統。“那也是一個很偶然的機會。那時我是清遠地委副書記，主管農業，突然有一天宣布清遠地委與韶關市委合並，省委書記王寧也來了。他從名單上看到我是學法律的。怎麼會有一個學法律的人來管農業呀？他感到有點奇怪，馬上跟當時市委一把手講：這個人你們不要安排，由省委來安排吧。所以我就沒被安排。我也不知道自己會去幹什麼？隔了兩天，省委書記找我談話，決定把我調到省檢察院任副檢察長。這樣我終於又回到了政法隊伍。”
1986年，肖揚出任廣東省人民檢察院檢察長、黨組書記。“那一年12月8日，我邀請了香港廉署專員班乃信訪問廣東。為什麼？主要一個出發點就是當時改革開放幾年後，出現一種現象：貪汙賄賂犯罪增多，卷款潛逃的增多，逃往香港的增多，一過羅湖橋，你就沒辦法抓他了，我感到這樣下去國家損失太大，但不打開同香港廉署的渠道你就無法把這些犯罪分子擒拿歸案。當時班乃信（英國人，時任香港廉政公署專員）是作為旅遊者來廣東的，我也是以個人身份來接觸的。我們談了一個上午。班乃信很有學問，對法律研究很深，後來就建立了廣東省人民檢察院個案協查辦公室。個案協查，就是你幫我查一件，我幫您查一件案子。後來這一辦法得到了最高檢院的讚成，這個機構也變成兩家共用，一個是廣東省人民檢察院個案協查辦公室，一個是最高人民檢察院個案協查辦公室，兩個牌子一套人馬。這一措施對打擊貪汙賄賂犯罪非常有力。”
珠江電影製片廠曾拍攝一部影片《暫緩逮捕》，題材就是以肖揚辦理的一宗案件為藍本的。肖揚回憶說：“案子是這樣的：廣東一家化工廠正、副廠長貪汙11萬元，當時他們的產品名聞國際市場。作為產品專利的發明人，獎勵給他11萬不算多，但他沒有申請發明權，不會用法律來保護自己，而是非法取得11萬。當時2000塊錢以上就構成犯罪，5萬塊錢以上要殺頭的。但這個人非常坦白，抓到後馬上承認，態度很好。這個人不跑，非常熱愛他的工廠。檢察機關在偵查階段完全可以不用把他抓起來，因為他承認了，什麼時候要取證要他談，他就什麼時候到，所以決定暫緩逮捕，要他在生產實踐中帶罪立功，這人也非常感謝，跟外商談判時他同樣出席。後來判了緩刑，一直表現很好。當時，這一舉動也意見不一。犯了罪理所當然要抓起來，但我們法律並沒有規定說非要抓起來才能送上法庭（不可），而當時是不抓起來同樣可以送上法庭，判了緩刑。”
20世紀80年代，肖揚在檢察院任職期間，致力於反貪事業。他深知人民群眾對貪官疾惡如仇。他多次強調貪官司不除，難以立黨；汙吏不除，難以立國；腐敗不除，難以立信。這種信念促使他創立了人全國第一個舉報中心、第一個反貪汙賄賂工作局，主持起草《反貪汙賄賂法》（草案），贏得了社會的稱讚。
了解情況的人知道，在內心深處，肖揚對社會上的困難群體有著特別的關注和深厚的感情。在擔任司法部長期間，肖揚親自倡導建立了中國的法律援助製度，使許許多多“有理無錢”的農民、下崗職工、殘疾人等，平等地享受到了法律的陽光，打贏了官司。出任最高法院院長後，他推行庭審公開等一係列改革，同時著手實施了法官等級製度的建立。在中國政法界，肖揚以意識超前、大膽改革而聞名。
死守人民法院這司法公正的最後一道防線
1998年7月，北京第一中級法院審理的一起知識產權案，通過中央電視台向全國億萬觀眾現場直播。這是全國法院首次以直播方式公開審判。從此，千家萬戶把它喻為“陽光工程”。這是人民法院發展史上的第一次。