第十六條出境、入境的交通運輸工具離、抵口岸時，必須接受邊防檢查。對交通運輸工具的入境檢查，在最先抵達的口岸進行。出境檢查，在最後離開的口岸進行。在特殊情況下，經主管機關批準，對交通運輸工具的入境、出境檢查，也可以在特許的地點進行。
第十七條交通運輸工具的負責人或者有關交通運輸部門，應當事先將出境、入境的船舶、航空器、火車離、抵口岸的時間，停留地點和載運人員、貨物情況，向有關的邊防檢查站報告。
交通運輸工具抵達口岸時，船長、機長或者其代理人必須向邊防檢查站申報員工和旅客的名單；列車長及其他交通運輸工具的負責人必須申報員工和旅客的人數。
第十八條對交通運輸工具實施邊防檢查時，其負責人或者代理人應當到場協助邊防檢查人員進行檢查。
第十九條出境、入境的交通運輸工具在中國境內必須按照規定的路線、航線行駛。外國船舶未經許可不得在非對外開放的港口停靠。
出境的交通運輸工具自出境檢查後到出境前，入境的交通運輸工具自入境後到入境檢查前，未經邊防檢查站許可，不得上下人員、裝卸物品。
第二十條中國船舶需要搭靠外國船舶的，應當由船長或者其代理人向邊防檢查站申請辦理搭靠手續；未辦理手續的，不得擅自搭靠。
第二十一條邊防檢查站對處於下列情形之一的出境、入境交通運輸工具，有權進行監護：
（一）離、抵口岸的火車、外國船舶和中國客船在出境檢查後到出境前、入境後到入境檢查前和檢查期間；
（二）火車及其他機動車輛在國（邊）界線距邊防檢查站較遠的區域內行駛期間；
（三）外國船舶在中國內河航行期間；
（四）邊防檢查站認為有必要進行監護的其他情形。
第二十二條對隨交通運輸工具執行監護職務的邊防檢查人員，交通運輸工具的負責人應當提供必要的辦公、生活條件。
被監護的交通運輸工具和上下該交通運輸工具的人員應當服從監護人員的檢查。
第二十三條未實行監護措施的交通運輸工具，其負責人應當自行管理，保證該交通運輸工具和員工遵守本條例的規定。
第二十四條發現出境、入境的交通運輸工具載運不準出境、入境人員，偷越國（邊）境人員及未持有效出境、入境證件的人員的，交通運輸工具負責人應當負責將其遣返，並承擔由此發生的一切費用。
第二十五條出境、入境的交通運輸工具有下列情形之一的，邊防檢查站有權推遲或者阻止其出境、入境：
（一）離、抵口岸時，未經邊防檢查站同意，擅自出境、入境的；
（二）拒絕接受邊防檢查、監護的；
（三）被認為載有危害國家安全、利益和社會秩序的人員或者物品的；
（四）被認為載有非法出境、入境人員的；
（五）拒不執行邊防檢查站依法作出的處罰或者處理決定的；
（六）未經批準擅自改變出境、入境口岸的。
邊防檢查站在前款所列情形消失後，對有關交通運輸工具應當立即放行。
第二十六條出境、入境的船舶、航空器，由於不可預見的緊急情況或者不可抗拒的原因，駛入對外開放口岸以外地區的，必須立即向附近的邊防檢查站或者當地公安機關報告並接受檢查和監護；在駛入原因消失後，必須立即按照通知的時間和路線離去。
第四章行李物品、貨物的檢查
第二十七條邊防檢查站根據維護國家安全和社會秩序的需要，可以對出境、入境人員攜帶的行李物品和交通運輸工具載運的貨物進行重點檢查。
第二十八條出境、入境的人員和交通運輸工具不得攜帶、載運法律、行政法規規定的危害國家安全和社會秩序的違禁物品；攜帶、載運違禁物品的，邊防檢查站應當扣留違禁物品，對攜帶人、載運違禁物品的交通運輸工具負責人依照有關法律、行政法規的規定處理。
第二十九條任何人不得非法攜帶屬於國家秘密的文件、資料和其他物品出境；非法攜帶屬於國家秘密的文件、資料和其他物品的，邊防檢查站應當予以收繳，對攜帶人依照有關法律、行政法規規定處理。
第三十條出境、入境的人員攜帶或者托運槍支、彈藥，必須遵守有關法律、行政法規的規定，向邊防檢查站辦理攜帶或者托運手續；未經許可，不得攜帶、托運槍支、彈藥出境、入境。
第五章處罰