第三十一條對違反本條例規定的處罰，由邊防檢查站執行。
第三十二條出境、入境的人員有下列情形之一的，處以500元以上2000元以下的罰款或者依照有關法律、行政法規的規定處以拘留：
（一）未持出境、入境證件的；
（二）持用無效出境、入境證件的；
（三）持用他人出境、入境證件的；
（四）持用偽造或者塗改的出境、入境證件的。
第三十三條協助他人非法出境、入境，情節輕微尚不構成犯罪的，處以2000元以上10 000元以下的罰款；有非法所得的，沒收非法所得。
第三十四條未經批準攜帶或者托運槍支、彈藥出境、入境的，沒收其槍支、彈藥，並處以1000元以上5000元以下的罰款。
第三十五條有下列情形之一的，處以警告或者500元以下罰款：
（一） 未經批準進入口岸的限定區域或者進入後不服從管理、擾亂口岸管理秩序的；
（二） 汙辱邊防檢查人員的；
（三） 未經批準或者未按照規定登陸、住宿的。
第三十六條出境、入境的交通運輸工具載運不準出境、入境人員，偷越國（邊）境人員及未持有效出境、入境證件的人員出境、入境的，對其負責人按每載運1人處以5000元以上10
000元以下的罰款。
第三十七條交通運輸工具有下列情形之一的，對其負責人處以10 000元以上30 000元以下的罰款：
（一）離、抵口岸時，未經邊防檢查站同意，擅自出境、入境的；
（二）未按照規定向邊防檢查站申報員工、旅客和貨物情況的，或者拒絕協助檢查的；
（三）交通運輸工具有入境後到入境檢查前、出境檢查後到出境前，未經邊防檢查站許可，上下人員，裝卸物品的。
第三十八條交通運輸工具有下列情形之一的，對其負責人給予警告並處500元以上5000元以下的罰款：
（一）出境、入境的交通運輸工具在中國境內不按照規定的路線行駛的；
（二）外國船舶未經許可停靠在非對外開放港口的；
（三）中國船舶未經批準擅自搭靠外國籍船舶的。
第三十九條出境、入境的船舶、航空器，由於不可預見的緊急情況或者不可抗拒的原因，駛入對外開放口岸以外地區，沒有正當理由不向附近邊防檢查站或者當地公安機關報告的；或者在駛入原因消失後，沒有按照通知的時間和路線離去的，對其負責人處以10
000元以下的罰款。
第四十條邊防檢查站執行罰沒款處罰，應當向被處罰人出具收據。罰沒款應當按照規定上繳國庫。
第四十一條出境、入境的人員違反本條例的規定，構成犯罪的，依法追究刑事責任。
第四十二條被處罰人對邊防檢查站作出的處罰決定不服的，可以自接到處罰決定書之日起15日內，向邊防檢查站所在地的縣級公安機關申請複議；有關縣級公安機關應當自接到複議申請書之日起15日內作出複議決定；被處罰人對複議決定不服的，可以自接到複議決定書之日起15日內，向人民法院提起訴訟。
第六章附則
第四十三條對享有外交特權與豁免權的外國人入境、出境的邊防檢查，法律有特殊規定的，從其規定。
第四十四條外國對中華人民共和國公民和交通運輸工具入境、過境、出境的檢查和管理有特別規定的，邊防檢查站可以根據主管機關的決定采取相應的措施。
第四十五條對往返香港、澳門、台灣的中華人民共和國公民和交通運輸工具的邊防檢查，適用本條例的規定；法律、行政法規有專門規定的，從其規定。
第四十六條本條例下列用語的含義：
“出境、入境的人員”，是指一切離開、進入或者通過中華人民共和國（邊）境的中國籍、外國籍和無國籍人；
“出境、入境的交通運輸工具”，是指一切離開、進入或者通過中華人民共和國（邊）境的船舶、航空器、火車和機動車輛、非機動車輛以及馱畜；
“員工”，是指出境、入境的船舶、航空器、火車和機動車輛的負責人、駕駛員、服務員和其他工作人員。
第四十七條本條例自1995年9月1日起施行。1952年7月29日中央人民政府政務院批準實施的《出入國境治安檢查暫行條例》和1965年4月30日國務院發布的《邊防檢查條例》同時廢止。