上任第二天，蓋茨與美國中央戰區司令彼得雷烏斯進行了深入會談，隨後立即趕赴伊拉克，與前線美軍高級將領進行會談，與多位伊拉克政府高官進行會見。蓋茨認為，伊拉克戰爭的問題不僅僅在於美國出師名義存在錯誤，還在於美國根本不了解伊拉克的政治、經濟、社會等情況，更不了解所有基礎設施和教育係統都處於失靈狀態的實際。這意味著，美國試圖啟動伊拉克的國家重建幾乎毫無基礎，更遑論建立一個人民需要的民主政府了。美國希望用一年左右的時間解決伊拉克的巨大基礎性問題，完全是癡人說夢。
蓋茨希望，當美軍撤離伊拉克時，這場戰爭不會被視為美國的戰略失誤，或產生全球性影響的失敗。他通過調研後認為，美國不能接受戰爭失敗，同時也不能維持伊拉克的現狀。因此，他向小布什總統提出了增兵建議。2007年1月，小布什總統宣布向伊拉克增兵。
自2003年3月19日美國發動伊拉克戰爭，到2011年11月18日美軍撤離伊拉克，根據美國國會的研究報告，美國共為伊拉克戰爭撥款8150億美元，美軍在伊拉克陣亡官兵4491名，受傷官兵3.2萬名。盡管代價高昂且沉痛，但是美國並沒有取得伊拉克戰爭的勝利，伊拉克至今仍陷於混亂之中。反對美國的“伊斯蘭國”占領了伊拉克和敘利亞的大量土地，使美國在中東地區麵臨著嚴峻挑戰。戰後伊拉克的亂局使伊朗坐收漁翁之利，勢力迅速擴大。蓋茨認為，隻有時間才能告訴人們，美國發動伊拉克戰爭是否值得。然而，無論最後的答案是什麼，由於美國發動戰爭的依據是錯誤的，有關伊拉克擁有生化武器、積極發展核力量的情報是錯誤的，已使人們對這場戰爭心存不滿和失望。因此，美國輸掉了伊拉克戰爭。
2009年奧巴馬就任總統後，伊拉克和阿富汗這兩場戰爭無疑是他麵臨的最嚴重挑戰。阿富汗局勢同伊拉克一樣，決定在實現阿富汗政權更迭後美國應該做什麼至關重要，而奧巴馬政府當時對此毫無打算。蓋茨認為，美軍對阿富汗的文化背景、部族政治缺乏理解，對權力掮客的關係和曆史一無所知，這是非常可悲的。美軍曾幫助阿富汗人擊敗了蘇聯軍隊，但是近20多年來，美軍並未從這段曆史中有所收獲。奧巴馬應當向公眾解釋阿富汗戰爭的重要性，解釋這場戰爭值得美軍犧牲的原因，蓋茨認為這是總司令的責任。當你把士兵送上戰場時，你需要告訴他們什麼是正義和高尚，而不是告訴他們冒著生命危險隻是為了打成平局。
許多人認為2009年奧巴馬總統批準增兵阿富汗是一個重大決策失誤，但蓋茨並不認同，認為此次增兵為完成相關任務提供了重要保障，並培訓出了一支更強大的阿富汗軍隊，成功打破了阿富汗戰場的僵局。蓋茨認為，美國不會重複當年蘇聯放棄阿富汗導致失敗的戰略錯誤。
總統是美國戰略決策的核心
美國戰爭和戰略決策的核心是總統。國防部長協助總統對美國武裝部隊實施指揮和控製，對美軍的建設和使用、武器的研製和發展、戰爭的勝負有直接影響。美國是否進行戰爭、與誰進行戰爭由總統決定，但如何指導戰爭、采用何種方式贏得戰爭則由國防部長、參聯會主席和戰區司令負責。
2008年12月，應當選總統奧巴馬的要求，蓋茨繼續留任國防部長，成為美國曆史上第一位在總統換屆易人時留任的國防部長，而且兩位總統還來自不同的政黨。
蓋茨認為，奧巴馬主政的特點之一就是白宮的控製力大大加強，以總統為首的國家安全委員會強化了微管理，對具體作戰事務的幹涉達到新的高度。蓋茨並不反對總統加強對國家安全事務的控製，因為官僚體製本身很少能夠革故鼎新，曆史上幾乎每一次重大政策改變都是總統及其國家安全事務助理推動，例如當年對華緩和的決策就是尼克鬆和基辛格做出的。但是，如果白宮和國家安全委員會對軍事戰略和作戰指揮事務介入過深，很可能會起反效果。蓋茨說，以前如果一名國家安全委員會官員直接給戰區司令或戰場指揮官打電話是不可想象的，此人很可能會因此被停職。然而，這在奧巴馬政府中卻是家常便飯。奧巴馬及其顧問團之所以尋求全麵控製，試圖集中所有權力，為的是有所成就。但是，蓋茨提醒白宮的高級幕僚們要牢記兩個事實：第一，對於政策的決定和執行，白宮中除了總統，沒有任何人可以直接負責，如果總統幕僚不尊重內閣部長的作用，政策的執行將很困難；第二，除管理和預算辦公室外，白宮中沒有人需要就政策或預算問題到國會作證，但內閣部長必須麵對議員的質詢，要在國會為總統的政策辯護。