特使一行，包括宋教仁，有見於此，即告孫、黃等人，謂袁不可南下，建議遷都北京。孫、黃無奈，也就隻好如此了。此次兵變，究竟為偶發事件，還是有意為之？目前有兩說。
據唐紹儀回憶，此次兵變，應為袁氏所指使：“當時兵變發生，南方代表束手無策，促予黎明訪袁。予坐門側，袁則當門而坐。曹錕戎裝革履，推門而入，見袁請一安，曰：‘報告大總統，昨夜奉大總統密令，兵變之事，已辦到矣。’側身見予，亦請一安。袁曰：‘胡說，滾出去！’予始知大總統下令之謠不誣。”唐言之繪聲繪色，但僅以“兵變之事，已辦到矣”一言，尚不足以“予始知大總統下令之謠不誣”，此言所述，是發動兵變，還是處理兵變，“之事”未明，故疑之可，斷言則不足。
袁有一侍衛，名叫陶樹德，據他親眼所見，兵變時，袁正在石大人胡同外交大樓臨時總統府樓上辦公，突然聞變，袁十分急躁。此時，樓窗玻璃已被槍彈打破數處，袁仍不肯下樓。內衛傅國寶見勢危急，即強掖袁下地窖休息。工夫不大，見曹錕來伏地請罪，根據此種經過非袁授意已明。
然陶不過一侍衛，所知囿於所見。據當時第三鎮參謀楊雨辰回憶，兵變前，袁克定曾召集薑桂題、曹錕、楊士琦等人談話，要他們將南方代表“嚇回去”。所以，楊說這場兵變是“袁氏父子早在數日前就蓄謀製造的亂局。”大概北洋軍人早已習慣了將袁克定所為都冠以“袁氏父子”的名義。
袁的女兒袁靜雪在《我的父親袁世凱》中透露說：“兵變的借口是反對我父親離開北京。事後聽說這次兵變的把戲，是我大哥串通第三鎮統製曹錕搞起來的。我父親事先並不知道。”還有袁孫袁家賓在《我的大伯父袁克定》一文中，也提到兵變是大伯父串通了曹錕幹的，祖父並不知情。
可僅僅為了定都北京，有必要如此大動幹戈？據張國淦淦《北洋述聞》“袁世凱製造北京兵變”說，從表麵看，袁克定發動兵變是要“威嚇專使”，私下他另有打算，這打算，張國淦聽徐世昌說過，袁克定覺得南方黨人不好對付，就慫恿第三鎮到清宮裏去把宣統趕走，再把袁氏擁到宮裏去做皇帝，此舉未成，是因為守衛宮門的是馮國璋率領的禁衛軍，馮曾以身家性命擔保兩宮安全及尊號不廢，第三鎮兵變，馮事先不知，所以，亂兵一到了東華門就被禁衛軍阻止，奪宮計劃未成，便轉而搶掠。
張國淦還證引張一麐《五十年國事叢談》所言：“某公子召各鎮中下級軍官開會密議，欲以兵入東華門，奪清帝位，效黃袍加身故事，是時禁衛軍為馮國璋所統，不與謀，故火焚東華門，禁衛軍抵禦不能人。兵無所泄，遂大掠東西城以及於天津。”第三鎮攻禁門不克，掠東城而去，城內薑桂題之毅軍，見第三鎮飽掠而飆去，遂亦縱兵掠西城，津、保駐軍繼之，亂兵四起，皆欲發橫財矣。然軍人發財，社會遭災，我們讀焦靜宜《遷都之爭與京保津兵變》一文，便可知京保津三地商民損失之大概。
孫、袁兩家，就這樣博弈著，開辦了共和國，或以憲兵挾持議員，有辱國體，或以兵變發國難財。對憲法缺少必要的敬畏，對國體缺少起碼的忠誠，動不動就以兵法亂國法，這病根，民國之初就有。讓我們來看一組統計數字，便可知先天不足的畸形民國，病情如何頻頻發作：從1912年到1928年，16年頒布7部憲法，換過5屆國會和10任國家元首，更迭內閣45次，更迭總理59任。
孫拉袁氏入黨未成
袁氏不能南下，孫、黃二人隻好北上，來與袁氏政治協商。
孫、袁協商，終於有了成果，成果就是那幾條協定內政大綱：
第一條，立國取統一製度。沒提以民主立國，沒言五權憲法。
第二條，主持是非善惡之真公道以正民俗。沒有提出民權。
第三條，暫時收束武備，先儲備海陸人才。沒有軍隊國家化。
第四、五條，開放門戶，輸入外資，興辦鐵路、礦山、建置鋼鐵工廠以厚民生，提倡資助國民實業，先著手於農林工商。這兩條，是以國有經濟為主導，沒有經濟私有化。
第六條，軍事、外交、財政、司法、交通皆取中央集權主義。沒有地方自治。
第七條，迅速整理財政。沒有國會議決、審批、監督，以中央集權行之。
第八條，竭力調和黨見、維持秩序，為承認之根本。沒提多黨製。
就這麼個政綱，從立憲運動的立場倒退了，清末還有個地方自治和三權分立的樣子，而這八條政綱卻沒有憲政的關鍵詞，有的是民主的缺失，不是有待完善的缺失，而是根本性缺失。
袁偉時《從孫袁妥協到二次革命——政治策略與民初憲政的曆史經驗》一文談到孫、黃所作所為，他們都做了些什麼呢？為了速成“國民黨內閣”，他們去拉政府內閣成員入黨。
更有甚者，黃興還去拉袁氏入黨，欲推袁為國民黨領袖。袁小試牛刀，先遣楊度入黨，楊以變更國民黨的內閣主義為條件，使國民黨為難，結果是，“楊不入黨，袁亦罷入黨議”。然而，孫的感覺好極了：“餘出京時，邀國務員加入國民黨之議始起。今閱報，國務員已入加本黨。是今日內閣，已為國民黨內閣，國民黨與政府之調和，可謂躋於成功。嗣後國民黨同誌，當以全力讚助政府及袁總統。”