對於停柩這一有礙衛生的傳統習俗，雖然衛生局製定了稍具寬容的規章條例，但市民中仍有抗拒執行的。衛生局稱“貧家為經濟所限，尚鮮舉行。惟富戶視為非此不足以表示孝恩”。因此，衛生局常在春夏交際之時發文取締，如1929年3月23日，衛生局防疫課課長李卓才發文對市內停柩表示嚴厲譴責，並下令嚴查。然而嚴打之下，各戶和各義莊仍舊我行我素，直到4月30日，衛生局局長何熾昌親自發文並登報，文稱：“任意延宕遲遲填報者，亦所在多有”，“考察原因，皆由各義莊董事，徒負管理義莊虛名……由莊丁敷衍從事可知。”除此之外，還要求各義莊認真打掃衛生防止疾病流行。然而，即便是局長親自出馬，廣州市民仍不買賬，直至6月26日，衛生局再次發文，要求各義莊填寫《停柩報告表》，包括姓名、性別、死亡原因、年齡、籍貫、患何病致死等詳細信息，並要求義莊準時更換營業執照。由此可見，僅一年的查辦停柩事務中，衛生局和市民來來回回較量了幾個回合仍難分勝負，阻力之大可見一斑。
除了停柩習俗外，另一重大的衝突就是關於潔淨費的征收。1921年後，廣東地區長期受到戰爭影響，導致政府對衛生撥款短缺。衛生局經費的緊張使得其不得不另開財源，因此征收潔淨費就成了必然，而潔淨費僅是專門用於辦理潔淨事宜的費用。1923年，經市行政會議的批準和省署核準後，衛生局開始征收潔淨費。
征繳潔淨費的政策出台後就受到了居民的抵製。雖說絕大部分居民隻需要繳納幾毫，但拒交、欠交和拖延不交的大有人在。1923年8月15日，衛生局派員分戶按照等級裝訂門牌號催收費款，然而征收潔淨費“此係創舉，雖經布告……有恐誤會”。這表明衛生局在征收潔淨費的頭幾天中，已受到市民抵製。於是，衛生局不得不在21日谘請公安局，飭其屬下警員隨同分段征收。潔淨費征收政策半年後，“恃頑違抗、分文不交或故意破壞，與征費司事為難者，亦事所恒有”。一年後，“積欠數月，延未清交，尚居多數”。這些住戶仗著政府不能（會）以強迫的手段威脅其輩，故而大多遷延。衛生局有時候也耍“無賴”，玩起罷工的把戲。1925年1月，衛生局對不交潔淨費的住戶忍無可忍，偕同警局拘傳追繳！此外還有些頑固者竟當麵頂撞衛生局的征收司事。1925年5月13日，衛生局派員前往東堤二馬路催收潔淨費，一美茶居主管拒不繳納，主管以洋人的姿態宣稱“該段地方，經有沙麵西人包掃地方”，不屬於衛生局管理範圍，因而拒交潔淨費，並聲稱要將潔淨費交給西人。衛生局以“此間乃我國領土，豈容外國幹涉”為辭，會同警察拘拿其回局懲處，後該茶居負責人想以西方人的身份特權保釋該主管，被衛生局長嚴詞拒絕，自知理虧後失意而去。
雖然潔淨費的征收遭到市民的抵觸，但是衛生局並沒有立馬采取暴力措施進行強行征收。衛生局主要通過教育、布告通知、變相激勵、罰款和拘留等這些措施來對付市民的抗拒。衛生局在征收潔淨費之初就告誡其下屬，“須和平勸論，毋得稍涉逼勒，致釀事端”。然而衛生局對付市民頑抗不交的行為所采用最多的方法是罰款和變相激勵。凡是欠繳潔淨費的住戶，衛生局會給一定時間，通常是一個月的時間，補齊潔淨費，有時候衛生局也會法外留情，展期半個月催繳。有些市民有貪圖心理，認為欠繳潔淨費後搬家即可解決問題，如燈籠街敬德堂蠟丸店，攀桂坊七號南記坭水店，因為欠繳潔淨費居然想逃跑，不料被衛生局職員抓獲歸案，遭到衛生局的嚴厲懲罰。衛生局除了處罰欠繳潔淨費外，還采用打折的辦法鼓勵市民預交潔淨費。