艾滋病病毒主要攻擊目標是人體免疫係統，當艾滋病病毒通過精液和血液侵入人體後，首先侵入CD4細胞內，或侵入其他細胞，如巨噬細胞、樹突狀細胞等，並產生大量病毒，由此，引起人體強烈的免疫反應。艾滋病病毒能附著在CD4細胞上，這是因為CD4細胞的表麵有一種標記物，叫做CD4受體，而艾滋病病毒能專門識別它，隻要一遇到它，就與其結合，也就是說，艾滋病病毒能識別CD4細胞表麵的CD4受體並與之結合而進入細胞內並在其中進行繁殖。這樣，CD4細胞就成為艾滋病病毒的靶細胞，在其中艾滋病病毒發展壯大，這一過程就能使CD4細胞毀壞。當CD4細胞大量減少時，在T淋巴細胞中另一種起到抑製作用的CD8細胞則相對增加，使得免疫係統失去殺滅細菌、吞噬病毒的作用。免疫係統受損，人體抵抗力下降，使各種原來不會對人致病的病原體乘虛而入，更用不著說那些本來就時刻威脅著人類的致病菌和病毒了。
人體免疫係統與艾滋病病毒進行搏鬥並消滅它，但是，總有少量的病毒潛伏下來，經過一段時期又大量複製並釋放病毒，大肆攻擊CD4細胞以至整個免疫係統。人體內總的CD4細胞約有1000億個，一個艾滋病病人約有250億個CD4細胞被艾滋病病毒感染，艾滋病病毒感染者體內每天可產生10億～20億個病毒顆粒，也產生相當數量的CD4細胞。身體的免疫係統和艾滋病病毒進行殊死搏鬥，最初進入人體的艾滋病病毒可以很快地感染CD4細胞並在細胞內複製繁殖，而新產生的病毒又會感染其他的CD4
細胞，進而產生更多的病毒。如此周而複始，被感染的CD4細胞大量死亡，與此同時，人體也會不斷產生新的CD4細胞，但產生的新的CD4細胞無法完全彌補感染死亡的細胞數，這樣，就導致人體免疫係統的保護作用逐漸衰弱，最終無法抵禦其他外界有害因素的侵襲。由於人體免疫係統的崩潰，無力與入侵者戰鬥，終於發生機會性感染和腫瘤，最終導致艾滋病的發生。
三、艾滋病與艾滋病病毒的發現
1．艾滋病的發現
在1980年聖誕節前的洛杉磯。加州大學洛杉磯分校的免疫學教師戈特裏布要他的學生去尋供免疫學教學用的病例資料。學生在附院病房中找到了一名免疫功能極低的3l歲的同性戀病人。他的食管上端長了鵝口瘡，喉頭布滿白色病變，呼吸困難，該人的白細胞極少，而T淋巴細胞，這種主管免疫對付外來物的細胞幾乎為零，也就是說機體已無抵抗力。T4/T8比值隻有0．5，皮膚試驗反應很差。以後不久，該病人發生了肺炎，常規治療無效，呼吸極度困難。對這個“鮮見”的病例，經專家們會診討論、進一步檢查後，方才發現他患有罕見的卡氏肺囊蟲肺炎（PCP），經過複方新諾明抗菌治療無效而死亡。免疫學教師戈特裏布後來又遇到2例類似病例，加上洛杉磯相似的病例，共計5例，都是患PCP、卡氏肺囊蟲肺炎而死。於是他把這一發現報告了位於亞特蘭大的美國疾病控製中心總部。
接著，1982年1月，美國疾病預防和控製中心又接到邁阿密1個55歲的男子患卡氏肺孢子蟲肺炎死亡的報告，這名患者不是同性戀，也沒有靜脈注射毒品，而是一名血友病患者，曾使用過Ⅷ因子。以後，又發生了2例類似的患者。美國疾病預防和控製中心認為：這3名血友病患者的臨床和免疫學方麵的表現，與近來同性戀患者、非同性戀靜脈注射毒品者有極其相似之處，可以設想，這種病是由同一種病原體，經血液及其製品而傳染的。這裏第一次提出由同一種病原體引起發病和經血液傳播的設想。
當時對艾滋病的病症描述、報道很多，卻沒有對它命名。因為沒有統一的名稱，對它的叫法混亂，已影響到對艾滋病的研究。於是在1982年9月24日，美國疾病控製中心根據艾滋病患者免疫功能極度低下的特點，正式對這一類病症進行綜合分析，並歸納出一個病名，叫做“獲得性免疫缺陷綜合征”，簡稱艾滋病（AIDS）。這種嚴重致死性疾病，引起醫學界的高度重視，並開始探索這種新的傳染病的病原和病因。於是，科學家們從病人身上采取各種標本，用各種方法進行研究，以發現病因。
2．艾滋病病毒的發現
1983年，法國巴斯德研究所腫瘤研究室主任蒙塔尼爾教授首次報告從1例患全身淋巴結綜合征的男性同性戀患者的淋巴結中分離出一種逆轉錄病毒。用多種實驗室方法進行研究，證明這是一種新的病毒，並認為該病毒是本病的病原體，命名為淋巴結病相關病毒。
1984年，美國國立疾病研究所的蓋洛教授也報告從艾滋病病人的周圍血淋巴細胞中分離到1株新病毒，由於它親T細胞，命名為人類嗜T細胞病毒Ⅲ。
與此同時，美國加州大學的裏維教授也從艾滋病病人的末梢血細胞中培養分離到1株病毒，命名為艾滋病相關病毒。
經分析、鑒定，以上3株病毒的形態、蛋白結構、基因對CD4細胞的嗜性方麵均相同，也就把以上的病毒確定為艾滋病的病原體，稱為逆轉錄病毒。1986年6月，國際微生物學會及病毒分類學會統一將這3個病毒命名為人類免疫缺陷病毒，簡稱HTV。