另外，有些抗病毒藥物在治療期間可能會發生一些不良反應，這些不良反應都需要在治療中定期檢查才能及時發現。
（5）過分恐懼病毒變異。錯！一些患者的乙肝病毒DNA滴度很高，肝功能長期異常，但由於他們過分恐懼病毒變異而不敢使用抗病毒藥物治療，這會使病毒在體內不斷複製，肝細胞壞死持續存在，肝功能長期異常，其結果將會刺激肝髒內大量纖維組織增生來修複肝髒內的壞死灶，導致肝硬化；或由於增生過度，導致肝腫瘤。
其實病毒變異是很正常的事。因為人類要用藥物去抑製病毒的生長，而病毒本身也要去適應環境以便生存。例如流感病毒，每年都在發生變異，因此人們每年都要製造出新的疫苗進行預防接種。細菌也會發生變異。使用青黴素治療一段時間，細菌就對青黴素產生了耐藥，這就是細菌發生了變異的結果。乙肝病毒也是這樣，長時間使用一種抗病毒藥物，病毒就會發生變異，並對這種藥物產生耐藥。一旦病毒對一種藥物耐藥後，可再選用其他藥物繼續治療。如果積極治療，使病毒很快受到抑製，肝細胞壞死停止，肝功能好轉，就阻止了肝纖維化的進展，為進一步的治療或等待更有效的藥物出現贏得了時間。
（6）“小三陽”患者不用治療。錯！一般來說，乙肝病毒感染的“小三陽”狀態是乙肝病毒複製的“冬眠期”。這時，乙肝病毒幾乎無複製，肝功能正常，病人的病情相對平穩，無須治療。但部分“小三陽”患者反複肝功能異常，其原因可能是感染了一種前C區變異的乙肝病毒。患者常伴有持續性或間歇性血清轉氨酶升高，導致進行性肝病。因此，這樣的“小三陽”乙肝患者仍需要抗病毒治療。
（7）肝硬化患者抗病毒為時已晚。錯！有些乙肝患者的病情已經發展為肝硬化，甚至出現了腹水、消化道出血、肝昏迷等肝功能失代償的表現。這些患者常對治療失去信心，認為抗病毒治療為時已晚。
其實，近年上市的新一代核苷類抗乙肝病毒藥物不僅能緩解肝硬化患者的病情，而且還很安全。近年來，國內外醫生對乙肝肝硬化患者抗病毒治療的研究均取得了較大的進展並積累了一定的經驗。在國外的一項研究中，一些準備接受肝移植的失代償期肝硬化患者，在手術前接受了抗乙肝病毒的藥物治療，治療後有2/3的患者肝功能明顯好轉，甚至收到了暫緩手術的效果。
（8）盲目聯合抗病毒治療。一些患者為了達到清除乙肝病毒的目的，盲目聯合多種抗乙肝病毒的藥物。其實，一些藥物的作用機製是相同的。另有一些藥物，盡管他們的作用機製不同，但經過近幾年的臨床研究，多數專家並沒有看到聯合用藥比單一用藥有更好的效果。乙肝病毒對抗病毒藥物十分敏感，應用新一代核苷類似物，80％以上的患者在小劑量下就能達到抑製乙肝病毒複製的目的。因此近年來多數專家認為，乙肝的抗病毒治療藥物不應盲目聯合應用，而應采用一種抗病毒藥物使用一段時間後再更換另一種藥物的序貫治療方法。