呼吸是氣功療法的重要環節。呼吸方法比較常用的有以下幾種：自然呼吸法——這是每個人出生後具備的生理呼吸，絲毫不加意念支配，呼吸時自然，柔和均勻，但缺點是不夠深長；順呼吸法——吸氣時膈肌下降，腹部外凸；呼氣時隔肌上升，腹部內凹；腹肌上下移動幅度大，腹肌前後運動量大，逐漸練成腹式呼吸；逆呼吸法——與順氣呼吸正相反，但它較順呼吸法的運動的幅度和強度大；停閉呼吸法——這種方法有兩種：鼻呼口呼法——呼吸道有病，內腔變狹，呼吸不暢時采用此法；氣通任督脈法——采用逆呼吸法，用鼻吸氣，同時以意領氣，意想氣到臍丹田，然後下至會陰；呼氣時以意領氣，意想氣由會陰循脊椎至百會（頭頂），由鼻呼出，故名小周天呼吸法；潛呼吸法——是在練順呼吸法或逆呼吸後自然出現的一種呼吸法。其特點是吸氣綿綿，呼氣微微，息息均勻，呼吸出入用手試之於鼻，沒有明顯感覺，故又名叫做潛息法；真息法——古人雲：“蓋凡息即停，而真息自動”。所謂息停。不是強閉不出，而是虛極靜篤，心愈定而息愈微，神凝氣結，止此一息，此時從外表來看呼吸好像停止，但實際上仍在用肚臍呼吸，腹中的旋轉跳動，故又叫做“胎息”。此乃功夫較高階段。
以上8種呼吸法中，順呼吸法和逆呼吸法對防治心血管和腦血管疾病療效較好；停閉呼吸法對防治消化係統疾病療效較好；鼻吸口呼法對防治呼吸係統疾病療效較好；氣通任督脈對防治神經係統療效較好；但各種呼吸法應根據病情和功法要求辯證采用，以免發生偏差。