就目前的情況而言，醫學界尚未找到特效藥物治療方案。口腔損害十分頑固，遠較皮膚損害難以治愈，若皮膚和口腔黏膜均有損害的病例同時進行治療，人們常發現皮膚損害早已消失而口腔損害仍不見好轉。有學者觀察到，一些患者積極就醫，醫生認真診治，但療效卻甚微；而有部分患者未進行任何治療，損害卻自行消失了。故而學者們認為此病部分病損經過一定的時間可能會自行消退。因此，對一些無自覺症狀的患者，醫師可暫不用藥，進行臨床觀察，對有“恐癌症”患者，更應進行心理治療，以消除他們緊張、焦慮的心理。
近年來，我們多采用以下措施為該病患者進行治療。
（1）口服維生素甲酸（維甲酸）。該法對丘疹型扁平苔蘚患者的治療效果較好，每日口服維甲酸30mg，2～3周可見病損消退。頰部和舌部存在斑塊損害者，則口服維甲酸30～60mg，5～7周可見病損消退。也有報道認為用維甲酸糊劑塗擦病損部位，每日兩次，經4～6周，病損大多消退。此藥不僅對角化過度有效，而且對糜爛型扁平苔蘚也有較好的效果。此藥雖有較好的療效，但副作用亦不可忽視，口服3周以上或每日劑量超過30mg，患者可出現頭痛，輕度腹瀉，唇幹，皸裂，頭發脫落，肝功能損害等情況。局部治療3周以上，治療部位可出現炎性反應。國內還有報道用0.01%～0.02%維甲酸藥膜或軟膏局部應用治療口腔扁平苔蘚，此法也有較為滿意的效果。若出現藥物的副作用應在醫生指導下減量或停藥。
（2）用氯喹治療口腔扁平苔蘚。磷酸氯喹屬4－氨基喹啉類衍生物，是治療口腔扁平苔蘚的常用藥物，口服後在腸道吸收快而全，大部分在肝內代謝，小部分以原型經腎髒排除，具有抗組胺作用，可抑製血管滲透性亢進。氯喹劑量為0.25g/片，每次服半片，每日2次，30日為一療程。飯後服用可以減少消化道副作用，若有效，則可在1個月後開始第2個療程。氯喹常見的副作用有胃腸不適、耳鳴、頭暈、皮膚瘙癢、視力障礙、白細胞下降等。若出現持續性耳鳴，則可能發展成不可逆轉的耳聾。視力障礙為視網膜損害的先兆，最終會導致失明。因此在服藥過程中應密切觀察身體反應，若出現副作用應立即停藥。大劑量長期口服者多出現以上副作用，改為小劑量繼續給藥是比較安全有效的，盡管如此，定期檢查肝腎功能，血常規，聽力視力是非常必要的。根據我們的臨床經驗，此藥應謹慎使用。
（3）激素和免疫抑製劑及免疫增強劑治療。這裏我們所說的激素是指皮質類固醇激素，它是腎上腺皮質分泌所有激素的總稱，屬甾體化合物，臨床多用半人工合成品。口腔扁平苔蘚主要表現為慢性炎症，上皮細胞的損害可能與Ⅳ型變態反應有關，因此治療口腔扁平苔蘚時，醫師們當然會考慮到使用激素。皮質類固醇激素根據其結構特點、分泌部位、生理作用的差別分為糖皮質激素和鹽皮質激素，前者具有很強的抗炎作用，尤其適用於糜爛型扁平苔蘚患者，用局部或係統治療較其他療法有效。但在長期大量使用皮質類固醇激素時，必須配合其他藥物一起使用，以減輕皮質類固醇激素本身對人體所產生的副作用。除激素外，還可用影響機體免疫功能的藥物，比如免疫抑製劑，其中有代表性的藥物為硫唑嘌呤、硫酸氯喹、昆明山海棠、雷公藤。此類藥物對由體液免疫亢進引起的免疫複合物型自身免疫特征者，有較好的療效。免疫增強劑有螺旋黴素、胎盤脂多糖、丙種球蛋白、轉移因子、免疫核糖核酸等，此類藥物對免疫功能低下者有較好的療效。