從公元12世紀開始，醫聖第13代後裔宇妥·薩瑪元丹貢布全麵增補了《四部醫典》，使藏醫藥學發展成為一個相當完整的體係。公元13世紀西藏薩迦王朝歸順元朝，西藏正式成為中國不可分割的一部分，西藏的歸順推動了藏醫藥學的發展。
15世紀以後，藏醫開始形成南北兩個學派，北方以強巴·南傑劄桑為代表，主要總結了北方高原地區多風濕的臨床經驗，著作有《藥學寶箱》、《甘露源流》、《所需可得》《驗方集成》等。南方以索卡·年姆多吉為代表，根據地處河穀的特點，擅長使用清解藥物治療溫熱病。著作有《草藥鑒別》、《藥方彙集》、《千萬舍利》等。兩大學派的爭鳴不僅充實了四部醫典的具體內容，對藏醫學大發展也起到了很大的推動作用。
五世達賴時，總理西藏政務的第司桑吉嘉措最終對《四部醫典》作出了一次全麵徹底的修改、補充和注解，命名為《四部醫典藍琉璃》，同時，為了使《四部醫典》的內容通俗易懂。便於傳習，桑吉嘉措還組織繪製了一套以《四部醫典藍琉璃》內容為基礎的曼唐，成為一種珍貴的文物。也是世界古代醫藥體係的稀世珍寶。
18世紀以後，藏醫學陸續有一些論著問世，最著名的則是1840年帝馬·丹增彭措所著的《晶珠本草》，作者通過實驗和調查，搜集藥物達2294種，除去重複或加工炮製的藥物外，實收藥物達1400多種。該書對藥物性味、功能描述很詳，可謂集藏醫本草學之大成，且具有較高的學術水平。
1889年十三世達賴時，又重刊了《四部醫典》。1892年以吳登堅·旦增加措和班旦平措等人對《四部經典》進行詞句補充和文法修改後成為《藥王山版本》（即醫學利他寺版本）。解放後由政府交給現在的拉薩藏醫院保存。
大醫王藥師佛的功德說不盡
藥師佛是東方淨琉璃世界的教主，又作藥師如來、藥師琉璃光如來、大醫王佛、醫王善逝、十二願王。《藥師經》中說他曾發十二誓願，主要的有“除一切眾生眾病，令身心安樂”之願，“轉女成男”之願，“使眾生解脫惡王劫賊等橫難”之願，“使饑渴眾生得上食”之願，“使貧乏無衣者得妙衣”之願。總之，就是願滿足眾生一切欲望，解除眾生一切痛苦，使眾生吃好穿好，沒災沒病，高高興興。
藥師佛也因其所獨具的救眾生之病源、治無名之痼疾的功德，受到了廣大病者及家屬的崇拜。在《藥師經》中專門講到藥師佛救助病人的方法：若有人身患重病，死衰相現，眷屬於此人臨命終時晝夜盡心供養禮拜藥師佛，讀誦藥師如來本願功德經四十九遍，燃四十九燈，造四十九天之五色彩幡，其人得以蘇生續命。這種關於藥師佛的信仰在古代就很盛行。
佛法中常稱佛陀為無上醫王或大藥師，就是因為佛能治療眾生的種種疾病。經裏說：人的生理上有三種病──老、病、死；心理上也有三種病──貪、嗔、癡。藥師佛出世救濟眾生，即是為了拔除眾生身心的種種病患，所以，我們絕不可以把含有崇高意義的藥師，視為普通的配藥人。