藥師佛的功德主要為：一是滿足眾生一切欲望，解除眾生一切病痛；二是給眾生以光明和向上的希望。而這就是人類世世代代生存所向往的，所以我們說，藥師佛的功德說不盡，他帶給我們的不僅是解除病痛的希望，還有光明和奮發向上的追求。
在佛教界，藥師如來一般被稱為“消災延壽藥師佛”。藥師佛悲心深切，在他行菩薩道時發起十二大願，護佑眾生脫離疾病的苦痛，遠離生命的災難、障礙，解脫一切苦惱憂擾。
十二大願的內容如下：
一、願生佛平等
願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明，熾然，照耀無量無數世界，以三十二大丈夫相，八十隨形好，莊嚴其身；令一切有情，如我無異。
二、願開曉事業
願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善莊嚴，過於日月；幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。
三、願資生無盡
願我來世得菩提時，以無量無邊智能方便，令諸眾生皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。
四、願安立大乘
願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令安住菩薩道中；若行聲聞獨覺乘者，皆以大乘而安立之。
五、願戒行清靜
願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒；設有毀犯，聞我名已，還得清靜，不墮惡趣。
六、願諸根完美
我來世得菩提時，若諸有情其身下劣，諸根不具，醜陋頑愚，盲聾瘖啞，攣躄背僂，白癩癲狂，種種病苦；聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。
七、願身心康樂
願我來世得菩提時，若諸有情眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦，我之名號一經其耳，眾病悉除，身心安樂；家屬資具，悉皆豐足，乃至證得無上菩提。
八、願轉女成男
願我來世得菩提時，若有女人為女百惡之所逼惱，極生厭離，願舍女身；聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。
九、願回邪歸正
願我來世得菩提時，令諸有情出魔罥網，解脫一切外道纏縛；若墮種種惡見稠林，皆為引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。
十、願刑縛解脫
願我來世得菩提時，若諸有情，王法所錄，繩縛鞭撻，係閉牢獄，或當刑戮，及餘無量災難淩辱，悲愁煎逼，身心受苦；若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦。
十一、願得妙飲食
願我來世得菩提時，若諸有情，饑渴所惱，為求食故，造諸惡業；得聞我名，專念受持，我當先以上妙飲食，飽足其身，後以法味，畢竟安樂而建立之。
十二、願得妙衣具
願我來世得菩提時，若諸有情貧無衣食，蚊蟲寒熱，晝夜逼惱；若聞我名，專念受持，如其所好，即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具，華鬘塗香，鼓樂眾伎，隨心所翫，皆令滿足。