蒙藥也是以草藥為主，用多種草藥研成藥末製成，與中藥有相似之處。老蒙醫使用的藥箱是個小木箱，裏麵分成數十個小方格，每個格子裏放一隻圓而長的羊皮小口袋，皮袋內裝著各種不同顏色的藥末。蒙醫切脈處方後，用一隻銀質長柄的小圓勺在皮袋內掏藥末（這是一種稱量法），然後倒在一張白紙上。患者遵醫囑服用。
蒙醫除使用蒙藥治患者的疾病外，還有諸如火針、火灸、放血、藥浴及蒙古腦震術等傳統療法。蒙醫的傳統療法有獨到之處，它的火針包括長短、粗細不同的針，還有三棱小刀及鉤刀等。治療時，先把針烤熱再紮進一定的穴位。火針對治療風濕病、慢性神經痛、半身不遂等症效果較好。放血療法主要治血熱病、血壓高及急性病等。最有特色的是腦震術，這是治療腦震蕩的一種好辦法。關於這些傳統特色療法，我們後文會有詳細論述。
蒙醫的基本理論指導：陰陽五行學說
蒙醫是蒙古族人民在長期的醫療實踐中逐漸形成與發展起來的傳統醫學，其曆史悠久，內容豐富，是蒙古族人民同疾病作鬥爭的經驗總結和智慧結晶，也是一門具有鮮明民族特色和地域特點的醫學科學。
蒙醫學以陰陽五行學說理論為指導，人與自然的整體觀貫穿其中，內容包括三根、七素的物質基礎，辨證施治的基本方法等。古代蒙古人稱蒼穹為“父天”（陽），稱世界為“母地”（陰），他們認為世界上一切事物都是由木、火、土、金、水五種物質經過運動與變化構成的，稱之為“五大要素”，也稱為“五行學說”。
蒙醫學中認為父精、母血是以五元為基因，經複雜的量和質的變化聚合而成的，人體的本基是“赫依”、“希拉”、“巴達幹”三根。“赫依”屬氣，“希拉”屬火，“巴達幹”屬土和水。所謂“赫依”，是指各種生理功能的動力。凡是思維、語言、動作及各髒器的功能活動，皆受“赫依”支配。如果“赫依”的功能失常，則會導致髒腑功能減弱，表現為神誌異常、失眠、健忘、疲乏、眩暈、麻木、抽搐、癱瘓等。“希拉”有火熱之意，在髒腑中與膽的關係最為密切。機體的體溫、各組織器官的熱能及精神的振奮等都是“希拉”在發揮作用。“希拉”偏盛，則可發生各種溫熱病，如黃疸、口苦、吐酸、煩渴、神情狂躁等，都屬於“希拉”失常導致機能亢盛的表現。“巴達幹”是指體內的一種黏液狀物質，具有寒性的特征。在正常生理情況下，“巴達幹”能滋潤皮膚，濡養組織器官，滑利關節，化為唾液、胃液、痰液等分泌物。“巴達幹”的功能失調，除表現為一般寒性征象外，還易導致水液的停滯不化而出現浮腫、胸水、腹水、痰多、吐清水、婦女白帶多等各種分泌物增多的現象。此外，中醫屬於痰濁蒙蔽的嗜睡、癡呆及濕困脾胃的消化不良等病症，在蒙醫中也屬“巴達幹”的病症範圍。在正常生理情況下，“赫依”、“希拉”、“巴達幹”三者協調一致，保持相對平衡；如果三者的平衡關係失調，則產生各種病理變化。若以“赫依”與“希拉”的關係失調為主，則產生陽熱亢盛一類病變；若以“赫依”與“巴達幹”的關係失調為主，則出現陰寒及水液不化一類病變。
蒙醫以“七素”作為構成人體的基本物質，包括水穀精微、血、肉、脂、骨、髓、精液。“赫依”、“希拉”、“巴達幹”與“七素”之間有著相互依存的密切關係。
蒙醫的辨證方法主要有病因辨證、病位辨證及論病辨證等。此外，尚有探查性服藥的辨證方法，多用於疑難病症。
蒙醫非常重視人與自然環境、生活習俗與疾病的關係。特別是蒙古民族以肉、乳、炒米為主食，多見消化道疾病，故蒙醫認為胃為人體後天之本，飲食起居適宜尤為重要。在診治內科疾病時首先注意消化係統有無異常，新陳代謝有無障礙，把提高胃腸消化、吸收功能，放在治療的首位。因此，蒙醫對於胃腸疾病的診治有豐富的經驗和很好的療效。
此外，尚有“髒腑說”、“白脈說”、“黑脈說”、“四季發病規律”、“南北人群發病差異”，以及瘟疫、熱病的獨特理論學說和治療方法，指導著蒙醫的臨床實踐。
蒙醫的診法原理：全息理論
蒙醫學認為“內病必外現”，“髒腑雖居內，其花卻開於外”。診病時，蒙醫會收集病人各個方麵的體征和症狀信息，加以分析和歸納，從發病原因判斷疾病的性質，從症狀和體征判斷疾病的類型及病變部位，是從外察內、從局部知整體、從個別求普遍、從特殊到一般的求證方法。蒙醫還據此總結出一整套蒙醫診法的基本原理，具體內容包括以下幾個方麵：