克什米爾問題是印巴關係的晴雨表，也是印巴“全麵對話”的核心議題之一。印巴和平進程啟動以來，兩國通過公開對話，密使外交的方式，就解決克什米爾問題的思路和框架進行了深入探討。種種跡象表明，印巴克什米爾對話盡管在官方層麵未見進展，但通過秘密渠道的頻繁接觸，兩國立場已經趨近。
2004年10月，巴基斯坦總統穆沙拉夫首先提出了解決克什米爾的新思路，表示巴方“願意擱置聯合國關於克什米爾問題決議的要求，不再拘泥於全民公決”。穆沙拉夫提議雙方可“使該地區永久非軍事化並改變其地位，以確定其獨立還是由印巴共管或聯合國托管”。2005年9月，穆沙拉夫在美國訪問期間表示，印巴要解決克什米爾問題，也需要一個與中東和平“路線圖”計劃類似的“路線圖”。根據穆沙拉夫的表述，印巴之間可以分四步逐步促成在克什米爾問題上的和解：第一步是實現印巴兩國的對話；第二步是要求印度承認克什米爾問題是印巴兩國改善關係的核心；第三步是消除印、巴和克什米爾人民三方所不能接受的任何分歧；第四步是在三方之間達成互利的解決方案。
同年10月，巴基斯坦克什米爾和北部事務部長法伊薩爾·薩勒赫·哈亞特宣稱，巴基斯坦正在考慮接受解決克什米爾的三種方案：一是“共同管理”方案，即印巴對克什米爾共享主權；二是“有限主權”，其核心是查謨和克什米爾邦實現充分自治，該邦的防務、貨幣和外交事務由印巴兩國共同負責；三是“權力下放”方案。根據這一設想，克什米爾邦各地區地方政府將享有自治的權力。與此同時，克什米爾地區的政治派別也開始談論克什米爾的其他解決方法。印控克區反對派領導人法魯克就建議成立“克什米爾合眾國”，稱克什米爾地區各黨派應就此同印巴兩國政府進行談判。
2006年12月，穆沙拉夫在接受印度媒體采訪時表示，對克什米爾地區實行廣泛自治計劃也可以是解決兩國主權爭端的一條途徑。穆沙拉夫宣布，如果印度同意他提出的四點方案，巴基斯坦就準備放棄對克什米爾的主權要求。穆沙拉夫說，解決克什米爾爭端的四點建議是：(一)克什米爾現行分界線不變，但人員可以自由往來出入；(二)克什米爾建立自治政府或自治區，但不能獨立；(三)巴基斯坦和印度從克什米爾分階段撤軍；(四)印度、巴基斯坦和克什米爾派員在克什米爾建立監督機製。
針對巴方建議表現的靈活態度和咄咄攻勢，印方一方麵堅持原有立場，強調克什米爾是印度主權領土，不容進行談判，但同時也提出，印方將同克區反政府黨派進行對話，並逐步消減該地區的駐軍。2006年3月，印度總理辛格在阿姆利則發表講話，歡迎穆沙拉夫的建議富有“新意”。辛格表示，印方歡迎巴方以“開放”的態度探討改善兩國關係的方式，重申印方期待同巴方締結《和平、安全與友好條約》。2007年7月，辛格在查謨又稱，查謨和克什米爾將來可以變成印巴合作而不是衝突的“象征”。邊界不能再劃分，克什米爾地區不能再分割，但實控線可以變成和平的分界線，生活在兩側的人民可以和平相處，思想、貨物和人民可以“自由流動”。
印巴兩國媒體就兩國領導人的建議和特別是關於克什米爾問題的最終解決方案展開激烈辯論。他們普遍認為，在以下三個大原則方麵兩國的立場正在逐步趨同，可能已經達成某種共識：
第一，雙方都反對克什米爾的獨立。巴基斯坦稱認為克什米爾應該進行自我治理；印度聲稱可以接受克什米爾最大限度的自治。
第二，克什米爾印控和巴控兩個地區形成一種非正式的邦聯關係，兩個地區在名義上分屬印巴兩國，其安全由兩國軍隊共同維護。
第三，淡化克什米爾實際控製線的意義。由於印度不接受改變邊界(實際控製線)的做法，更不願意按克什米爾宗教群體劃分次區域，巴基斯坦無法接受把實際控製線變成兩國在克什米爾的國際邊界的原則，雙方同意就共同管理克什米爾的原則做出機製安排。
印巴兩國就克什米爾問題解決方案已達成原則性協議的猜測，得到了巴基斯坦前外長卡蘇裏的證實。2009年2月，卡蘇裏在接受印度媒體采訪時透露，印度和巴基斯坦早在2006年通過秘密談判，就解決克什米爾問題的指導原則達成諒解。當時印巴兩國領導人的代表就相關問題達成了一份“非文件”。據卡蘇裏稱，這份非文件“已經進展到修改標點符號的程度”。其基本思路就是四步走：第一步是克什米爾非軍事化，第二步是把克什米爾劃分成區域，第三步是印巴兩國成立聯合委員會，對克什米爾實施共同管理，最後一步就是克什米爾地區實行自治。卡蘇裏還透露，印巴兩國原定在2006年印度總理辛格訪問巴基斯坦時達成協議，但因印巴各自國內政治原因而未能繼續下去。
印巴全麵對話進程得以維持並取得一定進展，有其深刻的內外背景。
第一，南亞地緣戰略格局近年來發生了重大變化，印巴無法承受長期緊張對峙帶來的嚴重後果。自1998年5月印巴相繼核試驗後，印巴之間出現了“恐怖平衡”。巴基斯坦核能力的獲得在一定程度上緩解了長期存在的生存危機感，改變了南亞地區印巴力量失衡的格局。經過1999年卡爾吉爾衝突和2001--2002年的軍事對峙後，印巴兩國都充分認識到軍事對抗的局限性和可能帶來的嚴重後果。軍事手段解決兩國分歧這一選項雖然基本被排除，但印巴兩國的和平並沒有到來。“9·11”後，印巴兩國都希望能借助國際和地區形勢的變化，通過改善雙邊關係謀求相對有利的處境。
第二，60多年的對抗促使印巴兩國對各自的政策進行反恩，在如何處理雙邊關係和解決分歧方麵有了新的思路。印度近年來崛起勢頭強勁，國際影響力和地位不斷提高。印度社會各界越來越認識到，一個動蕩的巴基斯坦肯定會繼續奉行敵視印度的政策，從根本上損害甚至危及印度安全。印巴實現和解，幫助巴基斯坦成為一個溫和、現代的伊斯蘭國家，才是印度對巴政策的最終目標。為此，印度應加強同巴基斯坦的對話與接觸，綜合運用政治、經濟、文化等實力，爭取國際社會的幫助，共同推動巴基斯坦實現成功轉型。